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- PDB-4pmi: Crystal structure of Rev and Rev-response-element RNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pmi
タイトルCrystal structure of Rev and Rev-response-element RNA complex
要素
  • Protein Rev
  • Rev-Response-Element RNA
キーワードRNA binding protein/RNA / protein-RNA complex / helix-loop-helix (塩基性ヘリックスループヘリックス) / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / nuclear export (核外搬出シグナル) / RNA binding protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to nucleoplasm / host cell nucleolus / mRNA transport / viral process / host cell cytoplasm / DNA-binding transcription factor activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #630 / Anti-repression trans-activator protein, REV protein / REV protein (anti-repression trans-activator protein) / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / リボ核酸 / RNA (> 10) / Protein Rev
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Jayaraman, B. / Crosby, D.C. / Homer, C. / Ribeiro, I. / Mavor, D. / Frankel, A.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P50GM082250 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: RNA-directed remodeling of the HIV-1 protein Rev orchestrates assembly of the Rev-Rev response element complex.
著者: Jayaraman, B. / Crosby, D.C. / Homer, C. / Ribeiro, I. / Mavor, D. / Frankel, A.D.
履歴
登録2014年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月21日Group: Database references
改定 1.22015年3月4日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年2月13日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Rev-Response-Element RNA
B: Protein Rev
C: Protein Rev
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7964
ポリマ－29,7013
非ポリマー951
水181
1
A: Rev-Response-Element RNA
B: Protein Rev
C: Protein Rev
ヘテロ分子

A: Rev-Response-Element RNA
B: Protein Rev
C: Protein Rev
ヘテロ分子

A: Rev-Response-Element RNA
B: Protein Rev
C: Protein Rev
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,38712
ポリマ－89,1029
非ポリマー2853
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_445z-1/2,-x-1/2,-y1
crystal symmetry operation12_455-y-1/2,-z,x+1/21
Buried area16980 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area32400 Å2
手法PISA
2
A: Rev-Response-Element RNA
B: Protein Rev
C: Protein Rev
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,77324
ポリマ－178,20318
非ポリマー5706
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_445z-1/2,-x-1/2,-y1
crystal symmetry operation12_455-y-1/2,-z,x+1/21
crystal symmetry operation13_455y-1/4,x+1/4,-z+1/41
crystal symmetry operation18_445-x-3/4,z-1/4,y+1/41
crystal symmetry operation24_444-z-1/4,-y-1/4,-x-1/41
Buried area37720 Å2
ΔGint-329 kcal/mol
Surface area61030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.300, 165.300, 165.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

-
要素

#1: RNA鎖 Rev-Response-Element RNA


分子量: 12939.696 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
#2: タンパク質 Protein Rev / ART/TRS / Anti-repression transactivator / Regulator of expression of viral proteins


分子量: 8380.420 Da / 分子数: 2 / Mutation: L12S, L60R, E47A, truncated at residue 70 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate HXB3 / 遺伝子: rev / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69718
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.39 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 50 mM MES pH 6.0, 50 mM KCl, 1-4% PEG 4000,

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115869 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115869 Å / 相対比: 1
Reflection数: 200271 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Χ2: 2.33 / D res high: 5.55 Å / Num. obs: 13162 / % possible obs: 99.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obsIDRmerge(I) obs
24.8345.8513110.032
17.5624.8327510.045
14.3417.5634810.06
12.4214.3440910.069
11.1112.4248310.077
10.1411.1151710.084
9.3910.1456110.101
8.789.3961010.112
8.288.7864410.164
7.858.2868110.165
7.497.8571910.249
7.177.4975910.321
6.897.1776910.401
6.646.8981710.521
6.416.6483810.647
6.216.4187510.793
6.026.2190811.106
5.856.0293311.184
5.75.8595211.411
5.555.793311.462
反射解像度: 3.2→45.85 Å / Num. obs: 13246 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 25.9 % / Biso Wilson estimate: 91.889 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 0.978 / Net I/σ(I): 23.47 / Num. measured all: 343444
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible allRmerge(I) obs
3.2-3.3115.90.3781.7414120178917512.08998.36
3.28-3.370.5571.5917956177117702.12199.92.014
3.37-3.470.8392.5919624169516941.54799.91.478
3.47-3.580.8543.1419194164816481.3481001.288
3.58-3.70.9194.3918205157015690.98799.90.943
3.7-3.820.9455.2518324157615760.791000.755
3.82-3.970.9496.5517199148714840.67299.80.642
3.97-4.130.988.6316534141314130.4551000.435
4.13-4.320.98510.0116012137213720.3851000.368
4.32-4.530.99314.6515334131713170.231000.22
4.53-4.770.99518.5514800126912690.1771000.169
4.77-5.060.9962114193115511550.1561000.149
5.06-5.410.99724.0425897112211220.221000.215
5.41-5.840.99724.324212103610360.2011000.197
5.84-6.40.99830.65222689509500.1481000.145
6.4-7.160.99936.59200608608600.1121000.11
7.16-8.260.99953.26176267617610.0691000.068
8.26-10.120.99962.9144786416410.0531000.052
10.12-14.310.99972.58115524994990.0441000.043
14.31-45.850.99978.1459852762680.03997.10.038

-
位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX精密化
Cootモデル構築
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3lph, 1etf

3lph

1etf


解像度: 3.2→45.846 Å / FOM work R set: 0.8468 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 1325 10.01 %
Rwork0.1928 11917 -
obs0.1946 13242 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 227.85 Å2 / Biso mean: 114.71 Å2 / Biso min: 65.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→45.846 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数862 849 5 1 1717
Biso mean--153.79 112.73 -
残基数----145
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021832
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3942668
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.02321
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002198
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.911828
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2002-3.32830.30141410.27881268140998
3.3283-3.47970.29771440.249312961440100
3.4797-3.66310.22831430.213912871430100
3.6631-3.89250.22441450.223912981443100
3.8925-4.19290.24241430.206412991442100
4.1929-4.61450.18871480.174413261474100
4.6145-5.28140.17541480.172313271475100
5.2814-6.65070.22431500.202713591509100
6.6507-45.85070.18731630.16714571620100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.96280.664-4.73642.9521-0.53575.05490.51620.23330.00020.77980.2765-0.9213-0.68590.8554-0.81660.8587-0.17810.02381.3614-0.30640.7596-36.6385-21.184916.8382
28.6077-1.0455-6.40856.61232.4524.9332-0.277-1.4189-0.30890.42470.4376-0.5536-0.42950.0826-0.10770.8460.14010.15441.6506-0.57431.9737-13.0085-34.69278.5952
37.1021-4.6974-3.17728.1061.73731.45370.084-0.29060.51870.27310.5792-1.289-0.31410.5393-0.61190.79040.0463-0.05241.2293-0.25020.6216-36.0927-21.044920.3169
44.8165-0.21132.90960.8087-1.87875.90160.94561.4056-0.2351-0.14-0.23320.2273-0.4873-1.0491-0.80830.64730.2545-0.17761.583-0.56361.2053-46.1605-38.4943-6.2728
59.79188.04625.06387.4953.31263.917-0.48212.83233.8022-1.56422.00050.5594-1.07963.1964-1.07261.0398-0.45290.47261.7411-0.19771.666-29.2858-24.9921-0.2573
62.3974-3.37080.79715.66051.31345.607-0.11810.5987-1.23530.15990.34820.53050.16360.8768-0.2840.66190.06120.25561.2575-0.45371.2163-34.898-36.29874.1596
79.93721.8573-0.56264.5668-3.37087.3562-0.14871.0583-1.5694-0.18660.97830.65640.8054-0.427-0.89140.6639-0.17250.27571.3358-0.23641.3699-50.6644-40.64748.8384
84.91311.3067-0.22823.8483-2.66031.92340.057-2.4735-2.143-0.3799-1.2082-0.2664-0.38070.40030.53910.86290.0765-0.07271.34310.01470.8018-38.2656-34.423725.4474
99.6977-0.33967.72434.6522.131110.0776-0.205-0.50890.15040.0782-0.02490.3058-0.3739-0.34810.16160.53510.06980.22910.9684-0.04221.0017-44.3764-29.506413.6319
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 36 through 48 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 49 through 70 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 71 through 82 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 11 through 24 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 25 through 34 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 35 through 63 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 13 through 25 )C0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 26 through 34 )C0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 35 through 64 )C0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る