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- PDB-4qqb: Structural basis for the assembly of the SXL-UNR translation regu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qqb
タイトルStructural basis for the assembly of the SXL-UNR translation regulatory complex
要素
  • Protein sex-lethal
  • Upstream of N-ras, isoform A
  • msl2 mRNA
キーワードTRANLATION/RNA / RNA binding domains / RNA recognition motif (RNA認識モチーフ) / RRM / cold shock domain / CSD / RNA binding (リボ核酸) / translation regulation / dosage compensation (遺伝子量補償) / TRANSCRIPTION-RNA complex / TRANLATION-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sex determination, primary response to X:A ratio / germarium-derived cystoblast division / epithelium regeneration / female sex determination / somatic sex determination / female germ-line sex determination / oocyte differentiation / imaginal disc growth / regulation of stem cell division / 遺伝子量補償 ...sex determination, primary response to X:A ratio / germarium-derived cystoblast division / epithelium regeneration / female sex determination / somatic sex determination / female germ-line sex determination / oocyte differentiation / imaginal disc growth / regulation of stem cell division / 遺伝子量補償 / sex determination / poly-pyrimidine tract binding / messenger ribonucleoprotein complex / sex differentiation / alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / poly(A) binding / pre-mRNA binding / positive regulation of smoothened signaling pathway / reciprocal meiotic recombination / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / poly(U) RNA binding / oogenesis / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / mRNA 3'-UTR binding / mRNA 5'-UTR binding / negative regulation of translation / nucleic acid binding / molecular adaptor activity / protein stabilization / ribonucleoprotein complex / protein-containing complex / RNA binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Sex-lethal splicing factor / Paraneoplastic encephalomyelitis antigen / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold shock domain / Cold shock protein domain / RRM (RNA recognition motif) domain ...Sex-lethal splicing factor / Paraneoplastic encephalomyelitis antigen / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold shock domain / Cold shock protein domain / RRM (RNA recognition motif) domain / Nucleic acid-binding proteins / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Nucleic acid-binding, OB-fold / Βバレル / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / Protein sex-lethal / Upstream of N-ras, isoform A
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hennig, J. / Popowicz, G.M. / Sattler, M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structural basis for the assembly of the Sxl-Unr translation regulatory complex.
著者: Hennig, J. / Militti, C. / Popowicz, G.M. / Wang, I. / Sonntag, M. / Geerlof, A. / Gabel, F. / Gebauer, F. / Sattler, M.
履歴
登録2014年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22014年11月26日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: msl2 mRNA
A: Protein sex-lethal
C: msl2 mRNA
B: Protein sex-lethal
X: Upstream of N-ras, isoform A
Y: Upstream of N-ras, isoform A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4316
ポリマ－67,4316
非ポリマー00
水0
1
P: msl2 mRNA
A: Protein sex-lethal
X: Upstream of N-ras, isoform A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7153
ポリマ－33,7153
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: msl2 mRNA
B: Protein sex-lethal
Y: Upstream of N-ras, isoform A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7153
ポリマ－33,7153
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.360, 110.970, 139.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.983199, 0.094104, -0.156409), (0.084605, 0.994204, 0.06633), (0.161744, 0.051983, -0.985463)-48.08398, -4.05555, -1.8677
詳細monomeric complex of three different entities (heterotrimer)

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要素

#1: RNA鎖 msl2 mRNA


分子量: 5712.380 Da / 分子数: 2 / 断片: site F 18-mer / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic RNA (purchased from IBA)
#2: タンパク質 Protein sex-lethal


分子量: 19797.510 Da / 分子数: 2 / 断片: RRM1-RRM2, UNP residues 122-294 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Sxl, Sx1, CG43770 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19339
#3: タンパク質 Upstream of N-ras, isoform A


分子量: 8205.391 Da / 分子数: 2 / 断片: CSD1, UNP residues 185-252 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Unr, CG7015, Dmel_CG7015 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VSK3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M LiSO4, PEG3350 1-5 %, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 36389 / Num. obs: 36315 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0069精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1B7F

1b7f


解像度: 2.8→19.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 13.59 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R: 0.53 / ESU R Free: 0.323 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23564 1320 5.1 %RANDOM
Rwork0.19817 ---
obs0.20011 24714 71 %-
all-34809 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 99.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.38 Å20 Å2-0 Å2
2---1.07 Å20 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3840 716 0 0 4556
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0184702
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024098
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1131.8366496
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8439448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7795478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.13523.125192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.43415700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5291540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2716
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024814
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021100
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.0219.9581924
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.0219.9571923
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.78114.9122398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.77914.9142399
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.75310.0742778
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.75310.0742779
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.37214.954099
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.22881.6115320
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.22781.6185321
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.525 45 -
Rwork0.477 787 -
obs--31.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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