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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4oh0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of OXA-58 carbapenemase | ||||||
要素 | Beta-lactamase OXA-58 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / beta-lactamase (Β-ラクタマーゼ) / antibiotic resistance (抗微生物薬耐性) / carboxylated lysine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Smith, C.A. / Antunes, N.T. / Toth, M. / Vakulenko, S.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2014 タイトル: Crystal Structure of Carbapenemase OXA-58 from Acinetobacter baumannii. 著者: Smith, C.A. / Antunes, N.T. / Toth, M. / Vakulenko, S.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4oh0.cif.gz | 113.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4oh0.ent.gz | 92.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4oh0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/4oh0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/4oh0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31498.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: blaOXA-58, bla-oxa-58, bla-oxa58 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2TR58 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.92 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 30% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月22日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→38.5 Å / Num. all: 56879 / Num. obs: 56879 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 14.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 17 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.33 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.795 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 96 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→38.103 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.47 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→38.103 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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