PDB-4mhi: Crystal structure of a H5N1 influenza virus hemagglutinin from A/...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mhi

タイトル

Crystal structure of a H5N1 influenza virus hemagglutinin from A/goose/Guangdong/1/96

要素

(Hemagglutinin ...

ヘマグルチニン) x 2

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / H5N1 influenza virus /

epitope (エピトープ) /

glycoprotein (糖タンパク質) / progenitor

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane /

エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane /

生体膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.595 Å

データ登録者

Zhu, X. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: A Unique and Conserved Neutralization Epitope in H5N1 Influenza Viruses Identified by an Antibody against the A/Goose/Guangdong/1/96 Hemagglutinin.
著者: Zhu, X. / Guo, Y.H. / Jiang, T. / Wang, Y.D. / Chan, K.H. / Li, X.F. / Yu, W. / McBride, R. / Paulson, J.C. / Yuen, K.Y. / Qin, C.F. / Che, X.Y. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2013年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月20日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mhi.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mhi.ent.gz	1.5 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mhi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/4mhi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/4mhi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mhhC 4mhjC 3gbmS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ku6-1 4mhj-4 5e30-d 4yy1-2 5t08-d 4wsu-d 4we8-1 4k67-2 4xke-d 4k65-2 4w8n-d 4xkf-d 4k66-2 5bqy-d 5t0b-d 4k67-4 4wsv-d 4k66-1 4xkd-d 2wrf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (5) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (5)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA2 chain

C: Hemagglutinin HA1 chain

D: Hemagglutinin HA2 chain

E: Hemagglutinin HA1 chain

F: Hemagglutinin HA2 chain

G: Hemagglutinin HA1 chain

H: Hemagglutinin HA2 chain

I: Hemagglutinin HA1 chain

J: Hemagglutinin HA2 chain

K: Hemagglutinin HA1 chain

L: Hemagglutinin HA2 chain

M: Hemagglutinin HA1 chain

N: Hemagglutinin HA2 chain

O: Hemagglutinin HA1 chain

P: Hemagglutinin HA2 chain

Q: Hemagglutinin HA1 chain

R: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

535 kDa, 18 ポリマー
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1

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA2 chain

C: Hemagglutinin HA1 chain

D: Hemagglutinin HA2 chain

E: Hemagglutinin HA1 chain

F: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
178 kDa, 6 ポリマー
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2

G: Hemagglutinin HA1 chain

H: Hemagglutinin HA2 chain

I: Hemagglutinin HA1 chain

J: Hemagglutinin HA2 chain

K: Hemagglutinin HA1 chain

L: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
178 kDa, 6 ポリマー
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3

M: Hemagglutinin HA1 chain

N: Hemagglutinin HA2 chain

O: Hemagglutinin HA1 chain

P: Hemagglutinin HA2 chain

Q: Hemagglutinin HA1 chain

R: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
179 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.482, 225.728, 211.633
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.97, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
Hemagglutinin ... , 2種, 18分子 ACEGIKMOQBDFHJLNPR

#1: タンパク質	Hemagglutinin HA1 chain 分子量: 37812.707 Da / 分子数: 9 / 断片: receptor binding domain (UNP residues 17-346) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Goose/Guangdong/1/1996 H5N1 genotype Gs/Gd / 遺伝子: HA / プラスミド: pfastbac-HT / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q9Q0U6
#2: タンパク質	Hemagglutinin HA2 chain 分子量: 20894.012 Da / 分子数: 9 / 断片: membrane fusion domain (UNP residues 347-521) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Goose/Guangdong/1/1996 H5N1 genotype Gs/Gd / 遺伝子: HA / プラスミド: pfastbac-HT / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q9Q0U6

#1: タンパク質

Hemagglutinin HA1 chain

分子量: 37812.707 Da / 分子数: 9 / 断片: receptor binding domain (UNP residues 17-346) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Goose/Guangdong/1/1996 H5N1 genotype Gs/Gd / 遺伝子: HA / プラスミド: pfastbac-HT / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q9Q0U6

#2: タンパク質

Hemagglutinin HA2 chain

分子量: 20894.012 Da / 分子数: 9 / 断片: membrane fusion domain (UNP residues 347-521) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Goose/Guangdong/1/1996 H5N1 genotype Gs/Gd / 遺伝子: HA / プラスミド: pfastbac-HT / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q9Q0U6

-
糖 , 3種, 22分子

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 117分子

#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.2, 21% MPEG2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月15日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.595→50 Å / Num. obs: 196526 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / R_sym value: 0.1 / Net I/σ(I): 22.8
反射シェル	解像度: 2.595→2.69 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / R_sym value: 0.7 / % possible all: 75.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GBM

3gbm

解像度: 2.595→49.657 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2428	9845	5.02 %	RANDOM
R_work	0.1893	-	-	-
obs	0.192	195939	94.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.595→49.657 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	35586	0	431	117	36134

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	37269
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.31	50475
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.877	13941
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	5460
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	6569

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.595-2.6246	0.3792	232	0.3567	4188	X-RAY DIFFRACTION	65
2.6246-2.6555	0.4258	255	0.3775	4911	X-RAY DIFFRACTION	75
2.6555-2.6878	0.4499	272	0.3988	5099	X-RAY DIFFRACTION	77
2.6878-2.7219	0.3876	257	0.3237	5141	X-RAY DIFFRACTION	79
2.7219-2.7577	0.3932	270	0.3172	5438	X-RAY DIFFRACTION	83
2.7577-2.7955	0.3864	326	0.3198	5867	X-RAY DIFFRACTION	90
2.7955-2.8354	0.3613	314	0.2957	5823	X-RAY DIFFRACTION	91
2.8354-2.8777	0.3805	319	0.284	6294	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8777-2.9227	0.3516	312	0.2869	6423	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9227-2.9706	0.3522	353	0.2852	6394	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9706-3.0218	0.3344	347	0.2807	6553	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0218-3.0767	0.3388	343	0.2578	6470	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0767-3.1359	0.3013	366	0.254	6506	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1359-3.1999	0.3389	391	0.2548	6488	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1999-3.2695	0.3163	311	0.2517	6550	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2695-3.3455	0.2893	334	0.2408	6532	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3455-3.4292	0.3227	331	0.254	6572	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4292-3.5218	0.288	314	0.242	6548	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5218-3.6254	0.286	385	0.2065	6513	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6254-3.7424	0.2658	341	0.1959	6485	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7424-3.8761	0.2325	353	0.1891	6530	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8761-4.0313	0.2298	362	0.1673	6556	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0313-4.2146	0.2105	317	0.1489	6499	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2146-4.4367	0.1628	348	0.1305	6503	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4367-4.7145	0.1808	348	0.1333	6545	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7145-5.0782	0.1997	337	0.1364	6549	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0782-5.5886	0.1921	367	0.1426	6554	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5886-6.3958	0.2079	364	0.1577	6518	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3958-8.0525	0.2249	338	0.161	6619	X-RAY DIFFRACTION	100
8.0525-49.6659	0.189	338	0.1614	6426	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2071	-1.1913	-0.2907	6.333	0.5379	0.369	0.011	0.0613	-0.1506	-0.9681	0.1234	0.7332	-0.0756	-0.143	-0.1307	0.5863	-0.0379	-0.1555	0.65	0.0478	0.6213	-18.9174	-22.6284	77.0134
2	0.4615	0.6983	0.1502	3.4982	0.529	0.2158	-0.0597	0.0025	-0.0528	-0.3179	-0.0097	0.3586	0.2484	-0.0229	0.0595	0.7523	-0.1069	0.1025	0.5648	-0.0148	0.61	-7.8235	-74.431	80.1522
3	0.0285	-0.6468	0.0099	3.1666	-0.0877	0.4007	-0.0622	-0.0709	0.1855	-0.2329	0.1221	-1.54	-0.0863	0.1375	-0.0415	0.5066	-0.0568	0.0576	0.7467	-0.1015	1.3652	15.8473	-19.6845	83.4033
4	0.7024	-0.9885	-0.2382	3.3417	0.6774	0.7529	-0.1276	-0.0511	-0.0104	-0.0976	0.2172	-0.8148	0.2535	0.1677	-0.1023	0.6776	0.0366	0.0508	0.6248	-0.0681	0.8303	12.6617	-72.676	82.1885
5	0.7324	-0.4129	-0.3496	3.8515	0.7541	0.4071	-0.2306	-0.1571	0.1591	1.1515	0.3534	-0.2058	0.2269	-0.0128	-0.1014	0.9591	0.2283	-0.102	0.7926	-0.0291	0.4992	-6.5887	-23.6358	110.3975
6	1.1739	-0.2195	0.3153	2.7205	0.0342	1.0749	-0.1735	-0.1313	-0.5347	1.0977	0.2486	-0.2069	0.7049	0.0172	-0.0743	1.0627	0.0762	0.0633	0.6336	0.0611	0.7211	0.6568	-74.8338	98.876
7	0.5437	-0.3662	-0.1917	3.2381	0.6397	0.2757	-0.058	-0.1063	-0.0819	0.5561	-0.0064	0.0006	0.1938	-0.0427	0.0635	0.8033	0.0554	0.0183	0.7466	-0.0723	0.529	3.702	-24.1007	180.2374
8	1.288	-1.1842	-0.1533	2.2835	-0.2813	1.2042	-0.1968	-0.112	-0.6345	0.9113	-0.0176	0.3533	0.4346	0.1027	0.1956	1.015	0.0697	0.024	0.6276	0.0613	0.9092	12.5143	-75.2135	169.4049
9	0.3995	-0.417	0.0217	3.2207	0.6572	0.5566	0.0966	0.0829	0.0085	-0.6131	-0.0701	-0.0497	-0.223	-0.0917	-0.0203	0.6635	0.0971	0.0345	0.6205	-0.0177	0.3903	-4.243	-22.9626	145.6209
10	0.373	0.2911	0.0616	3.2118	0.6954	0.7204	0.0303	0.06	-0.2318	0.0591	-0.1103	0.1284	0.237	-0.068	0.1087	0.635	-0.0003	0.0442	0.6531	-0.1293	0.7675	6.1306	-74.7235	149.7214
11	0.4019	-0.0844	-0.0984	2.4761	0.081	0.5284	0.0187	-0.0444	-0.0064	-0.169	0.1317	-0.9228	-0.0955	0.1906	-0.1329	0.5905	-0.0584	0.0243	0.7258	-0.1323	0.9771	29.4338	-19.9182	156.4171
12	0.9317	0.2336	-0.4901	2.2597	0.0578	1.043	-0.1073	-0.0536	-0.4647	-0.5504	-0.0359	-0.8295	0.4029	0.1704	0.1233	0.8087	0.1499	0.028	0.6683	-0.0616	1.0538	26.326	-72.9276	154.4053
13	-0.1682	-0.156	-0.0128	2.555	-0.0567	0.0123	0.0628	-0.0673	0.0587	0.1268	-0.1739	-1.3963	-0.0789	0.1493	0.0869	0.6898	-0.2122	-0.1024	0.9316	0.1298	1.4106	43.4018	-21.769	225.609
14	0.962	-0.5031	-0.274	2.6142	0.7198	1.1476	-0.0379	0.0029	-0.1343	-0.2273	-0.0764	-0.7047	0.0643	0.2857	0.1056	0.5912	-0.0152	0.0401	0.7494	0.1338	0.8908	37.7918	-74.4502	221.152
15	0.2796	0.2014	-0.2517	2.8922	0.2386	0.2371	0.1716	-0.2705	0.0382	0.7134	-0.1743	-0.3347	-0.1524	-0.0525	0.0165	1.1597	-0.1258	-0.1862	0.8787	-0.0107	0.5902	18.9556	-26.0052	250.8788
16	0.9031	-0.0798	0.0729	3.1286	0.03	0.8027	0.0294	-0.1235	-0.286	0.8217	-0.1574	-0.4522	0.2397	0.0758	0.1255	0.7934	-0.0744	-0.0604	0.7273	0.1269	0.6727	24.843	-76.7489	236.6724
17	0.1386	-0.6215	-0.0063	4.6281	0.2731	0.3906	0.0198	-0.0235	-0.0164	-0.6118	-0.028	0.0431	-0.1856	-0.078	0.0149	0.7533	0.002	-0.0344	0.6798	0.0444	0.4937	9.1314	-22.5197	216.7956
18	0.4529	0.5893	0.1448	3.3584	0.4373	0.6044	0.0027	0.0473	0.0462	-0.2402	-0.053	0.0454	0.123	0.0752	0.0543	0.666	-0.0549	0.0268	0.6841	0.0696	0.585	17.3981	-74.9136	217.6217

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 324 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 1 through 173 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 9 through 324 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 1 through 173 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 9 through 324 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F' and (resid 1 through 173 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'G' and (resid 9 through 324 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 1 through 173 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'I' and (resid 9 through 324 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'J' and (resid 1 through 173 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'K' and (resid 9 through 324 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 1 through 173 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'M' and (resid 9 through 324 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'N' and (resid 1 through 173 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'O' and (resid 9 through 324 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'P' and (resid 1 through 173 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'Q' and (resid 9 through 324 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'R' and (resid 1 through 173 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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