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- PDB-4n5j: Crystal structure of hemagglutinin from an H7N9 influenza virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n5j
タイトルCrystal structure of hemagglutinin from an H7N9 influenza virus
要素
  • Hemagglutinin HA1
  • Hemagglutinin HA2
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / viral envelope protein (カプシド) / hemagglutinin (ヘマグルチニン) / viral fusion protein
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / リボン / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.702 Å
データ登録者Xu, R. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Preferential recognition of avian-like receptors in human influenza A H7N9 viruses.
著者: Xu, R. / de Vries, R.P. / Zhu, X. / Nycholat, C.M. / McBride, R. / Yu, W. / Paulson, J.C. / Wilson, I.A.
履歴
登録2013年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
C: Hemagglutinin HA1
D: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,1787
ポリマ－112,1504
非ポリマー1,0293
水1,06359
1
A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,31115
ポリマ－168,2246
非ポリマー3,0879
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation11_545y+1/2,-z-1/2,-x1
Buried area31050 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area57160 Å2
手法PISA
2
C: Hemagglutinin HA1
D: Hemagglutinin HA2

C: Hemagglutinin HA1
D: Hemagglutinin HA2

C: Hemagglutinin HA1
D: Hemagglutinin HA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,2246
ポリマ－168,2246
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area29300 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area57700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.513, 154.513, 154.513
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-306-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1


分子量: 34993.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Shanghai/2/2013 / 遺伝子: HA, hemagglutinin / プラスミド: pFastbac-HT / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: R4NN21
#2: タンパク質 Hemagglutinin HA2


分子量: 21081.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Shanghai/2/2013 / 遺伝子: HA, hemagglutinin / プラスミド: pFastbac-HT / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: R4NN21
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.13 %
結晶化温度: 295.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 17-20% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.5K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月2日 / 詳細: K-B focusing mirrors
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.6 % / 数: 223195 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Χ2: 1.07 / D res high: 2.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 33899 / % possible obs: 99.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.815099.310.0481.056.4
4.625.8110010.0621.0946.8
4.034.6299.810.0791.036.5
3.664.0310010.0991.066.8
3.43.6699.710.1261.0976.4
3.23.499.910.1691.0956.6
3.043.210010.2531.0796.8
2.913.0410010.3671.0356.9
2.82.9199.910.5191.066.2
2.72.810010.7571.0996.5
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 33899 / % possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.089

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 37.46 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.7 Å46.59 Å
Translation2.7 Å46.59 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.702→46.587 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2766 1718 5.07 %
Rwork0.2249 --
obs0.2276 33870 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 100.1201 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.702→46.587 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7538 0 67 59 7664
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037762
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66910472
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5652875
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0261139
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031382
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.702-2.78150.41441190.33422685X-RAY DIFFRACTION100
2.7815-2.87130.32381460.29922640X-RAY DIFFRACTION100
2.8713-2.97390.35291310.27542667X-RAY DIFFRACTION100
2.9739-3.0930.31941360.27212673X-RAY DIFFRACTION100
3.093-3.23370.33371370.27662653X-RAY DIFFRACTION100
3.2337-3.40410.29631370.25072656X-RAY DIFFRACTION100
3.4041-3.61730.28181710.24532654X-RAY DIFFRACTION100
3.6173-3.89650.2821390.22182666X-RAY DIFFRACTION100
3.8965-4.28840.26411530.19672680X-RAY DIFFRACTION100
4.2884-4.90830.24151500.18332657X-RAY DIFFRACTION100
4.9083-6.18170.26981510.20672745X-RAY DIFFRACTION100
6.1817-46.59430.24751480.21032776X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.64013.314-3.42135.2276-5.43996.98740.09570.24610.53820.27660.43850.8521-0.1702-0.7829-0.4890.43770.04350.11120.38240.02540.512-2.2083-57.23430.7829
24.02882.961-1.91861.7398-1.39511.20520.6196-0.53390.47840.4907-0.20230.4355-0.22660.3977-0.3440.5899-0.11040.07280.466-0.09860.592237.0875-28.3083-15.8125
33.31292.7336-0.23997.2238-4.68455.73240.27970.01220.82971.1656-0.26230.5875-1.06971.1377-0.12240.5672-0.2230.0520.6431-0.09870.480152.9692-14.6694-26.2554
44.25921.4745-0.77515.1474-3.86086.48130.2850.6252-0.0861-0.1294-0.3484-0.1690.04621.6550.08070.3563-0.0249-0.06181.1235-0.15610.433160.1439-23.3908-30.9072
52.5991-0.94220.83614.9897-4.06444.09710.29941.2062-0.5302-1.40190.3770.52330.90690.9263-0.70730.6294-0.017-0.22770.9882-0.15510.594250.6242-23.1415-38.849
64.757-2.01942.93945.4301-3.59156.6407-0.04690.75730.32580.14090.146-0.222-0.39710.6874-0.09840.3672-0.0866-0.09070.5524-0.0160.476142.8333-22.0873-32.0942
72.6188-0.02530.36171.6725-0.70242.75760.52320.0549-0.46410.2816-0.3544-0.15280.34971.0298-0.13810.51510.0155-0.17290.6525-0.17210.515451.7606-30.8572-23.9018
85.12676.9945-1.28062.0201-0.25031.08911.0458-1.33980.43831.6655-0.9088-0.5334-1.02170.068-0.1730.9186-0.22060.19570.6353-0.18360.725726.0715-32.6119-6.0812
98.09636.5106-1.15595.329-0.95552.19660.2944-0.23220.013-0.145-0.3547-0.4005-0.21090.3931-0.01040.4921-0.01180.08630.2395-0.03840.517220.8983-43.2743-11.2132
108.34325.233-5.50647.1832-6.76012.2072-0.17780.23210.87910.14050.58940.6918-0.2713-1.5254-0.19210.4694-0.01670.15980.5018-0.14140.59531.0407-52.9231-3.5093
112.0034-2.15480.39952.006-0.44970.97010.15620.7960.54910.0981-0.0241.2601-0.2455-2.1315-0.27550.7012-0.22920.10781.09420.10790.6709-12.6292-66.30058.6212
125.22662.5543-4.87342.4719-2.6474.54810.3293-0.63140.54830.52560.01540.1257-0.7802-0.2724-0.42540.49390.00010.1750.6111-0.08970.601-6.3973-62.520916.3846
132.03545.5642-7.23097.556-5.27019.5218-0.2439-0.8178-0.89840.1072-0.7718-0.9698-0.04390.99750.90430.4756-0.0337-0.02950.95040.05280.578812.5245-60.49685.7349
148.95071.0751-1.42659.8362-0.36298.8640.2341-1.1953-0.15640.3058-0.2316-0.1998-0.39610.3373-0.04220.4157-0.097-0.00690.548-0.00390.544929.1802-40.1796-18.5438
157.4166.8114-8.29696.8743-7.75438.9519-0.25380.1839-0.1527-0.05570.174-0.06020.1925-0.39680.0960.3673-0.02930.07370.3521-0.03010.354510.6885-59.1654-9.5055
162.4844-0.83512.77955.5287-1.56613.2499-0.0471-0.4021-0.34760.19160.18360.88110.2398-0.8102-0.09450.5102-0.18660.16330.6772-0.03310.4775-11.419-77.738216.8333
176.8797-0.73022.47978.94731.70785.5512-0.0726-0.9997-0.28040.8341-0.2354-0.05521.0845-0.64630.37610.6376-0.01550.15520.65260.07310.3184-7.8295-80.610523.4937
181.45562.19712.54215.51183.02764.85770.44720.2415-0.71280.45250.2434-0.06830.913-0.8916-0.26711.9207-1.1059-0.19861.9954-1.08652.0749-33.7242-40.4177-15.8333
190.61080.44180.88870.2860.59821.1984-0.29090.5765-0.43790.186-0.01810.7590.9354-0.36550.432.2157-0.9786-0.71170.9275-0.41282.4991-1.467-31.62333.9527
203.6825-0.99930.14032.28791.07774.7480.7799-0.44910.159-0.7077-0.3032-0.07890.4054-0.0724-0.48571.1187-0.0669-0.02550.7722-0.3591.000817.5368-8.482511.7328
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241.1697-2.00712.0515.0794-1.34366.4492-0.47470.69480.4076-0.33960.151-0.05430.0279-0.08920.2741.8039-1.1622-0.37782.4322-0.92822.3661-36.0944-49.705-21.1669
257.49698.26251.64339.35351.41391.0041-0.0042-0.26080.7580.32560.39-0.30020.96620.3532-0.56352.0986-0.6797-0.54291.6437-0.49512.2715-39.0737-60.3903-27.2155
263.70924.23852.51594.82742.92072.6624-0.12670.0120.53820.08150.709-0.57820.62970.4292-0.61791.3766-0.0193-0.33071.7567-1.05522.8457-19.8466-42.3849-23.3231
270.75991.05490.92251.5180.74615.0367-0.31140.5058-0.7029-0.8239-0.1828-0.25690.4265-0.21540.33081.6637-0.1832-0.21610.9-0.65891.7623-3.1772-23.7695-9.615
284.6962-1.8312.379.2396-2.30252.00140.2009-0.4753-0.54220.9618-0.54170.27510.5017-0.7080.47331.4112-0.237-0.43081.2182-0.44891.5876-3.9117-12.7077.6671
291.10291.37050.64892.16341.67671.3934-0.59570.4508-0.6674-0.72360.52140.62271.059-1.05320.13052.6097-2.0751-0.89911.6359-0.81681.7314-23.9308-28.2557-18.5927
300.446-0.47610.01915.39734.63444.4306-0.1330.55240.1651-0.39260.01490.3483-0.3254-0.56990.02922.8914-0.6671-1.21933.1421-0.91042.4334-44.082-52.0783-42.7234
314.7841-3.18120.58582.3007-0.78080.8781-0.12540.1073-0.0289-0.14670.3911-0.22480.23230.0493-0.20942.1973-0.8201-1.13292.7458-1.11872.6969-45.0733-56.7244-35.32
324.94960.7617-1.27325.4353-0.4265.3295-0.30720.11270.2899-0.68750.2846-0.4328-0.12670.13220.03331.6957-0.2744-0.52661.8958-1.12873.1127-34.0675-61.3431-37.1897
330.03070.4089-0.17635.4948-1.80243.5326-0.29390.04840.5614-0.98070.47110.2344-0.0659-0.3929-0.04362.0856-0.8034-0.28881.7892-1.43943.3445-44.3654-60.7244-47.352
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 41 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 42 through 122 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 123 through 153 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 154 through 175 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 176 through 220 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 221 through 237 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 238 through 269 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 270 through 288 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 289 through 308 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 309 through 327 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 4 through 11 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 12 through 37 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 38 through 56 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 57 through 74 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 75 through 126 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 127 through 145 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 146 through 172 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 12 through 41 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 42 through 65 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 66 through 269 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 270 through 288 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 289 through 308 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 309 through 327 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 9 through 22 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 23 through 37 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 38 through 56 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 57 through 66 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 67 through 74 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 75 through 126 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 127 through 132 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 133 through 145 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 146 through 158 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 159 through 169 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る