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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4l8a | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a GNAT superfamily acetyltransferase PA4794 in ternary complex with N-Phenylacetyl-Gly-AcLys and CoA | ||||||
要素 | Uncharacterized protein | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / GNAT / acetyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Majorek, K.A. / Chruszcz, M. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013 タイトル: Structural, functional, and inhibition studies of a Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) superfamily protein PA4794: a new C-terminal lysine protein acetyltransferase from pseudomonas aeruginosa. 著者: Majorek, K.A. / Kuhn, M.L. / Chruszcz, M. / Anderson, W.F. / Minor, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4l8a.cif.gz | 105.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4l8a.ent.gz | 79.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4l8a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/4l8a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/4l8a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3pgpC 4klvC 4klwC 4korC 4kosC 4kotC 4kouC 4kovC 4kowC 4koxC 4koyC 4kuaC 4kubC 4l89C 2i6c C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 18000.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA4794 / プラスミド: p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q9HV14 |
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-非ポリマー , 5種, 293分子
#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-COA / | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-1VP / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.75 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M Bis Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97912 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月23日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97912 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→50 Å / Num. all: 55044 / Num. obs: 55044 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 14.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 62.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 2703 / Rsym value: 0.564 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2i6c 2i6c 解像度: 1.2→45.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.928 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→45.85 Å
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拘束条件 |
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