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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lwo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PRMT6 | ||||||
要素 | Arginine N-methyltransferase, putative | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / SAM binding domain / arginine methylation (メチル化) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein-arginine C-methyltransferase activity / : / peptidyl-arginine methylation, to asymmetrical-dimethyl arginine / histone arginine N-methyltransferase activity / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.203 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, Y. / Wang, C. / Shi, Y. / Teng, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2014 タイトル: Crystal Structure of Arginine Methyltransferase 6 from Trypanosoma brucei 著者: Wang, C. / Zhu, Y. / Chen, J. / Li, X. / Peng, J. / Chen, J. / Zou, Y. / Zhang, Z. / Jin, H. / Yang, P. / Wu, J. / Niu, L. / Gong, Q. / Teng, M. / Shi, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4lwo.cif.gz | 265.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4lwo.ent.gz | 212.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4lwo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/4lwo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/4lwo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41257.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ) 株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb927.5.3960 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57U70 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.93 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100mM Citrate pH 5.5, 20% PEG 3000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 77167 / Num. obs: 77126 / Biso Wilson estimate: 34.29 Å2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.203→44.035 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / FOM work R set: 0.8029 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.09 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 90.13 Å2 / Biso mean: 37.5116 Å2 / Biso min: 13.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.203→44.035 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28
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