PDB-4mam: The crystal structure of phosphoribosylaminoimidazole carboxylase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mam

タイトル

The crystal structure of phosphoribosylaminoimidazole carboxylase ATPase subunit of Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4 in complex with an ADP analog, AMP-CP

要素

Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, ATPase subunit

ホスホリボシルアミノイミダゾールカルボキシラーゼ

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

structural genomics (構造ゲノミクス) / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID /

National Institute of Allergy and Infectious Diseases (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所)

機能・相同性

機能・相同性情報

5-(カルボキシアミノ)イミダゾールリボヌクレオチドシンターゼ /

5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide synthase activity /

phosphoribosylaminoimidazole carboxylase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process /

ATP binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.474 Å

データ登録者

Tan, K. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of phosphoribosylaminoimidazole carboxylase ATPase subunit of Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4 in complex with an ADP analog, AMP-CP
著者: Tan, K. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2013年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月21日	Group: Structure summary
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mam.cif.gz	317.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mam.ent.gz	255.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mam.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/4mam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/4mam	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4m9uS 4ma0 4ma5 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ma0-1 4dlk-d 5jqw-1 3r5h-d 3qff-d 3k5i-2 4m9u-1 3eth-d 3aw8-d 3etj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP04645

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (4) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (4)
#192 - 2015年12月
バンコマイシン (Vancomycin)
類似性 (4)
#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (4)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (3)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, ATPase subunit

B: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, ATPase subunit

ヘテロ分子

84.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.241, 85.393, 127.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

Experimentally unknown. It is predicted that chains A and B form a dimer.

#1: タンパク質	Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, ATPase subunit / ホスホリボシルアミノイミダゾールカルボキシラーゼ分子量: 41521.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア) 株: SCHU S4 / 遺伝子: FTT_0897, purK / プラスミド: pMCSG28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic 参照: UniProt: Q5NGE8, ホスホリボシルアミノイミダゾールカルボキシラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-A12 / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / α,β-メチレンADP 分子量: 425.228 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₇N₅O₉P₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 923 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.11 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Sodium Acetate, 0.1M HEPES, 22% (w/v) PEG 4000, 15mM AM-CP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月2日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.474→25.5 Å / Num. all: 133621 / Num. obs: 133621 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 39.8
反射シェル	解像度: 1.48→1.51 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.595 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 6528 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4M9U

4m9u

解像度: 1.474→25.493 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1775	6712	5.03 %	Random
R_work	0.1597	-	-	-
all	0.1606	133483	-	-
obs	0.1606	133483	99.17 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.474→25.493 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5681	0	72	923	6676

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5976
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.15	8119
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.007	2184
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	942
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1036

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4743-1.4911	0.2634	176	0.2353	3599	X-RAY DIFFRACTION	85
1.4911-1.5086	0.2239	223	0.2128	4172	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5086-1.527	0.2312	222	0.2081	4273	X-RAY DIFFRACTION	100
1.527-1.5463	0.2105	215	0.1932	4195	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5463-1.5667	0.2045	227	0.1894	4182	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5667-1.5881	0.1913	224	0.185	4250	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5881-1.6108	0.1998	214	0.1763	4201	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6108-1.6348	0.1949	222	0.1664	4214	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6348-1.6604	0.1855	224	0.1646	4196	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6604-1.6876	0.196	240	0.1571	4211	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6876-1.7167	0.1818	236	0.1644	4236	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7167-1.7479	0.1999	227	0.1625	4238	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7479-1.7815	0.2005	212	0.1592	4209	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7815-1.8179	0.2019	250	0.1612	4188	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8179-1.8574	0.1986	210	0.157	4261	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8574-1.9006	0.1711	201	0.1576	4252	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9006-1.9481	0.1948	232	0.1577	4224	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9481-2.0007	0.1813	235	0.1557	4214	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0007-2.0596	0.1978	214	0.1553	4254	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0596-2.126	0.1632	219	0.1506	4277	X-RAY DIFFRACTION	100
2.126-2.202	0.1797	201	0.1515	4281	X-RAY DIFFRACTION	100
2.202-2.2901	0.1724	213	0.151	4269	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2901-2.3942	0.162	234	0.1597	4264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3942-2.5204	0.1798	241	0.1611	4248	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5204-2.6781	0.1726	236	0.1668	4273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6781-2.8846	0.175	228	0.164	4291	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8846-3.1744	0.185	223	0.1617	4311	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1744-3.6327	0.1786	226	0.1507	4325	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6327-4.5725	0.1433	222	0.1388	4347	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5725-25.4971	0.1662	265	0.1674	4316	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.166	0.1846	0.2626	0.628	0.0507	1.1844	0.0109	0.1235	-0.0423	-0.0238	-0.0212	-0.1761	-0.0196	0.1734	0.0097	0.099	-0.0068	0.018	0.1415	0.0079	0.1801	-17.8826	1.8009	-2.0445
2	1.3417	-1.2098	0.6012	1.5492	-0.364	0.7449	-0.1293	-0.1157	-0.0465	0.1645	0.1246	-0.0559	0.0227	0.0078	0.0052	0.143	0.0036	-0.0028	0.1409	0.0064	0.1368	-18.5749	-12.7862	23.5685
3	0.8694	-0.0706	0.2714	1.1148	-0.9203	1.3433	-0.0267	-0.1111	0.0402	0.1739	-0.0358	-0.0634	-0.1378	0.0045	0.0623	0.1033	0.0062	-0.0074	0.1045	-0.0144	0.1132	-31.6956	2.8623	14.0116
4	1.6089	0.1544	-0.2498	1.9131	-0.0764	1.9381	0.0156	-0.1155	-0.0735	0.0531	0.0109	-0.1371	0.2003	0.0731	-0.0197	0.0797	-0.003	-0.0089	0.0851	0.002	0.0803	-40.8602	-12.9291	4.7129
5	1.0809	-0.1589	0.4886	0.6537	0.0641	1.0848	-0.0106	0.1547	-0.035	-0.1836	0.0238	-0.0226	-0.0141	0.0866	-0.0165	0.1351	-0.017	0.0164	0.1159	-0.0026	0.086	-41.8311	-2.3952	-25.8817
6	0.6503	-0.1541	-0.091	0.165	0.266	2.5078	0.0584	0.1433	0.1184	-0.2169	-0.0003	0.0385	-0.77	-0.1795	-0.0793	0.3543	0.0459	-0.0239	0.1658	0.0224	0.1517	-58.0741	16.3598	-31.8529
7	0.7326	-0.4201	0.4325	1.4721	-0.2769	1.4721	0.0072	-0.0192	0.0436	-0.1123	0.0252	0.2146	-0.1103	-0.1779	-0.0254	0.0907	0.0019	-0.0055	0.1311	0.0166	0.1266	-55.4252	6.454	-15.0927
8	1.9302	0.0582	0.0963	2.5151	0.1247	1.504	-0.0998	0.1034	0.1631	-0.169	0.0068	-0.1079	-0.1098	-0.024	0.0823	0.1125	0.0043	-0.0225	0.0993	0.0096	0.1294	-40.831	18.9973	-7.5351

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 97 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 98 through 190 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 191 through 297 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 298 through 373 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 108 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 109 through 202 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 203 through 297 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 298 through 365 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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