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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mzh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human Spindlin1 bound to histone H3(K4me3-R8me2s) peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / Wnt signal / histone H3 (ヒストンH3) / nuclear | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 gamete generation / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / Chromatin modifying enzymes / methylated histone binding / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes ...gamete generation / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / Chromatin modifying enzymes / methylated histone binding / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / meiotic cell cycle / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / spindle / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Wntシグナル経路 / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / nucleosome assembly / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / chromatin organization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / 核膜 / Estrogen-dependent gene expression / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / 核小体 / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.204 Å | ||||||
データ登録者 | Su, X. / Ding, X. / Li, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2014 タイトル: Molecular basis underlying histone H3 lysine-arginine methylation pattern readout by Spin/Ssty repeats of Spindlin1 著者: Su, X. / Zhu, G. / Ding, X. / Lee, S.Y. / Dou, Y. / Zhu, B. / Wu, W. / Li, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4mzh.cif.gz | 54.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4mzh.ent.gz | 41.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4mzh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/4mzh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/4mzh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25609.760 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 50-262 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPIN1, OCR, SPIN / プラスミド: pRSFDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y657 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1132.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q71DI3 |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.68 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20% PEG 8000, 20% PEG 400, 0.1M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9794 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月12日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 13567 / Num. obs: 13269 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 21.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.204→39.008 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7975 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.2 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 117.94 Å2 / Biso mean: 36.5421 Å2 / Biso min: 6.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.204→39.008 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9
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