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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4p37 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Megavirus polyadenylate synthase | ||||||
要素 | (Putative poly(A) polymerase catalytic ...) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / PolyA polymerase | ||||||
機能・相同性 | Poly(A) polymerase catalytic subunit / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Putative poly(A) polymerase catalytic subunit 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Megavirus chiliensis (メガウイルス・キレンシス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.24 Å | ||||||
データ登録者 | Priet, S. / Lartigue, A. / Claverie, J.M. / Abergel, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015 タイトル: mRNA maturation in giant viruses: variation on a theme. 著者: Priet, S. / Lartigue, A. / Debart, F. / Claverie, J.M. / Abergel, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4p37.cif.gz | 231.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4p37.ent.gz | 192.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4p37.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/4p37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/4p37 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Gel filtration confirms the dimerization of the protein in solution |
-要素
-Putative poly(A) polymerase catalytic ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 63666.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Megavirus chiliensis (メガウイルス・キレンシス) 遺伝子: mg561 / プラスミド: modified pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: G5CT11 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 63707.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Megavirus chiliensis (メガウイルス・キレンシス) 遺伝子: mg561 / プラスミド: modified pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: G5CT11 |
-非ポリマー , 4種, 592分子
#3: 化合物 | ChemComp-PEG / #4: 化合物 | ChemComp-TRS / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.85 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 0.1M Tris-HCl, PEG 200 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9793, 0.9795, 0.9770 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月21日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.24→51.3 Å / Num. obs: 62550 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 49.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 6.7 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.24→2.36 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.24→49.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9351 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9181 / SU R Cruickshank DPI: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.255 / SU Rfree Blow DPI: 0.184 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.183
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原子変位パラメータ | Biso mean: 55.14 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.276 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.24→49.38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.24→2.3 Å / Total num. of bins used: 20
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