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Yorodumi- PDB-5zl1: Hexameric structure of copper-containing nitrite reductase of an ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5zl1 | ||||||
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Title | Hexameric structure of copper-containing nitrite reductase of an anammox organism KSU-1 | ||||||
Components | Putative copper-type nitrite reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Copper-containing nitrite reductase | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / copper ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Candidatus Jettenia caeni (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.2 Å | ||||||
Authors | Hira, D. / Matsumura, M. / Kitamura, R. / Fujii, T. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Hexameric structure of copper-containing nitrite reductase of an anammox organism KSU-1 Authors: Hira, D. / Matsumura, M. / Kitamura, R. / Fujii, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5zl1.cif.gz | 246.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5zl1.ent.gz | 196.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5zl1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5zl1_validation.pdf.gz | 4.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5zl1_full_validation.pdf.gz | 4.5 MB | Display | |
Data in XML | 5zl1_validation.xml.gz | 45.3 KB | Display | |
Data in CIF | 5zl1_validation.cif.gz | 62 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/5zl1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/5zl1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1kbwS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
| x 6||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 21 - 326 / Label seq-ID: 21 - 326
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 35976.699 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Candidatus Jettenia caeni (bacteria) / Gene: KSU1_D0929 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: I3IR93 #2: Chemical | ChemComp-CU / #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.35 Å3/Da / Density % sol: 63.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 100mM Tris-HCl, 500mM lithium sulfate, 4% PEG 4000 (pH8.5) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL26B1 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: May 13, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.2→50 Å / Num. obs: 29860 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 1.255 / Net I/σ(I): 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1KBW Resolution: 3.2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 22.064 / SU ML: 0.375 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.482 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 121.2 Å2 / Biso mean: 55.878 Å2 / Biso min: 11.92 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.2→40 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 3.2→3.283 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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