+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nc3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the 5-HT2B receptor solved using serial femtosecond crystallography in lipidic cubic phase. | ||||||
要素 | Chimera protein of human 5-hydroxytryptamine receptor 2B and E. Coli soluble cytochrome b562 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / Serial femtosecond crystallography / human 5HT2B receptor / ergotamine (エルゴタミン) / novel protein engineering / GPCR Network / Membrane protein (膜タンパク質) / lipidic cubic phase / PSI-Biology / free electron laser (自由電子レーザー) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / membrane (生体膜) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 行動 / intestine smooth muscle contraction / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / protein kinase C signaling / regulation of behavior / セロトニン受容体 ...行動 / intestine smooth muscle contraction / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / protein kinase C signaling / regulation of behavior / セロトニン受容体 / cellular response to temperature stimulus / embryonic morphogenesis / serotonin binding / G protein-coupled serotonin receptor activity / 血管収縮 / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neurotransmitter receptor activity / G protein-coupled receptor internalization / cardiac muscle hypertrophy / neural crest cell differentiation / 神経堤 / cGMP-mediated signaling / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / positive regulation of cell division / activation of phospholipase C activity / G-protein alpha-subunit binding / heart morphogenesis / release of sequestered calcium ion into cytosol / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of endothelial cell proliferation / GTPase activator activity / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / calcium-mediated signaling / positive regulation of cytokine production / positive regulation of MAP kinase activity / intracellular calcium ion homeostasis / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / electron transfer activity / ペリプラズム / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / response to xenobiotic stimulus / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / リン酸化 / 樹状突起 / シナプス / positive regulation of cell population proliferation / heme binding / negative regulation of apoptotic process / 核質 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, W. / Wacker, D. / Gati, C. / Han, G.W. / James, D. / Wang, D. / Nelson, G. / Weierstall, U. / Katritch, V. / Barty, A. ...Liu, W. / Wacker, D. / Gati, C. / Han, G.W. / James, D. / Wang, D. / Nelson, G. / Weierstall, U. / Katritch, V. / Barty, A. / Zatsepin, N.A. / Li, D. / Messerschmidt, M. / Boutet, S. / Williams, G.J. / Koglin, J.E. / Seibert, M.M. / Wang, C. / Shah, S.T.A. / Basu, S. / Fromme, R. / Kupitz, C. / Rendek, K.N. / Grotjohann, I. / Fromme, P. / Kirian, R.A. / Beyerlein, K.R. / White, T.A. / Chapman, H.N. / Caffrey, M. / Spence, J.C.H. / Stevens, R.C. / Cherezov, V. / GPCR Network (GPCR) | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2013 タイトル: Serial femtosecond crystallography of G protein-coupled receptors. 著者: Liu, W. / Wacker, D. / Gati, C. / Han, G.W. / James, D. / Wang, D. / Nelson, G. / Weierstall, U. / Katritch, V. / Barty, A. / Zatsepin, N.A. / Li, D. / Messerschmidt, M. / Boutet, S. / ...著者: Liu, W. / Wacker, D. / Gati, C. / Han, G.W. / James, D. / Wang, D. / Nelson, G. / Weierstall, U. / Katritch, V. / Barty, A. / Zatsepin, N.A. / Li, D. / Messerschmidt, M. / Boutet, S. / Williams, G.J. / Koglin, J.E. / Seibert, M.M. / Wang, C. / Shah, S.T. / Basu, S. / Fromme, R. / Kupitz, C. / Rendek, K.N. / Grotjohann, I. / Fromme, P. / Kirian, R.A. / Beyerlein, K.R. / White, T.A. / Chapman, H.N. / Caffrey, M. / Spence, J.C. / Stevens, R.C. / Cherezov, V. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4nc3.cif.gz | 173.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4nc3.ent.gz | 133.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4nc3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4nc3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4nc3 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 4ib4S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.11577/1169541 / データの種類: diffraction image data |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 48283.273 Da / 分子数: 1 / 断片: BRIL / 変異: M7W / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: HTR2B, cybC / プラスミド: pFASTBAC 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P41595, UniProt: P0ABE7 |
---|
-非ポリマー , 9種, 21分子
#2: 化合物 | ChemComp-PLM / | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#3: 化合物 | ChemComp-ERM / | ||||||||||
#4: 化合物 | ChemComp-CLR / | ||||||||||
#5: 化合物 | ChemComp-OLC / ( #6: 化合物 | ChemComp-PEG / | #7: 化合物 | ChemComp-TRS / | #8: 化合物 | #9: 化合物 | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.48 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8 詳細: 100mM Tris/HCl pH8.0, 20-80mM MgCl2 and 30% (v/v) PEG400 , Lipidic Cubic Phase (LCP), temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 294 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.3 Å |
検出器 | タイプ: Cornell-SLAC Pixel Array Detector (CSPAD) / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月1日 / 詳細: K-B Mirrors |
放射 | モノクロメーター: K-B Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.3 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→35 Å / Num. obs: 16052 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1150 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 5.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4IB4 解像度: 2.8→34.681 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.03 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→34.681 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|