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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4l8j | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a Putative efflux transporter (BACEGG_01895) from Bacteroides eggerthii DSM 20697 at 2.06 A resolution | ||||||
要素 | Putative efflux transporter | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / HlyD family secretion protein / PF00529 family / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 conserved putative lor/sdh protein from methanococcus maripaludis s2 fold - #20 / conserved putative lor/sdh protein from methanococcus maripaludis s2 fold / Helix hairpin bin / Efflux pump adaptor protein, beta barrel domain / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Helix Hairpins / Βバレル / Orthogonal Bundle ...conserved putative lor/sdh protein from methanococcus maripaludis s2 fold - #20 / conserved putative lor/sdh protein from methanococcus maripaludis s2 fold / Helix hairpin bin / Efflux pump adaptor protein, beta barrel domain / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Helix Hairpins / Βバレル / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Bacteroides eggerthii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.06 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of a Putative efflux transporter (BACEGG_01895) from Bacteroides eggerthii DSM 20697 at 2.06 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4l8j.cif.gz | 144.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4l8j.ent.gz | 115.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4l8j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/4l8j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/4l8j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36749.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides eggerthii (バクテリア) 株: DSM 20697 / 遺伝子: BACEGG_01895, ZP_03459111.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: B7AHL2 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE CONSTRUCT (RESIDUES 24-350) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THE CONSTRUCT (RESIDUES 24-350) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.15 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.83 詳細: 12.0% polyethylene glycol 8000, 0.1M sodium chloride, 0.1M CAPS pH 9.83, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97871, 0.91837, 0.97817 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月2日 詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.06→46.486 Å / Num. obs: 29410 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 37.746 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 14.77 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.06→46.486 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9367 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9229 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: 1. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 2. PEG FRAGMENTS (PEG) FROM THE CRYSTALLIZATION AND GLYCEROL (GOL) USED AS ...詳細: 1. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 2. PEG FRAGMENTS (PEG) FROM THE CRYSTALLIZATION AND GLYCEROL (GOL) USED AS A CRYOPROTECTANT HAVE BEEN MODELED INTO THE STRUCTURE.3. THE REFINEMEMT WAS RESTRAINED AGAINST THE MAD PHASES.
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原子変位パラメータ | Biso max: 116.81 Å2 / Biso mean: 46.9515 Å2 / Biso min: 24.58 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.339 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.06→46.486 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.06→2.13 Å / Total num. of bins used: 15
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 21.2691 Å / Origin y: 10.4219 Å / Origin z: 54.4325 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|25 - 350 } |