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- PDB-4nfo: Crystal Structure Analysis of the 16mer GCAGACUUAAGUCUGC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nfo
タイトルCrystal Structure Analysis of the 16mer GCAGACUUAAGUCUGC
要素GCAGACUUAAGUCUGC
キーワードRNA (リボ核酸) / RNA 16mer oligo
機能・相同性スペルミン / リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Beal, P.A. / Fisher, A.J. / Phelps, K.J. / Ibarra-Soza, J.M. / Zheng, Y.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Click Modification of RNA at Adenosine: Structure and Reactivity of 7-Ethynyl- and 7-Triazolyl-8-aza-7-deazaadenosine in RNA.
著者: Phelps, K.J. / Ibarra-Soza, J.M. / Tran, K. / Fisher, A.J. / Beal, P.A.
履歴
登録2013年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月3日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GCAGACUUAAGUCUGC
B: GCAGACUUAAGUCUGC
C: GCAGACUUAAGUCUGC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4974
ポリマ－15,2943
非ポリマー2021
水39622
1
A: GCAGACUUAAGUCUGC

A: GCAGACUUAAGUCUGC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1962
ポリマ－10,1962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
Buried area1510 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area5870 Å2
手法PISA
2
B: GCAGACUUAAGUCUGC
C: GCAGACUUAAGUCUGC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3983
ポリマ－10,1962
非ポリマー2021
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area5980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.980, 43.080, 48.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.98, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: G / Beg label comp-ID: G / End auth comp-ID: C / End label comp-ID: C / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 1 - 16 / Label seq-ID: 1 - 16

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
詳細Asymmetric unit contains 1.5 RNA duplexes

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要素

#1: RNA鎖 GCAGACUUAAGUCUGC


分子量: 5098.079 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.27 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% MPD(v/v)(Drop), 35% MPD(v/v)(reservoir), 40mM Na-cacodylate trihydrate (pH 7), 12mM spermine tetrahydrochloride, 80mM SrCl2, 20mM MgCl2 hexahydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.148 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月19日
放射モノクロメーター: Si(111) Side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.148 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→35.81 Å / Num. all: 9759 / Num. obs: 9115 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 17.06
反射 シェル解像度: 1.96→2.01 Å / 冗長度: 1.87 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / Num. unique all: 706 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.96→35.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 13.127 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 443 4.9 %RANDOM
Rwork0.21709 ---
all0.21839 9115 --
obs0.21839 8672 93.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.364 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.06 Å20 Å2-0.93 Å2
2--1.81 Å20 Å2
3----1.92 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.171 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→35.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1011 14 22 1047
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0111141
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.02497
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5841.2911764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.71431203
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2192
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.02568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02252
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.01 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A919
12B919
21A919
22C919
31B923
32C923
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.011 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 27 -
Rwork0.379 651 -
obs-651 97.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.42432.8779-1.310813.6947-1.12388.59520.36610.61660.2664-0.1220.10650.53420.367-0.1017-0.47260.08380.0208-0.01260.19380.08640.093558.686521.57134.9369
25.8119-1.6194-2.03876.20444.38273.24630.6580.72170.287-0.3007-0.4622-0.0774-0.3226-0.3688-0.19580.19810.02550.00650.14380.04660.10669.0120.494424.1121
34.26171.36693.57321.10550.05374.78730.28940.5431-0.51840.170.1552-0.15620.10870.4677-0.44460.13550.0512-0.12880.1466-0.07390.148759.228712.738214.1039
49.001-4.0006-0.4785.62581.05230.20980.01770.20410.0351-0.81220.1469-0.6664-0.16920.0461-0.16460.2142-0.00470.10550.1853-0.07420.127958.552322.97262.8659
55.68742.7092-0.38868.6227-4.555110.5975-0.1359-0.28640.38920.45630.77140.7618-0.20140.2724-0.63550.18290.04730.07080.25290.05390.132242.941637.34656.8236
63.2022-2.05054.29215.1833-1.55826.127-0.151-0.4979-0.14840.04370.4130.1817-0.1292-0.604-0.2620.0555-0.04810.02750.1864-0.02290.103648.966928.971117.6931
71.9354-2.4339-2.517910.05833.89093.3509-0.2373-0.25560.22450.13990.5691-0.58670.28230.3552-0.33180.0373-0.0056-0.01080.1864-0.11430.118750.733341.297927.7183
85.9655-3.4008-1.3014.4592.09451.01010.2269-0.7063-0.45230.3633-0.0176-0.25890.2164-0.0546-0.20930.1581-0.0545-0.14190.24310.09850.152841.512636.769438.9492
913.7105-0.58545.72472.4588-0.38511.43110.50880.1884-0.5963-0.4297-0.05690.00620.00040.3605-0.45190.1393-0.0067-0.06960.1277-0.00270.099546.54930.909634.9746
104.7247-0.8921-2.29265.6347-4.38485.3618-0.0905-0.1392-0.0494-1.02210.35290.24270.9184-0.2655-0.26250.1935-0.0642-0.0470.2106-0.0430.0942.351240.315524.1143
114.3163-4.7728-4.23316.95476.6516.47840.5277-0.1580.4594-0.68780.0483-0.6249-0.6097-0.0302-0.5760.158-0.0750.09250.1811-0.05230.134853.978535.766614.1123
121.8008-0.1782-0.48369.8061.1172.6803-0.0060.57320.4773-0.45050.16210.3071-0.08770.0158-0.1560.0943-0.0015-0.00450.2090.15140.147245.547530.04592.8223
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 4
2X-RAY DIFFRACTION2A5 - 8
3X-RAY DIFFRACTION3A9 - 12
4X-RAY DIFFRACTION4A13 - 16
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 4
6X-RAY DIFFRACTION6B5 - 8
7X-RAY DIFFRACTION7B9 - 12
8X-RAY DIFFRACTION8B13 - 16
9X-RAY DIFFRACTION9C1 - 4
10X-RAY DIFFRACTION10C5 - 8
11X-RAY DIFFRACTION11C9 - 12
12X-RAY DIFFRACTION12C13 - 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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