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- PDB-4qkv: Crystal structure of the mouse cavin1 HR1 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qkv
タイトルCrystal structure of the mouse cavin1 HR1 domain
要素Polymerase I and transcript release factor
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / coiled-coil (コイルドコイル) / signalling / plasma membrane (細胞膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA Polymerase I Transcription Termination / rRNA primary transcript binding / positive regulation of cell motility / termination of RNA polymerase I transcription / rRNA transcription / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / protein secretion / カベオラ / 脂質ラフト / intracellular membrane-bounded organelle ...RNA Polymerase I Transcription Termination / rRNA primary transcript binding / positive regulation of cell motility / termination of RNA polymerase I transcription / rRNA transcription / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / protein secretion / カベオラ / 脂質ラフト / intracellular membrane-bounded organelle / 小胞体 / protein-containing complex / ミトコンドリア / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Caveolae-associated protein 1 / Cavin family / PTRF/SDPR family
類似検索 - ドメイン・相同性
Caveolae-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / molecular replacement/SAD / 解像度: 3 Å
データ登録者Kovtun, O. / Tillu, V. / Parton, R.G. / Collins, B.M.
引用ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2014
タイトル: Structural insights into the organization of the cavin membrane coat complex
著者: Kovtun, O. / Tillu, V.A. / Jung, W. / Leneva, N. / Ariotti, N. / Chaudhary, N. / Mandyam, R.A. / Ferguson, C. / Morgan, G.P. / Johnston, W.A. / Harrop, S.J. / Alexandrov, K. / Parton, R.G. / Collins, B.M.
履歴
登録2014年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase I and transcript release factor
B: Polymerase I and transcript release factor
C: Polymerase I and transcript release factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8383
ポリマ－36,8383
非ポリマー00
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9630 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area17300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.030, 98.690, 104.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Polymerase I and transcript release factor / Cav-p60 / Cavin-1


分子量: 12279.212 Da / 分子数: 3 / 断片: HR1 domain, UNP residues 45-155 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ptrf / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: O54724
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.1M HEPES (pH 7.6), 30% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Undulator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→52.4 Å / Num. obs: 9020 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 5.4 / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 3→3 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: molecular replacement/SAD / 解像度: 3→37.886 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 889 9.94 %
Rwork0.2246 --
obs0.2304 8944 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→37.886 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2162 0 0 13 2175
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092162
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.282897
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.796845
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045365
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004370
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.18790.32691500.26171306X-RAY DIFFRACTION99
3.1879-3.43390.35621360.23511331X-RAY DIFFRACTION100
3.4339-3.77920.33391520.22281326X-RAY DIFFRACTION100
3.7792-4.32540.21771480.191328X-RAY DIFFRACTION100
4.3254-5.44690.23941450.20831344X-RAY DIFFRACTION99
5.4469-37.88920.3051580.25021420X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.76450.3548-1.69831.9947-1.61544.7793-0.2320.22650.1798-0.02940.70880.3102-1-2.4022-0.25140.3292-0.0985-0.1190.99080.18790.63730.868545.966348.8347
20.99190.214-0.96221.1434-2.38837.54140.00470.2640.1573-0.2294-0.15970.0280.1696-0.13870.06220.41570.0429-0.08010.69890.06810.50021.526347.92845.8198
30.33640.22670.2062.4299-2.3133.2044-0.31490.30650.0623-0.48740.52680.1731.1791-2.0312-0.16790.27170.0392-0.00081.01180.13470.48810.856146.263145.6901
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 46:146 )A46 - 146
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 52:144 )B52 - 144
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 53:143 )C53 - 143

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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