PDB-4nfz: Crystal structure of polymerase subunit PA N-terminal endonucleas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nfz

タイトル

Crystal structure of polymerase subunit PA N-terminal endonuclease domain from bat-derived influenza virus H17N10

要素

Polymerase PA

キーワード

RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA endonuclease /

Manganese Binding (マンガン)

機能・相同性

機能・相同性情報

viral RNA genome replication /

RNA binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Tefsen, B. / Lu, G. / Zhu, Y. / Haywood, J. / Zhao, L. / Deng, T. / Qi, J. / Gao, G.F.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: The N-Terminal Domain of PA from Bat-Derived Influenza-Like Virus H17N10 Has Endonuclease Activity
著者: Tefsen, B. / Lu, G. / Zhu, Y. / Haywood, J. / Zhao, L. / Deng, T. / Qi, J. / Gao, G.F.

履歴

登録	2013年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nfz.cif.gz	258.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nfz.ent.gz	212.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nfz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/4nfz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/4nfz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2w69S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ow7-1 1vzv-d 4avg-3 4awh-3 6ydc-4 1edo-d 3roz-d 1dah-d 2o8n-d 4q82-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Polymerase PA

B: Polymerase PA

C: Polymerase PA

ヘテロ分子

76.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polymerase PA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Polymerase PA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Polymerase PA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

B: Polymerase PA

ヘテロ分子

B: Polymerase PA

ヘテロ分子

A: Polymerase PA

C: Polymerase PA

ヘテロ分子

A: Polymerase PA

C: Polymerase PA

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
153 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.300, 74.300, 401.159
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Polymerase PA 分子量: 25503.424 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1-206 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/little yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010(H17N10) 遺伝子: PA / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H6QM92
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.12 %
結晶化	温度: 291 K / pH: 6.5 詳細: 0.1M sodium chloride, 0.1M Bis-Tris, 1.5M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月21日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.699→50 Å / Num. obs: 19269 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.6 % / R_merge(I) obs: 0.112 / R_sym value: 0.112 / Net I/σ(I): 27.69
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 16.4 % / R_merge(I) obs: 0.654 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / R_sym value: 0.654 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
AMoRE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2W69

2w69

解像度: 2.7→42.8 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	988	5.14 %
R_work	0.24	-	-
obs	0.242	19228	99.9 %
all	-	19228	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→42.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4902	0	3	22	4927

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	5001
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.551	6723
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.655	1902
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.099	699
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	885

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.699-2.8415	0.3576	141	0.3165	2518	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8415-3.0195	0.3445	132	0.2923	2516	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0195-3.2525	0.3733	125	0.2865	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2525-3.5797	0.3205	147	0.2671	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5797-4.0973	0.2479	170	0.2289	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0973-5.1608	0.2262	133	0.2014	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1608-42.8011	0.2626	140	0.2211	2868	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9111	-1.1925	0.0577	3.6861	-0.379	2.043	0.0779	-0.0944	0.1296	0.7055	0.1117	0.2995	0.0076	-0.1279	0.0187	0.3924	-0.0107	0.0112	0.2343	0.0128	0.2667	36.712	11.3574	18.4183
2	1.4294	1.5897	-0.1028	3.5269	0.5926	2.3759	-0.1237	-0.1971	0.1027	0.3372	-0.0473	0.5665	0.1757	-0.06	0.0884	0.3736	0.0403	0.0211	0.3418	-0.0229	0.3792	30.564	-7.8732	25.5554
3	1.957	0.4678	0.4021	2.7191	-0.0934	2.0401	-0.2659	0.2105	-0.3127	-0.6413	0.1521	-1.0263	0.7054	0.7345	0.0883	0.4823	0.1258	0.0911	0.4949	0.073	0.479	46.5126	-7.0747	15.6303
4	1.7423	0.3641	-1.0123	4.9155	-0.7622	2.7886	-0.0354	0.448	0.1718	-0.6934	0.2706	-0.2985	0.1942	0.1956	-0.012	0.4448	-0.0276	0.0061	0.3987	-0.0384	0.2638	40.8291	4.817	6.0621
5	2.5475	0.9602	0.0766	3.0559	0.0402	3.8319	-0.0719	0.3604	-0.469	-0.2224	-0.2803	0.1014	0.1863	-0.075	0.0018	0.3369	0.0426	-0.0035	0.4158	-0.0622	0.5467	37.2093	7.9568	49.3788
6	3.9393	2.4143	0.374	4.1143	-1.4146	1.7478	0.0951	-0.326	0.4065	0.2858	-0.1402	0.5307	-0.342	-0.0785	-0.0515	0.3062	-0.0136	-0.0078	0.3275	-0.1013	0.3834	49.6842	24.4382	51.3334
7	2.6332	-0.4646	0.5412	3.0004	-0.7171	1.9082	-0.2211	0.0716	-0.3436	-0.2961	0.2312	-0.2847	0.1719	0.0537	-0.001	0.269	-0.0074	0.0539	0.3757	-0.064	0.3497	55.1805	15.4901	40.222
8	0.5389	-0.1078	-1.1734	2.3329	0.0313	2.794	-0.042	-0.8514	-0.8714	0.2357	-0.0176	-0.4774	0.1782	0.5203	1.096	0.2654	0.0085	-0.1421	0.5182	0.3252	0.5521	54.6195	8.4427	57.3452
9	1.7161	0.2441	0.5317	3.3017	-0.3389	2.691	-0.1737	0.2086	0.6123	-0.3102	0.2179	0.1544	-0.3921	0.4938	0.0086	0.3833	-0.0247	0.0451	0.4407	0.0306	0.434	20.5424	6.8956	55.9689
10	1.9872	-0.4478	-1.9463	5.7112	0.7893	2.5896	-0.2279	0.2137	0.128	-0.1296	0.0182	0.0255	0.0846	0.0409	0.0945	0.3466	0.0004	-0.0343	0.3223	0.0041	0.3449	25.3521	-10.1196	45.9631
11	2.6006	0.0363	0.1271	2.1546	0.1728	2.7271	-0.0824	0.311	0.0086	-0.0061	0.0588	1.1749	0.0175	-0.3685	0.0892	0.6297	-0.1024	0.1282	0.5659	-0.0252	0.6711	10.4071	-12.0465	53.8001
12	1.3367	-0.4599	0.1383	4.2248	2.5299	2.463	0.2542	-0.3986	-0.33	0.9529	-0.2984	1.1965	0.5464	-0.3887	0.0254	0.8584	-0.0344	0.1991	0.4533	0.0183	0.5205	15.5464	-1.7938	66.5574

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 49 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 50 through 123 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 124 through 164 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 165 through 196 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 31 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 32 through 75 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 76 through 149 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 150 through 196 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 1 through 49 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 50 through 126 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 127 through 164 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 165 through 196 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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