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万見
- PDB-4jz7: Carbamate kinase from Giardia lamblia bound to AMP-PNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jz7
タイトルCarbamate kinase from Giardia lamblia bound to AMP-PNP
要素Carbamate kinase
キーワードTRANSFERASE / modified Rossmann fold / ATP carbamate phosphotransferase / ADP / Mg2+ / carbamoyl phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


carbamate kinase activity / arginine deiminase pathway / cytosol
類似検索 - 分子機能
Carbamate kinase / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Amino acid kinase family / Acetylglutamate kinase-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Carbamate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Giardia lamblia (ランブル鞭毛虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lim, K. / Herzberg, O.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Crystal Structures of Carbamate Kinase from Giardia lamblia Bound with Citric Acid and AMP-PNP.
著者: Lim, K. / Kulakova, L. / Galkin, A. / Herzberg, O.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: X-ray structure and characterization of carbamate kinase from the human parasite Giardia lamblia.
著者: Galkin, A. / Kulakova, L. / Wu, R. / Nash, T.E. / Dunaway-Mariano, D. / Herzberg, O.
履歴
登録2013年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbamate kinase
B: Carbamate kinase
C: Carbamate kinase
D: Carbamate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,9268
ポリマ－135,9014
非ポリマー2,0254
水8,557475
1
A: Carbamate kinase
B: Carbamate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9634
ポリマ－67,9502
非ポリマー1,0122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5930 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area21920 Å2
手法PISA
2
C: Carbamate kinase
D: Carbamate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9634
ポリマ－67,9502
非ポリマー1,0122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5890 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area25640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.630, 97.050, 102.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Carbamate kinase


分子量: 33975.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Giardia lamblia (ランブル鞭毛虫)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 遺伝子: GL50803_16453 / プラスミド: pDEST-HisMBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star / 参照: UniProt: A8BB85, carbamate kinase
#2: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.14 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.4 M ammonium citrate dibasic, pH 5.0, 21% PEG 3350, crystal soaked in 50mM AMP-PNP for 4 hours, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→48.9 Å / Num. all: 40467 / Num. obs: 40467 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.73 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 5834 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
JBluIce-EPICSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3KZF AND 2WE4

3kzf

2we4


解像度: 2.6→48.9 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.292 1616 RANDOM
Rwork0.217 --
all-40450 -
obs-40450 -
原子変位パラメータBiso mean: 24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8968 0 124 475 9567
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.73 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 226 -
Rwork0.26 --
obs-5832 99.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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