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- PDB-2ykg: Structural insights into RNA recognition by RIG-I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ykg
タイトルStructural insights into RNA recognition by RIG-I
要素
  • 5'-R(*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP)-3'
  • PROBABLE ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX58
キーワードHYDROLASE / INNATE IMMUNITY
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of type III interferon production / RIG-I signaling pathway / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / OAS antiviral response / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / TRAF6 mediated IRF7 activation ...regulation of type III interferon production / RIG-I signaling pathway / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / OAS antiviral response / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / TRAF6 mediated IRF7 activation / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / cellular response to exogenous dsRNA / RSV-host interactions / response to exogenous dsRNA / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of interferon-alpha production / bicellular tight junction / positive regulation of defense response to virus by host / antiviral innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / regulation of cell migration / positive regulation of interleukin-8 production / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / Evasion by RSV of host interferon responses / ISG15 antiviral mechanism / positive regulation of interleukin-6 production / response to virus / ruffle membrane / positive regulation of tumor necrosis factor production / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Ovarian tumor domain proteases / actin cytoskeleton / double-stranded RNA binding / TRAF3-dependent IRF activation pathway / double-stranded DNA binding / defense response to virus / gene expression / single-stranded RNA binding / RNA helicase activity / Ub-specific processing proteases / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / GTP binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 - #30 / phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I, CARD domain repeat 2 / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : ...phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 - #30 / phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I, CARD domain repeat 2 / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Beta Complex / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Antiviral innate immune response receptor RIG-I
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Luo, D. / Pyle, A.M.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2011
タイトル: Structural Insights Into RNA Recognition by Rig-I.
著者: Luo, D. / Ding, S.C. / Vela, A. / Kohlway, A. / Lindenbach, B.D. / Pyle, A.M.
履歴
登録2011年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX58
C: 5'-R(*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP)-3'
D: 5'-R(*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,2585
ポリマ－86,0973
非ポリマー1612
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-48.5 kcal/mol
Surface area35020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.618, 76.208, 219.825
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROBABLE ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX58 / DEAD BOX PROTEIN 58 / RETINOIC ACID-INDUCIBLE GENE 1 PROTEIN / RIG-1 / RETINOIC ACID-INDUCIBLE GENE ...DEAD BOX PROTEIN 58 / RETINOIC ACID-INDUCIBLE GENE 1 PROTEIN / RIG-1 / RETINOIC ACID-INDUCIBLE GENE I PROTEIN / RIG-I


分子量: 79682.797 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 230-925 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: O95786, RNA helicase
#2: RNA鎖 5'-R(*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP)-3'


分子量: 3206.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 9
詳細: 0.1 M BICINE, PH 9.0, 22.5 % POLYETHYLENE GLYCOL 6,000

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→45 Å / Num. obs: 26861 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.5

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0109 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.5→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 26.128 / SU ML: 0.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.732 / ESU R Free: 0.331 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2731 1341 5 %RANDOM
Rwork0.22036 ---
obs0.223 25452 93.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.853 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.77 Å20 Å20 Å2
2--1.53 Å20 Å2
3----2.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4988 424 6 99 5517
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225567
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3392.0587622
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2555631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.53724.591220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.12315898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9111522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2879
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213987
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5331.53180
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.01225119
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.33132387
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1684.52503
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.489 23 -
Rwork0.363 649 -
obs--33.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4922-0.0862-0.74171.52350.41081.9907-0.0390.15420.0044-0.07490.03870.0425-0.0093-0.10450.00030.13640.0032-0.00910.2092-0.06930.2283-9.13813.4627-16.5538
20.2382-0.3544-0.32581.65490.72870.7779-0.063-0.07880.00040.0874-0.0685-0.0240.2240.00760.13150.26370.07470.01290.3276-0.02680.27438.9997-18.975-22.5688
37.32390.3868-2.57283.1027-0.50649.2821-0.1677-0.0122-0.2034-0.3508-0.20450.00950.05670.02420.37220.1625-0.00760.06080.184-0.02090.052611.69917.4075-49.8311
410.2871-7.4719-3.7619.57647.72754.70370.1537-0.1407-0.54850.55650.8979-0.4259-0.05880.7555-1.05160.2125-0.0629-0.08830.5045-0.18840.413910.50711.1625-29.4493
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A236 - 455
2X-RAY DIFFRACTION2A456 - 795
3X-RAY DIFFRACTION3A796 - 922
4X-RAY DIFFRACTION4C1 - 10
5X-RAY DIFFRACTION4D1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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