PDB-4ow1: Crystal Structure of Resuscitation Promoting Factor C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ow1

タイトル

Crystal Structure of Resuscitation Promoting Factor C

要素

Resuscitation-promoting factor RpfC

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / Resuscitation Promoting Factor /

Peptidoglycan (ペプチドグリカン) /

Transglycosylase (グリコシルトランスフェラーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素 /

クオラムセンシング / regulation of cell population proliferation /

hydrolase activity / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Chauviac, F.X. / Quay, D.H.X. / Cohen-Gonsaud, M. / Keep, N.H.

資金援助

英国,

フランス, European Union, 5件

組織	認可番号	国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	G0401038	英国
FRISBI	ANR-10-INSB-05-01	フランス
European Union (EU)	X-TB	European Union
Bloomsbury Studentship	FXC	英国
Commonwealth Study Commision	MYCS-2011-252	英国

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: The RpfC (Rv1884) atomic structure shows high structural conservation within the resuscitation-promoting factor catalytic domain.
著者: Chauviac, F.X. / Robertson, G. / Quay, D.H. / Bagneris, C. / Dumas, C. / Henderson, B. / Ward, J. / Keep, N.H. / Cohen-Gonsaud, M.

履歴

登録	2014年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月13日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords / struct_site / symmetry Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text / _struct_site.details / _symmetry.Int_Tables_number
改定 1.4	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ow1.cif.gz	249.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ow1.ent.gz	203.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ow1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/4ow1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/4ow1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3tnv-d 2bje-3 2bje-2 6l0x-1 1hh5-d 5d77-d 6l92-d 1r1g-d 3o5z-1 2v6z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Resuscitation-promoting factor RpfC

B: Resuscitation-promoting factor RpfC

E: Resuscitation-promoting factor RpfC

X: Resuscitation-promoting factor RpfC

W: Resuscitation-promoting factor RpfC

T: Resuscitation-promoting factor RpfC

S: Resuscitation-promoting factor RpfC

U: Resuscitation-promoting factor RpfC

ヘテロ分子

74.6 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Resuscitation-promoting factor RpfC

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
9.38 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Resuscitation-promoting factor RpfC

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9.31 kDa, 1 ポリマー
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3

E: Resuscitation-promoting factor RpfC

ソフトウェアが定義した集合体
9.31 kDa, 1 ポリマー
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4

X: Resuscitation-promoting factor RpfC

ソフトウェアが定義した集合体
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5

W: Resuscitation-promoting factor RpfC

ヘテロ分子

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6

T: Resuscitation-promoting factor RpfC

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7

S: Resuscitation-promoting factor RpfC

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8

U: Resuscitation-promoting factor RpfC

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9.31 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	66.230, 89.930, 78.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.08, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	SER	SER	A	A	4 - 77	4 - 77
2	1	PRO	PRO	SER	SER	B	B	4 - 77	4 - 77
1	2	GLY	GLY	LYS	LYS	A	A	1 - 86	1 - 86
2	2	GLY	GLY	LYS	LYS	E	C	1 - 86	1 - 86
1	3	SER	SER	LEU	LEU	A	A	3 - 79	3 - 79
2	3	SER	SER	LEU	LEU	X	D	3 - 79	3 - 79
1	4	GLY	GLY	LEU	LEU	A	A	1 - 83	1 - 83
2	4	GLY	GLY	LEU	LEU	W	E	1 - 83	1 - 83
1	5	GLY	GLY	TRP	TRP	A	A	1 - 84	1 - 84
2	5	GLY	GLY	TRP	TRP	T	F	1 - 84	1 - 84
1	6	GLY	GLY	LYS	LYS	A	A	1 - 86	1 - 86
2	6	GLY	GLY	LYS	LYS	S	G	1 - 86	1 - 86
1	7	PRO	PRO	SER	SER	A	A	2 - 85	2 - 85
2	7	PRO	PRO	SER	SER	U	H	2 - 85	2 - 85
1	8	PRO	PRO	SER	SER	B	B	4 - 77	4 - 77
2	8	PRO	PRO	SER	SER	E	C	4 - 77	4 - 77
1	9	PRO	PRO	SER	SER	B	B	4 - 77	4 - 77
2	9	PRO	PRO	SER	SER	X	D	4 - 77	4 - 77
1	10	PRO	PRO	SER	SER	B	B	4 - 77	4 - 77
2	10	PRO	PRO	SER	SER	W	E	4 - 77	4 - 77
1	11	PRO	PRO	SER	SER	B	B	4 - 77	4 - 77
2	11	PRO	PRO	SER	SER	T	F	4 - 77	4 - 77
1	12	PRO	PRO	SER	SER	B	B	4 - 77	4 - 77
2	12	PRO	PRO	SER	SER	S	G	4 - 77	4 - 77
1	13	PRO	PRO	SER	SER	B	B	4 - 77	4 - 77
2	13	PRO	PRO	SER	SER	U	H	4 - 77	4 - 77
1	14	SER	SER	LEU	LEU	E	C	3 - 79	3 - 79
2	14	SER	SER	LEU	LEU	X	D	3 - 79	3 - 79
1	15	GLY	GLY	LEU	LEU	E	C	1 - 83	1 - 83
2	15	GLY	GLY	LEU	LEU	W	E	1 - 83	1 - 83
1	16	GLY	GLY	TRP	TRP	E	C	1 - 84	1 - 84
2	16	GLY	GLY	TRP	TRP	T	F	1 - 84	1 - 84
1	17	GLY	GLY	LYS	LYS	E	C	1 - 86	1 - 86
2	17	GLY	GLY	LYS	LYS	S	G	1 - 86	1 - 86
1	18	PRO	PRO	SER	SER	E	C	2 - 85	2 - 85
2	18	PRO	PRO	SER	SER	U	H	2 - 85	2 - 85
1	19	SER	SER	LEU	LEU	X	D	3 - 79	3 - 79
2	19	SER	SER	LEU	LEU	W	E	3 - 79	3 - 79
1	20	SER	SER	LEU	LEU	X	D	3 - 79	3 - 79
2	20	SER	SER	LEU	LEU	T	F	3 - 79	3 - 79
1	21	SER	SER	LEU	LEU	X	D	3 - 79	3 - 79
2	21	SER	SER	LEU	LEU	S	G	3 - 79	3 - 79
1	22	SER	SER	LEU	LEU	X	D	3 - 79	3 - 79
2	22	SER	SER	LEU	LEU	U	H	3 - 79	3 - 79
1	23	GLY	GLY	LEU	LEU	W	E	1 - 83	1 - 83
2	23	GLY	GLY	LEU	LEU	T	F	1 - 83	1 - 83
1	24	GLY	GLY	LEU	LEU	W	E	1 - 83	1 - 83
2	24	GLY	GLY	LEU	LEU	S	G	1 - 83	1 - 83
1	25	PRO	PRO	LEU	LEU	W	E	2 - 83	2 - 83
2	25	PRO	PRO	LEU	LEU	U	H	2 - 83	2 - 83
1	26	GLY	GLY	TRP	TRP	T	F	1 - 84	1 - 84
2	26	GLY	GLY	TRP	TRP	S	G	1 - 84	1 - 84
1	27	PRO	PRO	TRP	TRP	T	F	2 - 84	2 - 84
2	27	PRO	PRO	TRP	TRP	U	H	2 - 84	2 - 84
1	28	PRO	PRO	SER	SER	S	G	2 - 85	2 - 85
2	28	PRO	PRO	SER	SER	U	H	2 - 85	2 - 85

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Resuscitation-promoting factor RpfC 分子量: 9313.296 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 68-159 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rva / 遺伝子: MTCY180.34,Rv1884c,rpfC / プラスミド: pET15bTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O07747, 加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M NaCitrate pH 5, 22% (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0723 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.536
1	1	-H, -K, H+L	2	0.464

反射

解像度: 1.9→44.97 Å / Num. all: 64809 / Num. obs: 64089 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 8.3

反射シェル

解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.382 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.9→38.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 3.95 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.027 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23548	3271	5 %	RANDOM
R_work	0.20502	-	-	-
obs	0.20653	61793	99.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.634 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	29.72 Å²	0 Å²	15.41 Å²
2-	-	-19.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	-9.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→38.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4741	0	8	232	4981

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.02	4919
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.014	0.02	4397
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.823	1.903	6742
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.742	3.002	10063
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.661	5	669
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.014	25.437	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.923	15	590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.003	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	677
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.021	6015
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.087	1.862	2667
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.083	1.862	2666
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.734	2.783	3324
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.734	2.783	3325
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.253	2.013	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.254	2.014	2253
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.067	2.957	3414
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.229	15.686	5863
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.23	15.69	5864
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	3671	0.03
1	2	B	3671	0.03
2	1	A	4179	0.08
2	2	E	4179	0.08
3	1	A	3807	0.04
3	2	X	3807	0.04
4	1	A	4064	0.05
4	2	W	4064	0.05
5	1	A	4094	0.08
5	2	T	4094	0.08
6	1	A	4189	0.08
6	2	S	4189	0.08
7	1	A	4164	0.06
7	2	U	4164	0.06
8	1	B	3627	0.04
8	2	E	3627	0.04
9	1	B	3656	0.02
9	2	X	3656	0.02
10	1	B	3649	0.02
10	2	W	3649	0.02
11	1	B	3597	0.05
11	2	T	3597	0.05
12	1	B	3643	0.04
12	2	S	3643	0.04
13	1	B	3647	0.03
13	2	U	3647	0.03
14	1	E	3799	0.05
14	2	X	3799	0.05
15	1	E	4080	0.06
15	2	W	4080	0.06
16	1	E	4211	0.05
16	2	T	4211	0.05
17	1	E	4198	0.08
17	2	S	4198	0.08
18	1	E	4182	0.07
18	2	U	4182	0.07
19	1	X	3816	0.04
19	2	W	3816	0.04
20	1	X	3759	0.05
20	2	T	3759	0.05
21	1	X	3809	0.05
21	2	S	3809	0.05
22	1	X	3803	0.05
22	2	U	3803	0.05
23	1	W	4043	0.07
23	2	T	4043	0.07
24	1	W	4081	0.07
24	2	S	4081	0.07
25	1	W	4062	0.06
25	2	U	4062	0.06
26	1	T	4138	0.07
26	2	S	4138	0.07
27	1	T	4100	0.08
27	2	U	4100	0.08
28	1	S	4140	0.08
28	2	U	4140	0.08

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	271	-
R_work	0.216	4462	-
obs	-	-	99.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3122	-0.5382	0.4021	4.1517	-1.9467	3.3106	-0.0257	0.3041	0.2101	-0.2287	0.0462	-0.0216	-0.2111	0.029	-0.0204	0.0579	-0.0176	0.0058	0.0487	0.0224	0.0266	40.9092	15.1342	7.2974
2	2.1264	-0.286	-0.4531	4.466	-0.761	2.4723	0.0077	0.3267	0.1616	-0.4269	-0.0509	-0.0762	-0.0978	0.0196	0.0432	0.0595	-0.0131	0.0093	0.0789	0.0343	0.0726	9.9805	14.0175	1.0657
3	2.1572	0.6021	-0.6817	3.9982	-1.7363	2.6346	0.0872	-0.3739	-0.2187	0.3964	0.0007	-0.1578	0.1766	0.0699	-0.088	0.1117	-0.0036	-0.0557	0.0773	0.0294	0.0566	40.9462	-13.6175	31.9093
4	2.2744	0.54	-0.8736	4.9954	-0.2963	3.3136	-0.0598	-0.2931	0.1203	0.5935	0.0713	-0.0397	-0.1971	0.0343	-0.0115	0.0968	0.0281	-0.0016	0.0687	-0.0195	0.0416	4.5045	10.8514	23.7808
5	2.7991	0.6362	-0.0792	3.9713	0.4556	2.5706	-0.0107	-0.4101	0.1723	0.4952	0.0311	-0.0186	-0.2805	0.0269	-0.0205	0.114	0.0237	-0.0057	0.0804	-0.031	0.0313	38.9426	11.5325	31.8155
6	3.6997	-0.6813	0.7256	3.8829	0.4055	2.264	-0.0203	0.4249	-0.1525	-0.4637	0.1202	0.0568	0.2608	0.0468	-0.0999	0.1124	-0.0384	-0.0142	0.0636	-0.0151	0.0101	39.2607	-10.2004	7.3235
7	3.3092	-1.4271	0.3588	2.5464	0.3862	1.0584	0.0251	0.4913	-0.1654	-0.2257	0.0097	0.1511	0.2858	-0.0443	-0.0347	0.1738	-0.0898	0.0036	0.1484	-0.0367	0.0878	6.8385	-10.2981	-0.3439
8	1.7161	0.4365	-0.5616	3.5489	-1.5524	1.9469	0.0759	-0.2921	-0.2449	0.1622	-0.0076	-0.2104	0.2116	0.0808	-0.0682	0.1131	0.0073	-0.0399	0.0939	0.0373	0.1108	8.0692	-13.6157	24.4319

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 86
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 78
3	X-RAY DIFFRACTION	3	E	1 - 86
4	X-RAY DIFFRACTION	4	X	3 - 80
5	X-RAY DIFFRACTION	5	W	1 - 84
6	X-RAY DIFFRACTION	6	T	1 - 85
7	X-RAY DIFFRACTION	7	S	1 - 85
8	X-RAY DIFFRACTION	8	U	2 - 86

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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