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万見
- PDB-4jor: CFTR Associated Ligand (CAL) PDZ domain bound to HPV18 E6 oncopro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jor
タイトルCFTR Associated Ligand (CAL) PDZ domain bound to HPV18 E6 oncoprotein C-terminal peptide (RLQRRRETQV)
要素
  • Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
  • Protein E6
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / PDZ / CFTR Associated Ligand / CAL / PIST / FIG (イチジク) / Human papillomavirus type 18 / HPV18 / E6 oncoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of anion channel activity / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / negative regulation of protein localization to cell surface / Golgi-associated vesicle membrane / Golgi to plasma membrane transport / molecular sequestering activity / trans-Golgi network transport vesicle / apical protein localization / RHOQ GTPase cycle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport ...negative regulation of anion channel activity / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / negative regulation of protein localization to cell surface / Golgi-associated vesicle membrane / Golgi to plasma membrane transport / molecular sequestering activity / trans-Golgi network transport vesicle / apical protein localization / RHOQ GTPase cycle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / PDZ domain binding / : / protein transport / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / host cell cytoplasm / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / lysosomal membrane / ゴルジ体 / negative regulation of DNA-templated transcription / 樹状突起 / DNA-templated transcription / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / ゴルジ体 / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein / E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / PDZドメイン / Pdz3 Domain / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン ...Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein / E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / PDZドメイン / Pdz3 Domain / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein E6 / Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human papillomavirus type 18 (パピローマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Amacher, J.F. / Madden, D.R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Stereochemical Preferences Modulate Affinity and Selectivity among Five PDZ Domains that Bind CFTR: Comparative Structural and Sequence Analyses.
著者: Amacher, J.F. / Cushing, P.R. / Brooks, L. / Boisguerin, P. / Madden, D.R.
履歴
登録2013年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: reflns_shell / struct_site
Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ..._reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
B: Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
C: Protein E6
D: Protein E6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5836
ポリマ－21,3994
非ポリマー1842
水4,648258
1
A: Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
C: Protein E6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8834
ポリマ－10,6992
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
D: Protein E6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6992
ポリマ－10,6992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area720 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area5200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.205, 47.960, 52.852
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein


分子量: 9353.722 Da / 分子数: 2 / 断片: CAL PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GOPC, CAL, FIG / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q9HD26
#2: タンパク質・ペプチド Protein E6


分子量: 1345.554 Da / 分子数: 2 / 断片: HPV18 E6 peptide / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human papillomavirus type 18 (パピローマウイルス)
参照: UniProt: P06463
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 29% (w/v) polyethylene glycol (PEG), 0.075 M sodium chloride, 0.1 M tris(hydroxymethyl)aminomethane (Tris), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月29日
放射モノクロメーター: S1 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→19.29 Å / Num. all: 36592 / Num. obs: 34483 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 7.53 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 36.69
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
1.34-1.420.2477.530.265177.8
1.43-1.510.14911.350.193196.1
1.52-1.640.09316.780.128196.8
1.65-1.790.06224.070.083197.6
1.8-20.03438.030.048197.8
2.01-2.310.0256.420.03198.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4E34 (CAL PDZ domain bound to iCAL36 peptide)

4e34


解像度: 1.34→19.29 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: Omit map / σ(F): 2 / σ(I): 7.53 / 位相誤差: 17.36 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1811 1729 5.01 %In thin shells
Rwork0.1709 ---
obs0.1722 34482 95.17 %-
all-34483 --
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.62 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1791 Å2-0 Å2-1.3967 Å2
2---1.5159 Å20 Å2
3---0.3368 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.34→19.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1452 0 12 258 1722
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071541
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1662084
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.567594
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064239
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006278
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.34-1.38380.25661340.23972009X-RAY DIFFRACTION71
1.3838-1.42840.2439840.19652690X-RAY DIFFRACTION93
1.4284-1.47950.21391760.19242680X-RAY DIFFRACTION96
1.4795-1.53870.19191760.1652728X-RAY DIFFRACTION96
1.5387-1.60870.1865890.15922835X-RAY DIFFRACTION97
1.6087-1.69350.19771760.16652724X-RAY DIFFRACTION97
1.6935-1.79950.20531780.16592767X-RAY DIFFRACTION98
1.7995-1.93830.1575890.1652894X-RAY DIFFRACTION98
1.9383-2.13310.16591770.16762774X-RAY DIFFRACTION98
2.1331-2.44130.17951800.16352819X-RAY DIFFRACTION99
2.4413-3.07370.1868900.17752939X-RAY DIFFRACTION99
3.0737-19.29410.15771800.1632894X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1502-0.0993-0.06850.1843-0.00460.2739-0.0354-0.02610.01770.01290.00950.0032-0.0005-0.00550.01330.02770.0065-0.00310.0369-0.00310.032630.911524.535816.0734
20.10870.0532-0.03510.2191-0.02940.15460.0399-0.014100.0126-0.01950.04510.0306-0-0.0010.0372-0.0139-0.00650.028-0.00470.035726.467526.1783-8.3825
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 284:370
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND RESID 284:370

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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