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- PDB-4psr: Crystal Structure of alpha-L-fucosidase from Fusarium graminearum... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4psr
タイトルCrystal Structure of alpha-L-fucosidase from Fusarium graminearum in the open form in complex with L-fucose
要素Alpha-fucosidase GH29
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / fucosidase / GH29 / glycoside hydrolase (グリコシダーゼ) / TIM barrel (TIMバレル) / N-glycosylation (N-結合型グリコシル化)
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-L-fucosidase / alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-fucosidase, C-terminal / Alpha-L-fucosidase C-terminal domain / Alpha-L-fucosidase, metazoa-type / Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / クリスタリン / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Gamma-crystallin-like / Golgi alpha-mannosidase II ...Alpha-L-fucosidase, C-terminal / Alpha-L-fucosidase C-terminal domain / Alpha-L-fucosidase, metazoa-type / Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / クリスタリン / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Gamma-crystallin-like / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-L-fucopyranose / alpha-L-fucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Fusarium graminearum (ムギノアカカビ病菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Cao, H. / Walton, J. / Brumm, P. / Phillips Jr., G.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure and Substrate Specificity of a Eukaryotic Fucosidase from Fusarium graminearum.
著者: Cao, H. / Walton, J.D. / Brumm, P. / Phillips, G.N.
履歴
登録2014年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月17日Group: Database references
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-fucosidase GH29
B: Alpha-fucosidase GH29
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,89022
ポリマ－131,4202
非ポリマー4,47020
水31,7961765
1
A: Alpha-fucosidase GH29
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,19812
ポリマ－65,7101
非ポリマー3,48811
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Alpha-fucosidase GH29
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,69210
ポリマ－65,7101
非ポリマー9829
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.153, 75.989, 80.970
Angle α, β, γ (deg.)105.690, 107.320, 106.930
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alpha-fucosidase GH29


分子量: 65709.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fusarium graminearum (ムギノアカカビ病菌)
遺伝子: FCO1 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: J9UN47

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糖 , 4種, 7分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: 糖 ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE / β-L-フコピラノ-ス / フコース


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 1778分子

#5: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1765 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.28 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: バッチ法 / pH: 8
詳細: 11:1 v/v mixture of 14-16 mg/ml alpha-L-fucosidase (stored in 25mM Tris pH 7.5 and partially deglycosylated by incubation 10:1:1 v/v ratio with EndoH and 500 mM sodium citrate pH 5.5 buffer ...詳細: 11:1 v/v mixture of 14-16 mg/ml alpha-L-fucosidase (stored in 25mM Tris pH 7.5 and partially deglycosylated by incubation 10:1:1 v/v ratio with EndoH and 500 mM sodium citrate pH 5.5 buffer from New England Biolabs for more than 24hrs before setting up the drop) with 30% PEG 2000mme, 0.1M Tris pH 8.0, crystals grow within two days, soaked with 50 mM fucose (final concentration) in crystallization solution for around 5 minutes, cryoprotected by Mitegen LV cryo-oil, batch method, temperature 293.15K), flash frozen in liquid nitrogen before data collection.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月1日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→50 Å / Num. all: 223707 / Num. obs: 214983 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 13.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 0.861 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.38-1.430.623104280.788193.2
1.4-1.433.30.582104920.752193.5
1.43-1.463.70.531104580.814193.9
1.46-1.493.90.473105670.87194.5
1.49-1.5240.405105380.903194.5
1.52-1.5540.353106330.938194.9
1.55-1.5940.295106750.909195.2
1.59-1.6440.252106570.914195.5
1.64-1.6840.219106580.968195.6
1.68-1.7440.186107391.045195.9
1.74-1.840.159107551.131196.2
1.8-1.8740.126107651.044196.5
1.87-1.9640.105107701.051196.8
1.96-2.0640.082109100.847197.1
2.06-2.1940.075108890.851197.4
2.19-2.3640.066109250.792197.7
2.36-2.640.058109630.749198
2.6-2.9740.048110350.728198.5
2.97-3.7540.035110120.618198.9
3.75-503.90.029111140.466199.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
MD2diffractometer software from EMBL (with LS-CAT developed extensions)データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1HL8

1hl8


解像度: 1.38→43.28 Å / FOM work R set: 0.904 / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 16.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1661 10220 4.98 %ramdom
Rwork0.1384 ---
obs0.1397 214971 95.97 %-
all-223998 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.69 Å2 / Biso mean: 19.34 Å2 / Biso min: 6.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→43.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9251 0 294 1765 11310
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01110441
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.38114240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0791478
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081863
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2863887
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3783-1.3940.30013150.25426345666088
1.394-1.41040.24793530.23446538689193
1.4104-1.42760.27883420.22466675701794
1.4276-1.44570.22783520.20716616696894
1.4457-1.46470.22683730.19436726709994
1.4647-1.48480.22183170.18766684700194
1.4848-1.5060.22853720.18326750712295
1.506-1.52850.19913800.17086639701995
1.5285-1.55240.20023330.16686757709095
1.5524-1.57780.18943310.16086737706895
1.5778-1.6050.1793510.15946750710195
1.605-1.63420.19943620.15836797715996
1.6342-1.66560.17433550.15176760711596
1.6656-1.69960.18563480.15066846719496
1.6996-1.73660.18873690.14646784715396
1.7366-1.7770.1733750.14756724709996
1.777-1.82140.18723290.15166892722196
1.8214-1.87070.17063750.14236883725896
1.8707-1.92570.17553540.14376845719997
1.9257-1.98790.17053700.13636885725597
1.9879-2.05890.16313650.13486857722297
2.0589-2.14140.16373660.13236894726097
2.1414-2.23880.16383610.12926966732798
2.2388-2.35680.1643730.12796908728198
2.3568-2.50450.16693570.13266953731098
2.5045-2.69780.16463750.13346975735098
2.6978-2.96930.15193650.13276994735999
2.9693-3.39880.15623600.12497019737999
3.3988-4.28150.1263720.10977011738399
4.2815-43.3010.14153640.12327047741199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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