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- PDB-4p86: Structure of PyrR protein from Bacillus subtilis with GMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p86
タイトルStructure of PyrR protein from Bacillus subtilis with GMP
要素Bifunctional protein PyrR
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / RNA binding proteins
機能・相同性Rossmann fold - #2020 / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Perica, T. / Kondo, Y. / Tiwari, S. / McLaughlin, S. / Steward, A. / Reuter, N. / Clarke, J. / Teichmann, S.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Evolution of oligomeric state through allosteric pathways that mimic ligand binding.
著者: Perica, T. / Kondo, Y. / Tiwari, S.P. / McLaughlin, S.H. / Kemplen, K.R. / Zhang, X. / Steward, A. / Reuter, N. / Clarke, J. / Teichmann, S.A.
履歴
登録2014年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Database references
改定 1.22014年12月31日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional protein PyrR
B: Bifunctional protein PyrR
C: Bifunctional protein PyrR
D: Bifunctional protein PyrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,00111
ポリマ－81,7304
非ポリマー2,2717
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10410 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area30310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.940, 77.530, 99.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22B
13A
23D
14C
24B
15C
25D
16B
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNASNASNAA3 - 1804 - 181
21GLNGLNASNASNCC3 - 1804 - 181
12LYSLYSGLUGLUAA4 - 1815 - 182
22LYSLYSGLUGLUBB4 - 1815 - 182
13GLNGLNASNASNAA3 - 1804 - 181
23GLNGLNASNASNDD3 - 1804 - 181
14LYSLYSGLUGLUCC4 - 1795 - 180
24LYSLYSGLUGLUBB4 - 1795 - 180
15GLNGLNASNASNCC3 - 1804 - 181
25GLNGLNASNASNDD3 - 1804 - 181
16LYSLYSGLUGLUBB4 - 1795 - 180
26LYSLYSGLUGLUDD4 - 1795 - 180

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Bifunctional protein PyrR / / PYRIMIDINE OPERON REGULATORY PROTEIN PYRR


分子量: 20432.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: pRSET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41
#2: 化合物
ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP / グアニル酸


分子量: 363.221 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 25.5% PEG 4000, 0.085 M Na Citrate pH 5.6, 0.17 M Ammonium Acetate, 15% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→54.58 Å / Num. obs: 50228 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 2.7 % / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1a3c

1a3c


解像度: 1.93→54.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 4.087 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2136 2692 5.1 %RANDOM
Rwork0.17959 ---
obs0.18136 50228 96.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.056 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å2-0 Å2-1.31 Å2
2--1.45 Å2-0 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.93→54.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5477 0 150 203 5830
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0195698
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0110.025662
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9952.027733
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.759312994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2595694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.08624.656262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.206151058
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.3241556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2931
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.026284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.021160
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.6234.1152797
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.6214.1132796
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.5336.1163484
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.5326.1193485
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.9434.8122901
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.9414.8122901
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.7946.9624250
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.87839.83523543
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.87839.83523543
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A104590.15
12C104590.15
21A106510.14
22B106510.14
31A110550.13
32D110550.13
41C103630.14
42B103630.14
51C103940.16
52D103940.16
61B105630.14
62D105630.14
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 188 -
Rwork0.275 3730 -
obs--96.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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