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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lem | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Delta-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
要素 | 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase1-ピロリン-5-カルボン酸デヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Rossmann fold (ロスマンフォールド) / dehydrogenase (脱水素酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / cytoplasmic side of plasma membrane / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å | ||||||
データ登録者 | Lagautriere, T. / Bashiri, G. / Baker, E.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015 タイトル: Use of a "silver bullet" to resolve crystal lattice dislocation disorder: A cobalamin complex of Delta (1)-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase from Mycobacterium tuberculosis. 著者: Lagautriere, T. / Bashiri, G. / Baker, E.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4lem.cif.gz | 668.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4lem.ent.gz | 567.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4lem.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/4lem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/4lem | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61210.691 Da / 分子数: 6 / 変異: G505D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: RVBD_1187 / プラスミド: pYUB28b / 発現宿主: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株 (発現宿主): Mc2 4517 / 参照: UniProt: O50443, EC: 1.5.1.12 #2: 化合物 | ChemComp-B12 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.25 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.2% w/v biotin, 0.2% w/v phospho(enol)pyruvic acid monosodium salt hydrate, 0.2% w/v D-(+)-Melezitose hydrate, 0.2% w/v coenzyme B12 and 0.02M HEPES sodium pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953691 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.953691 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.27→20.01 Å / Num. all: 186040 / Num. obs: 186040 / % possible obs: 99.5 % |
反射 シェル | 解像度: 2.27→2.39 Å / 冗長度: 15.1 % / % possible all: 97.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.27→20.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 4.936 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.454 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.27→20.01 Å
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拘束条件 |
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