PDB-4r7t: Crystal structure of glucosamine-6-phosphate deaminase from Vibri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4r7t

タイトル

Crystal structure of glucosamine-6-phosphate deaminase from Vibrio cholerae

要素

Glucosamine-6-phosphate deaminase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NIAID /

National Institute of Allergy and Infectious Diseases (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha beta fold / alpha beta alpha sandwich /

deaminase (脱アミノ) /

cytosol (細胞質基質)

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosamine catabolic process /

glucosamine-6-phosphate deaminase /

glucosamine-6-phosphate deaminase activity / N-acetylglucosamine catabolic process / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / identical protein binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Maltseva, N. / Kim, Y. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of glucosamine-6-phosphate deaminase from Vibrio cholerae
著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID

履歴

登録	2014年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4r7t.cif.gz	325.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4r7t.ent.gz	266.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4r7t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/4r7t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/4r7t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fs5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4i0p-2 940 2ykg-d 3und-d 2fwi-1 1jt9-2 4ay2-d 5vxs-1 4fqx-d 5hj5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP01344

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glucosamine-6-phosphate deaminase

B: Glucosamine-6-phosphate deaminase

C: Glucosamine-6-phosphate deaminase

ヘテロ分子

92 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.359, 135.124, 86.001
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.15, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Glucosamine-6-phosphate deaminase / / GlcN6P deaminase / GNPDA / Glucosamine-6-phosphate isomerase 分子量: 30593.791 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌) 株: N16961 / 遺伝子: nagB, VC_A1025 / プラスミド: pMCSG28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic / 参照: UniProt: Q9KKS5, glucosamine-6-phosphate deaminase

#1: タンパク質

Glucosamine-6-phosphate deaminase /

/ GlcN6P deaminase / GNPDA / Glucosamine-6-phosphate isomerase

分子量: 30593.791 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
株: N16961 / 遺伝子: nagB, VC_A1025 / プラスミド: pMCSG28 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic / 参照: UniProt: Q9KKS5,

glucosamine-6-phosphate deaminase

-
非ポリマー , 5種, 191分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.37 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M magnesium chloride, 0.1M HEPES pH7.5, 30% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月3日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 47655 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / B_iso Wilson estimate: 26.99 Å² / R_sym value: 0.086 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / R_sym value: 0.395 / % possible all: 80.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1750)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FS5

1fs5

解像度: 2.1→38.65 Å / SU ML: 0.31 / Isotropic thermal model: mixed / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2536	2417	5.07 %
R_work	0.1994	-	-
obs	0.2022	47353	94.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6223	0	13	185	6421

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6526
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.002	8866
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.079	2390
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	994
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1162

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1345	0.3505	96	0.2708	2125	X-RAY DIFFRACTION	75
2.1345-2.1809	0.3438	129	0.2636	2498	X-RAY DIFFRACTION	88
2.1809-2.2316	0.2969	152	0.2551	2605	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2316-2.2874	0.2985	145	0.2388	2689	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2874-2.3492	0.3064	136	0.2433	2744	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3492-2.4184	0.3021	153	0.2226	2727	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4184-2.4964	0.3065	155	0.2162	2720	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4964-2.5856	0.2588	135	0.2043	2769	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5856-2.6891	0.2771	158	0.221	2721	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6891-2.8115	0.2793	149	0.2157	2702	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8115-2.9596	0.2908	150	0.2132	2715	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9596-3.145	0.2721	135	0.2087	2735	X-RAY DIFFRACTION	96
3.145-3.3877	0.2885	163	0.2045	2727	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3877-3.7283	0.2172	132	0.1826	2740	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7283-4.2672	0.1944	149	0.1661	2651	X-RAY DIFFRACTION	95
4.2672-5.374	0.2104	146	0.1619	2695	X-RAY DIFFRACTION	95
5.374-38.6561	0.2092	134	0.1772	2661	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2789	0.0408	-0.2617	1.4538	1.4036	7.1179	0.0984	-0.0964	0.2413	0.0378	0.0388	0.2197	0.1239	-0.5562	-0.0834	0.1666	0.018	0.0486	0.2702	-0.0361	0.3797	7.9317	-17.8075	20.8599
2	4.8204	-0.6292	0.0726	2.8193	-0.7263	1.1891	-0.1048	0.093	-0.2244	-0.0293	0.0453	0.1763	-0.0703	-0.0801	0.052	0.254	-0.01	-0.0135	0.2334	-0.0478	0.2485	18.4082	-29.7219	12.0322
3	2.7268	0.0804	0.349	1.8969	1.3863	2.305	0.0802	-0.0432	-0.0706	0.1747	0.0702	-0.0802	0.1078	0.1797	-0.1235	0.221	-0.0042	0.0075	0.2327	0.0091	0.2879	30.651	-22.4216	18.0063
4	1.1808	-0.2304	-0.7168	1.1485	0.8732	2.638	-0.0208	-0.0049	-0.0467	0.0707	-0.1151	0.1645	0.0539	-0.2129	0.1059	0.1917	-0.0018	-0.0133	0.1774	0.0025	0.2454	15.7642	-11.3253	29.5394
5	0.9026	1.2799	0.506	2.0139	0.9966	4.3074	0.2103	0.0775	-0.2129	0.1194	0.0947	-0.2249	0.3985	0.3375	-0.2679	0.1905	0.0402	0.0084	0.2502	0.05	0.3414	52.5708	-7.6271	20.8596
6	3.5357	-0.4289	-0.1462	4.0403	1.8548	7.7088	0.012	0.0306	0.4123	0.1027	-0.1219	-0.3988	0.4406	-0.0436	0.1936	0.154	-0.0398	0.05	0.1765	0.0725	0.3128	57.2214	-0.617	12.6208
7	1.6221	-1.5283	-0.0034	3.4442	0.9923	1.2886	-0.044	0.0492	0.0891	0.0614	0.1029	-0.0379	0.0775	0.0032	-0.0071	0.218	-0.0288	0.0418	0.2451	0.0144	0.177	56.1415	4.2745	10.6215
8	1.9431	-1.8737	-0.052	3.1784	0.978	1.1219	0.037	0.0703	0.1936	-0.1497	0.0032	-0.1628	-0.1562	-0.0597	-0.0438	0.2157	-0.0006	0.0467	0.1993	0.0253	0.3149	58.0528	14.2128	11.949
9	1.3831	-0.2443	-1.288	2.2319	-1.0675	3.1373	0.1391	0.1833	0.121	-0.2715	0.064	0.071	-0.0164	-0.2539	-0.2098	0.208	-0.0186	-0.0363	0.2688	-0.001	0.2244	43.1387	10.7158	13.4122
10	5.0035	2.1681	-0.1921	7.1049	1.2409	1.563	0.0201	-0.316	0.3899	0.4751	0.1371	0.1387	-0.0296	0.173	-0.2194	0.2827	0.0683	0.0334	0.2819	-0.0229	0.2268	46.1595	17.6164	21.4559
11	2.2316	0.816	-0.3208	1.6322	-0.0689	2.3128	0.0476	-0.1047	-0.0926	0.1143	-0.0341	0.2207	-0.2379	-0.0037	0.0069	0.1905	-0.0053	0.0263	0.1505	-0.0009	0.326	40.192	0.7113	27.4379
12	4.4081	0.1628	-0.5738	2.8455	0.6219	6.3484	-0.0091	0.0772	-0.4669	-0.1313	-0.0703	-0.3676	0.7954	-0.1059	0.0133	0.2655	0.0252	0.0051	0.1614	0.0286	0.3171	46.0922	-10.7999	32.722
13	3.5559	-0.6479	1.1841	1.0125	-0.1505	2.8189	-0.2042	0.1395	0.3197	-0.0412	0.0268	-0.0787	-0.3022	0.1577	0.1321	0.2204	-0.0268	-0.008	0.2109	0.0254	0.3144	16.6902	25.882	16.6535
14	3.1577	2.7499	-1.5357	5.3401	-0.8851	1.2137	0.1429	0.0246	0.2255	-0.0737	-0.1198	0.3525	-0.0669	-0.0268	-0.0335	0.2152	0.0204	-0.0604	0.2408	0.0255	0.2452	2.4111	20.4165	11.4315
15	1.5288	-0.7092	0.8931	2.3398	-1.0083	2.4563	0.1039	0.1018	-0.1038	-0.125	0.0017	0.1119	0.3435	-0.1023	-0.0539	0.1818	0.0066	0.0145	0.2124	-0.0288	0.2135	9.277	7.0875	14.3154
16	4.4249	-3.5504	-2.3701	4.2407	2.4816	2.4964	-0.1488	-0.3042	-0.2091	0.9703	0.3487	0.7366	0.0207	-0.1633	-0.0572	0.5102	0.0111	0.1326	0.3958	0.0726	0.3439	-4.6418	9.1643	26.1356
17	0.8051	-0.0276	0.9949	1.4873	0.7024	2.2007	-0.0376	0.016	0.0816	0.0081	-0.0204	-0.081	-0.2399	-0.012	0.0823	0.1312	-0.0025	0.0151	0.2008	0.0238	0.2018	22.5832	14.9074	27.946

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 27 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 28 through 113 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 114 through 198 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 199 through 266 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 27 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 28 through 57 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 58 through 74 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 75 through 113 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 114 through 152 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 153 through 198 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 199 through 239 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 240 through 266 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 1 through 57 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 58 through 113 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 114 through 163 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 164 through 189 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 190 through 266 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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