PDB-4og7: Human menin with bound inhibitor MIV-7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4og7

タイトル

Human menin with bound inhibitor MIV-7

要素

Menin

キーワード

PROTEIN BINDING/INHIBITOR / PROTEIN BINDING-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Y-form DNA binding / negative regulation of telomerase activity / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of JNK cascade / MLL1/2 complex / T-helper 2 cell differentiation / osteoblast development /

histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

He, S. / Senter, T.J. / Pollock, J.W. / Han, C. / Upadhyay, S.K. / Purohit, T. / Gogliotti, R.D. / Lindsley, C.W. / Cierpicki, T. / Stauffer, S.R. / Grembecka, J.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: High-Affinity Small-Molecule Inhibitors of the Menin-Mixed Lineage Leukemia (MLL) Interaction Closely Mimic a Natural Protein-Protein Interaction.
著者: He, S. / Senter, T.J. / Pollock, J. / Han, C. / Upadhyay, S.K. / Purohit, T. / Gogliotti, R.D. / Lindsley, C.W. / Cierpicki, T. / Stauffer, S.R. / Grembecka, J.

履歴

登録	2014年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4og7.cif.gz	202.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4og7.ent.gz	160.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4og7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/4og7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/4og7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4og3C 4og4C 4og5C 4og6C 4og8C 4gpqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5db0-d 5db2-d 4og8-d 4og6-d 6o5i-d 6bxy-d 4og5-d 6bxh-d 6opj-d 4gq3-d 4og4-d 5ddb-d 5ddc-d 5dde-d 4gq4-d 4lil-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Menin

ヘテロ分子

55.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.040, 79.737, 124.801
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Menin 分子量: 54600.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEN1, SCG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00255

-
非ポリマー , 6種, 177分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-2SE / 4-(3-{4-[(S)-cyclopentyl(hydroxy)pyridin-2-ylmethyl]piperidin-1-yl}propoxy)benzenesulfonamide 分子量: 473.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₃₅N₃O₄S
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.84 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl (pH 8.0), 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data ...詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl (pH 8.0), 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K

結晶

マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.84 %

結晶化

温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl (pH 8.0), 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data ...

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月8日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→39.08 Å / Num. all: 189357 / Num. obs: 28805 / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 19.64

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 4GPQ

4gpq

解像度: 2.08→39.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 8.418 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22177	1457	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17233	-	-	-
obs	0.17487	27206	96.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.969 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.23 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→39.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3658	0	78	168	3904

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	3821
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	3644
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.79	1.978	5176
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.072	3.007	8350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.229	5	466
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.892	23.647	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.562	15	615
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.458	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	579
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	4273
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	887
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.714	1.992	1873
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.714	1.992	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.611	2.975	2337
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.611	2.975	2337
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.613	2.292	1948
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.613	2.294	1949
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.796	3.31	2840
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.974	16.623	4524
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.938	16.466	4483
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.08→2.134 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.296	94	-
R_work	0.223	1726	-
obs	-	-	86.34 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1298	1.251	0.9196	2.9672	-0.2476	4.0249	-0.0525	-0.097	-0.3356	-0.0189	-0.042	-0.1958	0.4259	0.2824	0.0945	0.092	0.0472	-0.0313	0.1606	0.054	0.16	-5.76	-10.121	-0.065
2	1.7681	0.8812	0.3835	1.2757	0.1608	1.9793	0.0791	-0.2551	0.0134	0.0843	-0.0413	0.0752	0.1618	-0.0081	-0.0378	0.0857	-0.0114	-0.0322	0.1943	0.0317	0.102	-16.636	-5.643	3.789
3	1.9407	0.725	1.0483	3.0146	2.2616	5.7317	-0.0161	-0.2031	0.204	-0.0121	-0.0315	0.0765	0.0563	-0.3717	0.0476	0.0035	0.0111	0.0014	0.1707	0.0257	0.1027	-29.623	-1.552	-7.22
4	1.1755	-0.3413	0.2918	0.9923	-0.3602	1.4347	0.0625	-0.1063	-0.016	0.0229	0.0141	0.0524	0.1509	-0.0883	-0.0766	0.0684	-0.0311	-0.0072	0.1746	0.0138	0.1294	-21.728	-0.276	-9.857
5	2.1061	-0.2605	0.6254	1.3374	-1.1277	2.1858	-0.0185	-0.0774	0.0912	-0.062	0.0628	0.1512	0.0082	-0.1616	-0.0443	0.1002	0.0008	-0.0111	0.178	-0.011	0.1485	-21.136	4.425	-19.93
6	2.0695	0.3377	-0.1148	1.1099	-0.3211	2.0008	0.0737	-0.2041	0.0778	0.116	-0.1246	-0.1251	-0.0212	0.2224	0.0508	0.0205	-0.0073	-0.0264	0.1602	0.0214	0.1222	-2.182	7.097	-5.922
7	0.2945	0.1744	-0.0267	1.4173	-0.3204	0.5321	0.0122	-0.0157	0.0185	-0.0223	-0.0661	-0.0782	-0.0264	0.0742	0.0539	0.0181	-0.0083	-0.0048	0.1331	0.0155	0.1105	-7.202	23.335	-21.122
8	3.7381	1.2524	-2.7136	2.5689	-1.2637	3.7009	0.0201	0.0146	0.0546	-0.0245	0.0051	0.051	-0.1934	-0.0005	-0.0252	0.0807	0.0228	-0.0291	0.1808	0.0207	0.1466	-10.102	36.423	-26.987
9	4.2096	-1.5883	0.1633	6.6034	0.1717	1.147	-0.1245	0.1721	0.2282	0.0815	0.0457	-0.4364	0.0118	0.1949	0.0788	0.0641	0.002	-0.0621	0.1206	0.0256	0.1147	-12.568	36.504	-33.656
10	36.2132	-32.9962	11.6323	30.066	-10.6001	3.7582	-0.4478	-0.9045	-0.6569	0.3697	0.7938	0.6035	-0.1163	-0.3063	-0.346	0.423	-0.0676	-0.0097	0.2544	0.0363	0.6084	-28.792	43.728	-29.957

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 37
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	38 - 109
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	110 - 136
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	137 - 202
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	203 - 238
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	239 - 295
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	296 - 428
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	429 - 460
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	461 - 580
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	581 - 588

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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データ収集

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)