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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rk8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human dihydroorotate dehydrogenase (DHODH) with DH03A356 | ||||||
要素 | Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrialジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ (キノン) | ||||||
キーワード | Oxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / oxidoreductase (酸化還元酵素) / FMN binding / mitochondria inner membrane / Oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / ジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ (キノン) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / ミトコンドリア内膜 ...pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / ジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ (キノン) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / ミトコンドリア内膜 / ミトコンドリア / 核質 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, L. / Ren, X. / Zhu, J. / Li, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: Crystal structure of human dihydroorotate dehydrogenase (DHODH) with DH03A356 著者: Zhu, L. / Ren, X. / Zhu, J. / Li, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4rk8.cif.gz | 95.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4rk8.ent.gz | 70 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4rk8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/4rk8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/4rk8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3js3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 42636.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHODH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q02127, ジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ (キノン) |
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-非ポリマー , 5種, 263分子
#2: 化合物 | ChemComp-FMN / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-ORO / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-3RV / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.14 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 0.1M acetate pH 4.8, 40 mM UDAO, 20.8 mM, N,N-dimethyldecylamine-N-oxide (DDAO), 2mM DHO, 1.6-1.8M ammonium sulfate, 1 mM inhibitor, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97852 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月29日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97852 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.22→48.41 Å / Num. all: 29545 / Num. obs: 28102 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.22→2.34 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3JS3 解像度: 2.22→48.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 3.061 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.225 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.22→48.41 Å
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拘束条件 |
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