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Yorodumi- PDB-4l89: Crystal structure of a GNAT superfamily acetyltransferase PA4794 ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4l89 | ||||||
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Title | Crystal structure of a GNAT superfamily acetyltransferase PA4794 in complex with covalently bound CoA | ||||||
Components | Uncharacterized protein | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / GNAT / acetyltransferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Majorek, K.A. / Chruszcz, M. / Maclean, E. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2013 Title: Structural, functional, and inhibition studies of a Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) superfamily protein PA4794: a new C-terminal lysine protein acetyltransferase from pseudomonas aeruginosa. Authors: Majorek, K.A. / Kuhn, M.L. / Chruszcz, M. / Anderson, W.F. / Minor, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4l89.cif.gz | 87 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4l89.ent.gz | 64.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4l89.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/4l89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/4l89 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3pgpC 4klvC 4klwC 4korC 4kosC 4kotC 4kouC 4kovC 4kowC 4koxC 4koyC 4kuaC 4kubC 4l8aC 2i6c C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18000.600 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Strain: PAO1 / Gene: PA4794 / Plasmid: p11 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) RIL / References: UniProt: Q9HV14 | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-COA / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 1.5M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jun 12, 2009 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. all: 24283 / Num. obs: 24283 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 35.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.63 Å / Redundancy: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.552 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1198 / Rsym value: 0.552 / % possible all: 99.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2i6c 2i6c Resolution: 1.6→28.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.032 / SU ML: 0.057 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.084 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.71 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→28.69 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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