[日本語] English
万見
- PDB-4n5k: Crystal structure of hemagglutinin from an H7N9 influenza virus i... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n5k
タイトルCrystal structure of hemagglutinin from an H7N9 influenza virus in complex with LSTa
要素(Hemagglutinin ...ヘマグルチニン) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / viral envelope protein (カプシド) / hemagglutinin (ヘマグルチニン) / viral fusion protein
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / リボン / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-alpha-neuraminic acid / ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7053 Å
データ登録者Xu, R. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Preferential recognition of avian-like receptors in human influenza A H7N9 viruses.
著者: Xu, R. / de Vries, R.P. / Zhu, X. / Nycholat, C.M. / McBride, R. / Yu, W. / Paulson, J.C. / Wilson, I.A.
履歴
登録2013年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
C: Hemagglutinin HA1
D: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,54610
ポリマ－111,5154
非ポリマー2,0316
水50428
1
A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,77318
ポリマ－167,2726
非ポリマー4,50112
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation11_545y+1/2,-z-1/2,-x1
Buried area36460 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area59450 Å2
手法PISA
2
C: Hemagglutinin HA1
D: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子

C: Hemagglutinin HA1
D: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子

C: Hemagglutinin HA1
D: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,86412
ポリマ－167,2726
非ポリマー1,5916
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area33090 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area58150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.698, 154.698, 154.698
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-311-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
12chain B
22chain D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA - B11 - 541
211chain CC - D11 - 541
112chain BB4 - 172
212chain DD4 - 172

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
Hemagglutinin ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1


分子量: 34993.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Shanghai/2/2013 / 遺伝子: HA, hemagglutinin / プラスミド: pFastbac-HT / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: R4NN21
#2: タンパク質 Hemagglutinin HA2


分子量: 20763.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Shanghai/2/2013 / 遺伝子: HA, hemagglutinin / プラスミド: pFastbac-HT / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: R4NN21

-
糖 , 4種, 6分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a3-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-アセチル-α-ノイラミン酸 / シアル酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 28分子

#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.54 %
結晶化温度: 295.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 17-20% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.5K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月2日 / 詳細: K-B focusing mirrors
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.5 % / 数: 187164 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.05 / D res high: 2.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 33887 / % possible obs: 99.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.815099.110.0371.0815.3
4.625.8199.910.051.0595.7
4.034.6299.710.060.9815.4
3.664.0310010.0911.0685.7
3.43.6699.910.131.0645.3
3.23.499.910.161.0995.5
3.043.299.910.2551.0845.7
2.913.0410010.3851.0335.8
2.82.9199.910.5821.0675.2
2.72.899.910.8630.975.5
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 33887 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.076

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 39.31 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.75 Å48.92 Å
Translation2.75 Å48.92 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7053→48.92 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.41 / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2761 1718 5.07 %
Rwork0.227 --
obs0.2296 33861 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 121.5868 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7053→48.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7600 0 132 28 7760
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037891
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72210651
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0992934
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481168
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031399
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプ
11A2994X-RAY DIFFRACTIONTORSIONAL
12C2994X-RAY DIFFRACTIONTORSIONAL
21B1640X-RAY DIFFRACTIONTORSIONAL
22D1640X-RAY DIFFRACTIONTORSIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7053-2.78490.43021190.36152683X-RAY DIFFRACTION100
2.7849-2.87470.38021460.33152641X-RAY DIFFRACTION100
2.8747-2.97750.3631310.30092668X-RAY DIFFRACTION100
2.9775-3.09670.34261360.28692673X-RAY DIFFRACTION100
3.0967-3.23760.33191370.28942648X-RAY DIFFRACTION100
3.2376-3.40820.29591360.25972657X-RAY DIFFRACTION100
3.4082-3.62170.28251710.24792660X-RAY DIFFRACTION100
3.6217-3.90120.28751390.22972666X-RAY DIFFRACTION100
3.9012-4.29360.26441530.19982675X-RAY DIFFRACTION100
4.2936-4.91440.23491500.18122658X-RAY DIFFRACTION100
4.9144-6.18970.24111510.20272742X-RAY DIFFRACTION100
6.1897-48.92780.25741490.20432772X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.79332.9399-3.90186.3442-5.27068.04560.23730.10210.74080.33720.49881.0559-0.4125-0.5675-0.70940.36580.00970.06320.4056-0.02510.6095-2.2002-57.34630.8425
24.26182.8826-2.23772.0179-1.51830.9580.6507-0.48610.56860.326-0.20790.6502-0.25080.2859-0.47210.6948-0.12590.0770.6022-0.11160.757835.8788-28.2678-15.8016
36.47041.1492-0.15551.9633-1.34031.17040.34950.1521-0.40580.4481-0.7664-0.2769-0.70321.46230.46820.6336-0.1963-0.02831.03770.00030.541557.6748-23.3581-23.3059
45.6031.12991.17956.4018-3.30635.81770.45530.4730.24550.4844-0.37840.5813-0.69311.6443-0.04570.6028-0.20950.03081.0404-0.18070.574554.0153-20.1223-28.6983
53.2594-1.06230.28096.5768-3.10943.49960.08471.1688-0.1499-1.11130.3501-0.12560.52171.3182-0.40650.8174-0.0447-0.21861.5021-0.21880.716552.5995-23.3114-40.3855
60.8548-0.63611.55526.6984-5.03516.5504-0.00640.5062-0.040.37390.55010.9544-0.25490.8983-0.4690.548-0.0832-0.14490.9107-0.02780.71543.0803-21.5064-34.8924
72.3409-0.00790.11293.2056-0.65663.76290.50030.3215-0.63770.3596-0.4019-0.07390.38451.0396-0.10580.5254-0.0004-0.16560.9024-0.17330.627351.8276-31.0577-23.882
84.14071.56910.67674.39452.58052.61610.7135-0.57660.0991.4293-0.49320.082-0.67670.1716-0.11450.9641-0.2460.28920.7662-0.14240.865526.1811-32.7121-5.9184
96.32712.0283-1.35354.5537-0.23862.70810.5259-0.11390.6312-0.0746-0.42850.0826-0.31760.5919-0.02590.6335-0.07590.10510.4903-0.06590.708620.9337-43.3842-11.0948
105.64093.1251-3.52595.3857-1.90052.8328-0.15950.61850.86470.02680.69180.5199-0.1335-1.464-0.63050.41290.01880.04660.5812-0.00950.73491.055-53.0535-3.4118
112.754-2.4945-3.32143.43691.97134.96790.05060.19860.02830.7858-0.33650.4270.1671-2.21310.46560.45080.02160.25410.8769-0.10570.8701-12.2734-65.51798.1912
125.16681.373-4.31222.4879-2.17354.90020.1886-0.80550.34690.50230.09850.1281-0.821-0.3027-0.3230.6134-0.02590.19310.8448-0.12130.5185-6.1393-62.721717.1069
139.60223.5429-3.21488.4085-2.97828.01110.0264-1.955-1.04980.4959-1.152-0.9447-0.15590.92940.84470.6538-0.0580.01481.07350.02920.642911.8473-61.51796.7903
144.95524.233-5.05523.9666-4.07565.22520.1626-2.6707-1.26491.0325-1.1476-1.0378-0.37911.01650.59591.0546-0.02890.04361.32490.14491.043727.7732-49.4791-8.6915
154.92250.12310.22664.71252.36589.64540.2030.64670.2747-0.2328-0.34240.1895-0.96010.528-0.07580.8803-0.09120.14040.6501-0.00860.795828.9168-33.4718-25.5189
164.7953.2397-5.4691.6404-3.76016.5443-0.1423-0.0457-0.0105-0.01160.05390.0170.1805-0.02170.16220.6083-0.04020.11230.4968-0.04120.590710.7115-59.2603-9.4502
172.7895-0.32881.62115.4175-0.12824.983-0.1051-0.5176-0.06030.20110.0680.11830.7911-0.64180.08530.6765-0.08490.16910.84330.06710.5529-9.3545-79.64120.881
181.8437-0.0746-0.40582.0150.63251.95570.22230.0872-0.6084-0.18570.48680.67081.2762-0.4441-0.01982.163-1.9835-0.2432.0492-1.3212.2818-34.3474-40.8189-16.5784
190.7665-0.33790.9590.2469-0.43451.2381-0.74480.3492-0.87790.06260.43860.34130.9065-0.98380.02281.5987-0.5413-0.43931.1611-0.5621.9453-1.8401-31.54414.3247
205.4631-0.83420.25823.02451.99035.0270.6768-0.03-0.7157-0.5947-0.3661-0.04221.0648-0.2769-0.28051.3936-0.0359-0.23950.7915-0.20321.252313.7832-15.92099.8706
216.1728-2.0786-0.08314.6273.17845.95020.8981-0.74420.6387-0.5072-0.3342-1.149-0.385-0.2639-0.57870.8841-0.12210.16040.8365-0.29891.060821.6157-3.20714.8673
226.654-2.7875-0.45537.03764.94263.76210.7606-1.07010.2425-0.6562-0.57350.12070.2893-1.2301-0.30480.9063-0.16490.0481.0926-0.35330.982411.1578-3.31217.2108
236.4269-0.3287-0.46653.21610.84955.16570.81190.8130.1512-0.8032-0.2486-0.35490.58770.0748-0.43711.14810.19950.06610.6691-0.14350.895719.1607-10.24643.9681
240.4796-0.0070.06070.0244-0.01070.23240.29010.3858-1.69810.0260.1011.06591.5691.13450.06741.6586-0.3574-0.4111.5152-0.60631.8468-2.8163-32.66523.5137
251.20650.98420.00441.5221-0.59670.5232-0.26820.1008-0.70480.8307-0.64340.22420.3706-0.09290.27541.946-1.3101-0.97751.1175-0.76921.6461-11.1704-27.0046-4.7147
261.36151.7494-0.08862.6411-0.1181.1404-0.33340.7904-0.40730.05680.30070.7241-0.1565-0.58370.45451.4157-1.4628-0.22192.3465-0.99361.9909-30.9949-36.8943-12.0243
270.28920.2760.10330.36940.09850.0487-0.40870.4810.7057-0.94110.61411.4489-0.12970.1165-0.36971.7393-0.3012-0.43251.3843-0.63923.756-44.5386-48.6435-24.0917
280.5227-0.1715-0.53871.22070.22830.6466-0.3494-1.31891.1874-0.31810.32050.3798-0.14841.73130.01712.2572-0.6092-0.31882.4772-0.88382.755-36.9039-56.4915-24.2126
292.5063-0.40050.14711.7389-1.72597.4461-1.1017-0.25220.70380.31280.2526-1.43590.0820.49870.02061.8103-0.4447-0.48071.8944-1.4233.265-20.6721-43.3281-24.0122
304.40012.41252.27843.16871.26595.08490.6869-0.2874-1.81240.3994-0.5114-0.83470.0732-0.71450.09511.4266-0.1486-0.34481.1262-0.50611.6114-4.457-20.2554-2.9599
311.5810.3524-0.03241.2691.38221.2211-0.91630.5584-0.5567-0.43480.07790.69660.804-1.31850.29662.3502-1.7197-0.46482.0375-0.76811.8611-23.9772-28.042-18.5692
323.6443-2.2065-3.93912.8043.074.5741-0.18541.3678-0.2345-0.65580.31610.87850.87-0.18290.47122.8726-0.5358-0.57262.6161-1.50533.2392-44.9129-50.7422-38.2951
330.2387-0.1025-0.12080.7648-0.03860.1144-0.0057-0.14410.38210.09570.0388-0.1244-0.2125-0.0780.00882.7247-1.2481-1.5932.6042-1.36693.6712-45.0609-59.8022-37.6175
340.4775-0.5745-0.65010.75260.65321.2305-0.2283-0.5571-0.5153-0.1812-0.48550.03170.1453-0.20790.37721.8363-0.312-0.52012.3826-1.10053.4441-35.6607-62.7326-34.4509
350.6411-0.76070.39721.20620.05771.1378-1.29930.18850.3158-0.51310.3790.0382-1.32710.27320.23841.9923-0.4982-0.01022.0632-1.69523.8647-35.3867-60.3155-43.3239
363.2807-0.7606-1.11271.44241.50531.6009-0.26960.66410.8691-0.5442-0.27990.9097-0.5520.04390.2512.3297-0.9330.05921.7659-0.64862.4843-49.8194-58.7736-47.4186
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 41 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 42 through 114 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 115 through 132 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 133 through 184 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 185 through 213 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 214 through 237 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 238 through 269 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 270 through 288 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 289 through 308 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 309 through 327 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 4 through 13 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 14 through 37 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 38 through 54 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 55 through 64 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 65 through 74 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 75 through 126 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 127 through 172 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 11 through 41 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 42 through 65 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 66 through 132 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 133 through 213 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 214 through 237 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 238 through 269 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 270 through 288 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 289 through 308 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 309 through 327 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 4 through 13 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 14 through 37 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 38 through 54 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 55 through 74 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 75 through 126 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 127 through 137 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 138 through 145 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 146 through 153 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 154 through 162 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 163 through 172 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る