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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pwh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of V30M mutant human transthyretin complexed with caffeic acid 1,1-dimethylallyl ester | ||||||
要素 | Transthyretinトランスサイレチン | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / transporter (運搬体タンパク質) / thyroxine binding (甲状腺ホルモン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Non-integrin membrane-ECM interactions / purine nucleobase metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Non-integrin membrane-ECM interactions / purine nucleobase metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.798 Å | ||||||
データ登録者 | Yokoyama, T. / Kosaka, Y. / Mizuguchi, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014 タイトル: Inhibitory Activities of Propolis and Its Promising Component, Caffeic Acid Phenethyl Ester, against Amyloidogenesis of Human Transthyretin 著者: Yokoyama, T. / Kosaka, Y. / Mizuguchi, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4pwh.cif.gz | 63.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4pwh.ent.gz | 45.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4pwh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/4pwh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/4pwh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17342.582 Da / 分子数: 2 / 変異: V30M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR / プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M30 / 参照: UniProt: P02766 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.9 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10-30% PEG400, 0.1M HEPES, 0.2M CaCl2, 9mM caffeic acid 1,1-dimethylallyl ester, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月17日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.798→30 Å / Num. all: 22431 / Num. obs: 22414 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 40.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 97 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4PWE 解像度: 1.798→29.969 Å / FOM work R set: 0.8762 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.04 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 62.49 Å2 / Biso mean: 20.6 Å2 / Biso min: 6.32 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.798→29.969 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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