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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4juk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of H5N1 influenza virus hemagglutinin, clade 2.3.2.1 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / hemagglutinin (ヘマグルチニン) / viral envelope protein (カプシド) / viral fusion protein / sialic acid (シアル酸) / glycosylation (グリコシル化) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7502 Å | ||||||
データ登録者 | DuBois, R.M. / Zaraket, H. / Reddivari, M. / Coop, T. / Heath, R.J. / White, S.W. / Russell, C.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: To be published 著者: DuBois, R.M. / Zaraket, H. / Reddivari, M. / Coop, T. / Heath, R.J. / White, S.W. / Russell, C.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4juk.cif.gz | 114 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4juk.ent.gz | 87 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4juk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/4juk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/4juk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4jumS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36978.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/common magpie/Hong Kong/5052/2007 (H5N1) / 遺伝子: HA, hemagglutinin / プラスミド: pAcGP67B 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: B7NWR4 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 20980.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/common magpie/Hong Kong/5052/2007 (H5N1) / 遺伝子: HA, hemagglutinin / プラスミド: pAcGP67B 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: B7NWR4 | ||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||
#4: 糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.9 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 22% PEG 4000, 0.2M LiSO4, 0.1M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月17日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 |
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放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.75→50 Å / Num. all: 22883 / Num. obs: 27769 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Χ2: 1.29 / Net I/σ(I): 10.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4JUM 解像度: 2.7502→47.189 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8174 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.27 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 124.37 Å2 / Biso mean: 39.5156 Å2 / Biso min: 2.05 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7502→47.189 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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