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万見
- PDB-4qtd: Structure of human JNK1 in complex with SCH772984 and the AMPPNP-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qtd
タイトルStructure of human JNK1 in complex with SCH772984 and the AMPPNP-hydrolysed triphosphate revealing the second type-I binding mode
要素Mitogen-activated protein kinase 8
キーワードTransferase/transferase inhibitor / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC / TRANSFERASE (転移酵素) / kinase (キナーゼ) / MAPK / signalling / inhibitor (酵素阻害剤) / allosteric (アロステリック効果) / Structural Genomics Consortium (SGC) / Transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cell killing / JUN phosphorylation / regulation of DNA replication origin binding / Interleukin-38 signaling / Activation of BMF and translocation to mitochondria / basal dendrite / Activation of BIM and translocation to mitochondria / JUN kinase activity / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / protein serine/threonine kinase binding ...positive regulation of cell killing / JUN phosphorylation / regulation of DNA replication origin binding / Interleukin-38 signaling / Activation of BMF and translocation to mitochondria / basal dendrite / Activation of BIM and translocation to mitochondria / JUN kinase activity / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of cyclase activity / histone deacetylase regulator activity / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / DSCAM interactions / NRAGE signals death through JNK / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / regulation of macroautophagy / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / stress-activated MAPK cascade / response to mechanical stimulus / response to UV / JNK cascade / cellular response to cadmium ion / cellular response to amino acid starvation / positive regulation of protein metabolic process / NRIF signals cell death from the nucleus / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / negative regulation of protein binding / FCERI mediated MAPK activation / peptidyl-threonine phosphorylation / regulation of circadian rhythm / cellular response to reactive oxygen species / cellular response to mechanical stimulus / histone deacetylase binding / rhythmic process / regulation of protein localization / 細胞老化 / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / cellular response to oxidative stress / peptidyl-serine phosphorylation / protein phosphatase binding / Oxidative Stress Induced Senescence / response to oxidative stress / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of apoptotic process / 神経繊維 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / シナプス / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-38Z / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Mitogen-activated protein kinase 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Keates, T. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: A unique inhibitor binding site in ERK1/2 is associated with slow binding kinetics.
著者: Chaikuad, A. / M C Tacconi, E. / Zimmer, J. / Liang, Y. / Gray, N.S. / Tarsounas, M. / Knapp, S.
履歴
登録2014年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,77727
ポリマ－42,0551
非ポリマー2,72226
水6,612367
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.950, 71.550, 108.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 8 / MAP kinase 8 / MAPK 8 / JNK-46 / Stress-activated protein kinase 1c / SAPK1c / Stress-activated ...MAP kinase 8 / MAPK 8 / JNK-46 / Stress-activated protein kinase 1c / SAPK1c / Stress-activated protein kinase JNK1 / c-Jun N-terminal kinase 1


分子量: 42054.707 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain (1-363) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JNK1, MAPK8, PRKM8, SAPK1, SAPK1C / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-R3-pRARE2
参照: UniProt: P45983, 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ

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非ポリマー , 6種, 393分子

#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-38Z / (3R)-1-(2-oxo-2-{4-[4-(pyrimidin-2-yl)phenyl]piperazin-1-yl}ethyl)-N-[3-(pyridin-4-yl)-2H-indazol-5-yl]pyrrolidine-3-carboxamide / SCH-772984


分子量: 587.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H33N9O2
#5: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.53 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12-15% PEG3350 and 0.1 M HEPES pH 6.8-7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K
PH範囲: 6.8-7.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月14日 / 詳細: Kirkpatrick Baez bimorph mirror pair
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→25.75 Å / Num. all: 64041 / Num. obs: 63969 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 15.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 9131 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0069精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2YDI

2ydi


解像度: 1.5→59.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 2.639 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19211 3187 5 %RANDOM
Rwork0.1656 ---
obs0.16692 60781 99.85 %-
all-63969 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.467 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å2-0 Å20 Å2
2---0.14 Å2-0 Å2
3----0.34 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.171 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→59.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2871 0 161 367 3399
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0193227
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023151
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6131.9874350
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80237290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0855399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.26924.658146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.56415579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.881517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2467
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213701
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4141.41464
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4151.3981463
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2422.0911839
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2432.0911839
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4831.7961763
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4811.7961763
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5482.5192489
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.99213.2773926
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.99113.2833927
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 260 -
Rwork0.252 4330 -
obs--98.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.33450.4019-0.09730.99890.10022.1474-0.0485-0.00950.01580.1-0.0392-0.01330.10670.20730.08770.10180.00790.0090.04570.01860.008422.66088.699445.0051
20.2559-0.01480.50320.17160.15911.2228-0.0032-0.01210.01480.0541-0.0327-0.00430.0192-0.0470.03590.0784-0.0177-0.00180.0340.00160.025814.906813.701230.3932
36.64-2.56270.21683.9411.86851.2986-0.1488-0.3748-0.7098-0.21470.13520.3365-0.1874-0.0090.01360.0883-0.0377-0.03060.10620.06890.129224.130129.002928.8507
40.19430.33910.13860.7796-0.06840.80990.01050.01460.00140.00360.00710.0031-0.06510.0306-0.01760.0538-0.0030.00180.0334-0.00610.033716.05816.28938.5489
54.595-3.76372.06394.4353-1.10231.1848-0.3253-0.34740.2830.4170.09420.0119-0.0938-0.24230.23110.16660.0519-0.0130.1182-0.07720.085310.099729.561840.6222
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2A56 - 173
3X-RAY DIFFRACTION3A174 - 185
4X-RAY DIFFRACTION4A186 - 338
5X-RAY DIFFRACTION5A339 - 363

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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