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- PDB-4qf6: Structure of Aldehyde Dehydrogenase from Bacillus cereus, E194S mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qf6
タイトルStructure of Aldehyde Dehydrogenase from Bacillus cereus, E194S mutant
要素Aldehyde dehydrogenaseアルデヒドデヒドロゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Rossmann / Aldehyde Dehydrogenase (アルデヒドデヒドロゲナーゼ) / E194S
機能・相同性Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Bacillus cereus (セレウス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ngo, H.P.T. / Hong, S.H. / Oh, D.K. / Kang, L.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural and Kinetic Analysis for Cofactor-binding Residues in Mammalian-like Aldehyde Dehydrogenase from Bacillus cereus Involved in Oxidation and Reduction Activity for All-trans-retinal
著者: Ngo, H.P.T. / Hong, S.H. / Oh, D.K. / Kang, L.W.
履歴
登録2014年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase
B: Aldehyde dehydrogenase
C: Aldehyde dehydrogenase
D: Aldehyde dehydrogenase
E: Aldehyde dehydrogenase
F: Aldehyde dehydrogenase
G: Aldehyde dehydrogenase
H: Aldehyde dehydrogenase
I: Aldehyde dehydrogenase
J: Aldehyde dehydrogenase
K: Aldehyde dehydrogenase
L: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)650,64336
ポリマ－650,09112
非ポリマー55224
水31,5081749
1
A: Aldehyde dehydrogenase
C: Aldehyde dehydrogenase
D: Aldehyde dehydrogenase
E: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,88112
ポリマ－216,6974
非ポリマー1848
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19260 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area61980 Å2
手法PISA
2
B: Aldehyde dehydrogenase
G: Aldehyde dehydrogenase
H: Aldehyde dehydrogenase
I: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,88112
ポリマ－216,6974
非ポリマー1848
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19070 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area62310 Å2
手法PISA
3
F: Aldehyde dehydrogenase
J: Aldehyde dehydrogenase
K: Aldehyde dehydrogenase
L: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,88112
ポリマ－216,6974
非ポリマー1848
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19360 Å2
ΔGint-181 kcal/mol
Surface area61750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.558, 93.655, 247.854
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Aldehyde dehydrogenase / アルデヒドデヒドロゲナーゼ


分子量: 54174.242 Da / 分子数: 12 / 変異: E194S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (セレウス菌) / 株: ATCC 10876 / 遺伝子: bcere0002_25940 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: C2N217, アルデヒドデヒドロゲナーゼ (NAD+)
#2: 化合物...
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1749 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.77 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.15M DL-malic pH 7.0, 20% PEG 3350 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 442246 / % possible obs: 84.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / % possible all: 81.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PS9

4ps9
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.9→43.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 3.269 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25156 22144 5 %RANDOM
Rwork0.20422 ---
obs0.20658 420074 84.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.678 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数45381 0 24 1749 47154
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.01946516
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0244128
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0591.95162947
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0693101706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.27555887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.03825.4672065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.379157800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.06215144
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1770.27036
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02153137
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0210207
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4911.59823534
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.491.59823533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1012.38829401
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0622.39129402
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3751.88422982
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3031.88422838
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5262.71433534
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.47313.21153650
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.44113.1653057
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 1559 -
Rwork0.238 29740 -
obs--81.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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