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- PDB-4not: Crystal structure of Dioclea sclerocarpa lectin complexed with X-man -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4not
タイトルCrystal structure of Dioclea sclerocarpa lectin complexed with X-man
要素Lectin alpha chain
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Jelly-roll motif / Lectin (レクチン) / Carbohydrate/Sugar Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


aleurone grain / D-glucose binding / 液胞 / D-mannose binding / manganese ion binding / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-XMM / Lectin alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Dioclea sclerocarpa (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Barroso-Neto, I.L. / Teixeira, C.S. / Correia, J.L.A. / Santiago, M.Q. / Pinto-Junior, V.R. / Osterne, V.J.S. / Plinio, D. / Rocha, B.A.M. / Cavada, B.S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Dioclea sclerocarpa lectin complexed with X-man
著者: Barroso-Neto, I.L. / Teixeira, C.S. / Correia, J.L.A. / Santiago, M.Q. / Pinto-Junior, V.R. / Osterne, V.J.S. / Plinio, D. / Rocha, B.A.M. / Cavada, B.S.
履歴
登録2013年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lectin alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1354
ポリマ－25,6311
非ポリマー5043
水1,62190
1
A: Lectin alpha chain
ヘテロ分子

A: Lectin alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2708
ポリマ－51,2632
非ポリマー1,0076
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area18760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.940, 66.610, 108.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Lectin alpha chain / DSL / Lectin beta chain / Lectin gamma chain


分子量: 25631.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: seed / 由来: (天然) Dioclea sclerocarpa (マメ科) / 参照: UniProt: B3EWJ2
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 糖 ChemComp-XMM / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl alpha-D-mannopyranoside / (2R,3S,4S,5S,6R)-2-(5-BROMO-4-CHLORO-1H-INDOL-3-YLOXY)-TETRAHYDRO-6-(HYDROXYMETHYL)-2H-PYRAN-3,4,5-TRIOL / (5-BROMO-4-CHLORO-3-INDOLYL)-Alpha-D-MANNOSE / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl alpha-D-mannoside / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl D-mannoside / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl mannoside / 4-クロロ-5-ブロモ-1H-インド-ル-3-イルα-D-マンノピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 408.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H15BrClNO6
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.5 M Ammonium sulfate; 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate; 1.3 M Lithium sulfate monohydrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月1日
放射モノクロメーター: Double Flat Crystal Monochromator with Fixed-exit
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→56.788 Å / Num. all: 134440 / Num. obs: 10134 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 27.962 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.35-2.484.60.2053.4680014730.205100
2.48-2.634.60.1764635213690.176100
2.63-2.814.60.1464.6598813030.146100
2.81-3.034.50.1155.1541612110.115100
3.03-3.324.40.0946.2495911240.094100
3.32-3.724.30.0727.6434410190.072100
3.72-4.294.10.0637.737049020.06399.9
4.29-5.254.20.0666.632917790.06699.9
5.25-7.434.50.0738.127526150.07399.9
7.43-28.3944.10.05211.914063390.05294

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.35 Å28.39 Å
Translation2.35 Å28.39 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
MAR345データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→28.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / WRfactor Rfree: 0.2632 / WRfactor Rwork: 0.2242 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8163 / SU R Cruickshank DPI: 0.4858 / SU Rfree: 0.2727 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.486 / ESU R Free: 0.273 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2565 490 4.8 %RANDOM
Rwork0.2094 ---
all0.2115 ---
obs0.2115 10134 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.42 Å2 / Biso mean: 28.4613 Å2 / Biso min: 14.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.55 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.54 Å20 Å2
3----3.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→28.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1790 0 25 90 1905
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0191856
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021697
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9271.9572531
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.80633918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3965232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.86824.54577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.79615286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.949157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212102
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.02423
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 36 -
Rwork0.238 710 -
all-746 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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