PDB-4lo3: HA17-HA33-LacNac

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lo3

タイトル

HA17-HA33-LacNac

要素

HA-17
HA-33

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / progenitor toxin complex / botulinum neurotoxin /

botulism (ボツリヌス症) / neurotoxin associated protein /

hemagglutinin (ヘマグルチニン) / carbohydrate/sugar binding /

secreted protein

機能・相同性

機能・相同性情報

Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / Toxicity of botulinum toxin type B (botB) /

carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.249 Å

データ登録者

Lee, K. / Gu, S. / Jin, L. / Le, T.T. / Cheng, L.W. / Strotmeier, J. / Kruel, A.M. / Yao, G. / Perry, K. / Rummel, A. / Jin, R.

引用

ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2013
タイトル: Structure of a bimodular botulinum neurotoxin complex provides insights into its oral toxicity.
著者: Kwangkook Lee / Shenyan Gu / Lei Jin / Thi Tuc Nghi Le / Luisa W Cheng / Jasmin Strotmeier / Anna Magdalena Kruel / Guorui Yao / Kay Perry / Andreas Rummel / Rongsheng Jin /

要旨: Botulinum neurotoxins (BoNTs) are produced by Clostridium botulinum and cause the fatal disease botulism, a flaccid paralysis of the muscle. BoNTs are released together with several auxiliary ...

履歴

登録	2013年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年2月28日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lo3.cif.gz	311.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lo3.ent.gz	255.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lo3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/4lo3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/4lo3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2416C 2417C 4lo0C 4lo1C 4lo2C 4lo4C 4lo5C 4lo6C 4lo7C 4lo8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lo1-d 4lo2-d 4lo0-d 5bqu-d 4lo7-4 5bp5-d 6zys-d 4lo7-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (4) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: HA-33

C: HA-17

B: HA-33

ヘテロ分子

86 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.216, 118.803, 162.536
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-258- HOH
2	1	B-459- HOH

#1: タンパク質

HA-33 / HA-33 protein / HA34 / Non-toxin haemagglutinin HA34

分子量: 34081.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: HA-33, ha33, ha34 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45871

#2: タンパク質

HA-17 / HA-17 protein / HA17 / Ha17 protein / Non-toxin haemagglutinin HA17

分子量: 17069.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: ha17, HA-17 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45878

#3: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-alpha-lactosamine

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖, Oligosaccharide

オリゴ糖
クラス: 糖鎖要素

糖鎖 / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: N-acetyl-alpha-lactosamine

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpNAca1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.49 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.2 詳細: 0.1 M MES, 0.1 M magnesium chloride, 5% PEG8000, pH 6.2, EVAPORATION, temperature 292.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97952 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月14日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97952 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.249→50 Å / Num. all: 49590 / Num. obs: 49357 / % possible obs: 99.53 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 2.249→2.4 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.249→47.956 Å / SU ML: 0.73 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2127	2505	5.08 %	RANDOM
R_work	0.1791	-	-	-
obs	0.1808	49357	99.53 %	-
all	-	49590	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 34.472 Å² / k_sol: 0.328 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	15.9113 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-10.3061 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.6052 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.249→47.956 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5845	0	52	217	6114

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6037
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.088	8240
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.796	2181
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.223	931
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1054

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.249-2.2918	0.3164	127	0.2332	2524	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2918-2.3386	0.2731	138	0.2113	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3386-2.3895	0.3052	146	0.2121	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3895-2.4451	0.2689	139	0.217	2573	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4451-2.5062	0.271	136	0.2107	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5062-2.574	0.2411	133	0.2185	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.574-2.6497	0.2907	129	0.2164	2573	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6497-2.7352	0.26	149	0.2126	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7352-2.833	0.2717	140	0.2029	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.833-2.9464	0.2385	153	0.1882	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9464-3.0804	0.2144	159	0.1831	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0804-3.2428	0.2268	129	0.1828	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2428-3.4459	0.2216	138	0.1854	2597	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4459-3.7119	0.1975	137	0.1729	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7119-4.0853	0.1995	143	0.1665	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0853-4.676	0.1716	128	0.1371	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
4.676-5.8896	0.1699	124	0.1504	2663	X-RAY DIFFRACTION	99
5.8896-47.9674	0.1822	157	0.1929	2743	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1498	0.101	-0.2017	3.7637	1.8247	4.2073	0.0528	0.0467	-0.1086	0.0843	-0.1016	0.0703	0.2873	-0.054	0.0468	0.1603	0.0027	-0.0193	0.2303	0.0175	0.2598	36.5124	-12.8588	47.8465
2	4.6727	-0.1956	0.462	3.6835	0.5917	4.8556	0.0109	0.7385	0.1061	-0.3646	0.1835	-0.2974	0.1164	0.4532	-0.2062	0.3198	-0.0232	0.0055	0.4361	-0.0152	0.3372	45.309	-25.3685	17.574
3	4.9533	-0.3902	0.5093	4.2108	0.6721	5.5179	0.0117	0.3914	0.0616	-0.2813	0.1071	0.2247	0.2138	-0.3502	-0.0996	0.4023	-0.0479	-0.0605	0.3958	0.0164	0.3673	36.0117	-25.015	17.0943
4	2.2238	0.4114	-1.2495	2.9807	-0.2152	4.3407	-0.2371	-0.5045	0.206	0.5572	-0.0914	-0.2622	-0.3958	0.8937	0.3126	0.4932	-0.0737	-0.1242	0.4794	-0.0095	0.3924	49.8169	11.5538	81.4324
5	3.321	0.2442	-1.2184	4.395	1.136	5.7447	0.0215	0.0441	0.6582	0.1922	0.2545	-0.6821	-1.1397	0.7454	-0.2165	0.4977	-0.172	-0.0791	0.3772	0.0174	0.4053	51.1186	19.6346	66.233
6	1.423	1.4928	-0.3802	2.4987	-1.5939	5.8186	0.1116	-0.3118	0.2921	0.5694	-0.1525	0.2645	-0.5821	-0.1258	0.0823	0.4904	0.0814	-0.1258	0.3287	-0.0459	0.2871	40.7491	11.0377	82.7413
7	3.6608	1.0609	-1.0156	2.001	-3.9732	4.8843	-0.3028	-0.2216	0.3646	0.0633	0.3526	0.054	-0.5013	-0.4291	-0.078	0.5906	-0.0043	-0.0483	0.3813	-0.0543	0.2913	42.3029	17.6899	77.1411
8	1.671	0.7398	0.607	2.1009	1.4195	5.0227	-0.085	-0.2224	0.3816	0.2528	-0.188	0.3591	-0.9453	-0.2951	0.226	0.4095	0.0125	-0.0208	0.2604	-0.0522	0.3145	36.239	16.2955	68.4944
9	2.7351	-1.2897	-0.0607	4.9069	0.1171	4.2643	-0.0156	-0.1382	0.1442	0.4769	-0.0617	-0.083	-0.0264	-0.1225	0.1451	0.3011	0.0041	-0.0005	0.271	0.0084	0.2307	40.6733	5.3484	72.5196
10	1.4849	-0.106	0.6494	4.066	-0.9711	3.1918	-0.2207	0.346	0.0522	-0.2609	-0.0257	-0.5508	-0.0004	0.5014	0.2505	0.2373	-0.041	0.0235	0.4063	0.0068	0.3282	48.0564	5.6542	60.6328
11	2.6558	4.8687	3.5699	8.9598	6.5748	4.8195	0.0566	-0.0579	0.2991	0.4669	0.0979	-0.6029	-0.0012	0.5756	-0.1848	0.3526	-0.0324	-0.1206	0.4873	0.0174	0.4515	52.6279	8.9652	70.7717
12	3.5231	-0.6214	1.1473	2.5215	-0.4522	3.8613	0.0399	0.1424	0.1707	-0.2019	-0.1126	0.0604	-0.5371	-0.0277	0.0585	0.2768	0.0455	0.0104	0.1747	0.0075	0.2438	34.5401	15.4971	41.5702
13	5.6576	-1.8711	0.969	3.3398	1.04	2.5926	0.9512	1.2357	-0.7376	-0.9417	-0.7477	0.4544	0.5585	-0.0507	-0.1522	0.6923	0.2805	-0.1821	0.6888	-0.1777	0.6072	11.0204	14.9757	17.6297
14	4.5458	-2.5147	1.469	2.4922	0.6974	2.637	0.9122	1.6201	-0.4578	-1.2248	-0.7958	0.0387	0.2902	0.3111	-0.133	1.1422	0.583	-0.0767	1.0777	-0.1536	0.7671	18.8789	13.0332	12.2975

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 9:150)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 151:222)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 223:294)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resseq 3:17)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resseq 18:44)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resseq 45:54)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resseq 55:63)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resseq 64:79)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resseq 80:113)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resseq 114:136)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resseq 137:146)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 10:150)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 151:219)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 220:294)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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