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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rr9 | ||||||
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タイトル | N-terminal editing domain of threonyl-tRNA synthetase from Aeropyrum pernix with L-Ser3AA (snapshot 4) | ||||||
要素 | Probable threonine--tRNA ligase 2 | ||||||
キーワード | LIGASE / DTD-like fold / Proofreading | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 threonyl-tRNA aminoacylation / threonine-tRNA ligase activity / aminoacyl-tRNA editing activity / tRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å | ||||||
データ登録者 | Ahmad, S. / Muthukumar, S. / Yerabham, A.S.K. / Kamarthapu, V. / Sankaranarayanan, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015 タイトル: Specificity and catalysis hardwired at the RNA-protein interface in a translational proofreading enzyme. 著者: Ahmad, S. / Muthukumar, S. / Kuncha, S.K. / Routh, S.B. / Yerabham, A.S. / Hussain, T. / Kamarthapu, V. / Kruparani, S.P. / Sankaranarayanan, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4rr9.cif.gz | 46.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4rr9.ent.gz | 31.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4rr9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4rr9_validation.pdf.gz | 731 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4rr9_full_validation.pdf.gz | 731.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4rr9_validation.xml.gz | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4rr9_validation.cif.gz | 13.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/4rr9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/4rr9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4rr6C 4rr7C 4rr8C 4rraC 4rrbC 4rrcC 4rrdC 4rrfC 4rrgC 4rrhC 4rriC 4rrjC 4rrkC 4rrlC 4rrmC 4rrqC 4rrrC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15135.413 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-136 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌) 株: ATCC 700893 / DSM 11879 / JCM 9820 / NBRC 100138 / K1 / 遺伝子: thrS2, APE_0117.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9YFY3, threonine-tRNA ligase |
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#2: 化合物 | ChemComp-A3S / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.86 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris, 0.2M MgCl2, 30% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年2月8日 |
放射 | モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.66→25 Å / Num. obs: 15270 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.67→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.201 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.25 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.67→25 Å
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拘束条件 |
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