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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pru | ||||||
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タイトル | Crystal structure of dimethyllysine hen egg-white lysozyme in complex with sclx4 at 2.2 A resolution | ||||||
要素 | Lysozyme C | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE(O-GLYCOSYL) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | McGovern, R.E. / Lyons, J.A. / Crowley, P.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2015 タイトル: Structural study of a small molecule receptor bound to dimethyllysine in lysozyme. 著者: McGovern, R.E. / Snarr, B.D. / Lyons, J.A. / McFarlane, J. / Whiting, A.L. / Paci, I. / Hof, F. / Crowley, P.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4pru.cif.gz | 72.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4pru.ent.gz | 54.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4pru.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/4pru ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/4pru | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14521.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム #2: 化合物 | ChemComp-T3Y / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 18 % PEG 8000 100 mM MAGNESIUM CHLORIDE, 50 mM SODIUM CHLORIDE, 50 mM SODIUM CACODYLATE PH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15 K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.03319 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月13日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03319 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→39.41 Å / Num. all: 13612 / Num. obs: 13557 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 28.155 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 7.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.734 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 967 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4pqr 解像度: 2.2→39.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 6.13 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.301 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.41 Å
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拘束条件 |
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