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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kaz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of RNase T in complex with a Y structured DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | Hydrolase/dna / DnaQ / DEDD / exonuclease / DNA repair / Hydrolase-dna complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / tRNA 3'-end processing / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / 3'-5' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / DNA damage response ...rRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / tRNA 3'-end processing / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / 3'-5' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / DNA damage response / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Hsiao, Y.-Y. / Yuan, H.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2014 タイトル: Structural insights into DNA repair by RNase T--an exonuclease processing 3' end of structured DNA in repair pathways. 著者: Hsiao, Y.Y. / Fang, W.H. / Lee, C.C. / Chen, Y.P. / Yuan, H.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4kaz.cif.gz | 69.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4kaz.ent.gz | 47.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4kaz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4kaz_validation.pdf.gz | 437.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4kaz_full_validation.pdf.gz | 439.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4kaz_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4kaz_validation.cif.gz | 16.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/4kaz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/4kaz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25719.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b1652, JW1644, rnt / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL 参照: UniProt: P30014, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ | ||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 6052.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.99 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% v/v 2-Propanol, 0.1 M MES monohydrate, 20% w/v Polyethylene glycol monomethyl ester 2000 , pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月3日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 20966 / Num. obs: 20966 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.5 % / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 32.23 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.92 / Num. unique all: 2070 / Rsym value: 0.457 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3NGY 解像度: 1.9→28.767 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.69 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.767 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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