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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ogw | ||||||
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タイトル | Structure of a human CD38 mutant complexed with NMN | ||||||
要素 | ADP-ribosyl cyclase 1環状アデノシン二リン酸リボース | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ADP-ribosyl cyclase (NAD(P)+ヌクレオシダーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / ニコチン酸 / NAD+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / NADP+ nucleosidase activity / negative regulation of bone resorption ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / ニコチン酸 / NAD+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / NADP+ nucleosidase activity / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide / long-term synaptic depression / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / B cell proliferation / response to retinoic acid / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / response to interleukin-1 / response to progesterone / female pregnancy / apoptotic signaling pathway / B cell receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / response to estradiol / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / transferase activity / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / 細胞膜 / シグナル伝達 / extracellular exosome / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Shewchuk, L.M. / Preugschat, F. / Carter, L.H. / Boros, E.E. / Moyer, M.B. / Stewart, E.L. / Porter, D.J.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2014 タイトル: A pre-steady state and steady state kinetic analysis of the N-ribosyl hydrolase activity of hCD157. 著者: Preugschat, F. / Carter, L.H. / Boros, E.E. / Porter, D.J. / Stewart, E.L. / Shewchuk, L.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ogw.cif.gz | 69 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ogw.ent.gz | 49.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ogw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/4ogw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/4ogw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1yh3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29662.609 Da / 分子数: 1 / 断片: CD38, UNP residues 46-300 / 変異: N100D, N164D, N209D, N219D, E226Q / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Expressed with a FLAG-6xHis-Tev tag. Tag cleaved prior to crystallization 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P28907, NAD+ヌクレオシダーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-NMN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.58 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 23% PEG3350, 0.1M Bis-Tris-Propane, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月31日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→48.45 Å / Num. all: 15181 / Num. obs: 14373 / % possible obs: 99.66 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 38.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.054→2.107 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Mean I/σ(I) obs: 9.8 / Num. unique all: 990 / % possible all: 96.06 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1YH3 解像度: 2.05→48.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 4.583 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.365 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→48.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.054→2.107 Å / Total num. of bins used: 20
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