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- PDB-4j26: Estrogen Receptor in complex with proline-flanked LXXLL peptides -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j26
タイトルEstrogen Receptor in complex with proline-flanked LXXLL peptides
要素
  • 12-mer Peptide
  • Estrogen receptor beta
キーワードHORMONE RECEPTOR/PEPTIDE / Estrogen Receptor (エストロゲン受容体) / Proline (プロリン) / LXXLL / alpha-helix (Αヘリックス) / Structure stabilization / HORMONE RECEPTOR-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / intracellular estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / steroid binding / ESR-mediated signaling / cellular response to estradiol stimulus / negative regulation of cell growth ...receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / intracellular estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / steroid binding / ESR-mediated signaling / cellular response to estradiol stimulus / negative regulation of cell growth / Nuclear Receptor transcription pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cell-cell signaling / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) ...Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
エストラジオール / Estrogen receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Fuchs, S. / Nguyen, H.D. / Phan, T. / Burton, M. / Nieto, L. / de Vries-van Leeuwen, I. / Schmidt, A. / Goodarzifard, M. / Agten, S. / Rose, R. ...Fuchs, S. / Nguyen, H.D. / Phan, T. / Burton, M. / Nieto, L. / de Vries-van Leeuwen, I. / Schmidt, A. / Goodarzifard, M. / Agten, S. / Rose, R. / Ottmann, C. / Milroy, L.G. / Brunsveld, L.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Proline primed helix length as a modulator of the nuclear receptor-coactivator interaction
著者: Fuchs, S. / Nguyen, H.D. / Phan, T.T. / Burton, M.F. / Nieto, L. / de Vries-van Leeuwen, I.J. / Schmidt, A. / Goodarzifard, M. / Agten, S.M. / Rose, R. / Ottmann, C. / Milroy, L.G. / Brunsveld, L.
履歴
登録2013年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor beta
I: 12-mer Peptide
B: Estrogen receptor beta
J: 12-mer Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6736
ポリマ－57,1284
非ポリマー5452
水2,612145
1
A: Estrogen receptor beta
I: 12-mer Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8363
ポリマ－28,5642
非ポリマー2721
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11490 Å2
手法PISA
2
B: Estrogen receptor beta
J: 12-mer Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8363
ポリマ－28,5642
非ポリマー2721
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.630, 62.630, 125.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: 3

Dom-IDComponent-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERAA264 - 4084 - 148
21SERSERBC264 - 4084 - 148
12ALAALAAA422 - 497162 - 237
22ALAALABC422 - 497162 - 237

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.149163, -0.988773, -0.008809), (-0.98878, 0.149081, 0.009385), (-0.007967, 0.01011, -0.999917)35.794, 30.69562, 0.23715

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor beta / / ER-beta / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 2


分子量: 27109.143 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand Binding Domain, UNP residues 261-500 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR2 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q92731
#2: タンパク質・ペプチド 12-mer Peptide


分子量: 1454.784 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide
#3: 化合物 ChemComp-EST / ESTRADIOL / エストラジオ-ル / エストラジオール


分子量: 272.382 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H24O2 / コメント: ホルモン*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 10%-20% PEG6000, 0.6M-2M LiCl, 100mM Citric Acid, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年6月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→19.6 Å / Num. all: 24490 / Num. obs: 24203 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.35 % / Rmerge(I) obs: 0.167 / Net I/σ(I): 14.93
反射 シェル解像度: 2.3→2.6 Å / 冗長度: 1.89 % / Rmerge(I) obs: 0.273 / Mean I/σ(I) obs: 5.24 / Num. unique all: 7556 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OLL

3oll


解像度: 2.3→19.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 16.314 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24197 1190 5 %RANDOM
Rwork0.20313 ---
obs0.2051 22612 97.2 %-
all-22612 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.02 Å20 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3734 0 40 145 3919
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0193923
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023928
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2471.9975325
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00239050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5985489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.35923.662142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.78315731
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3551520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214230
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02826
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.53537851
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.159565
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.71557864
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプWeight positionRms dev position (Å)
2090LOOSE POSITIONAL5
1300TIGHT THERMAL0.52.28
2090LOOSE THERMAL101.77
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 87 -
Rwork0.244 1657 -
obs--99.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9776-0.144-0.07550.4862-0.12171.1716-0.15720.1189-0.079-0.01230.0793-0.01960.0475-0.09640.0780.0916-0.06760.00530.0895-0.02660.13012.75412.086-0.944
27.85432.4869-4.21591.3229-3.864914.2195-0.49890.51050.3677-0.1180.0722-0.01550.08950.14040.42670.1218-0.0364-0.07770.09750.0010.1126-4.32418.574-5.466
30.8309-0.8719-1.91092.0538-0.525910.0386-0.0943-0.08140.12550.00010.3801-0.1610.2743-0.5616-0.28590.08480.02210.06120.18980.00850.1395-8.71113.33515.647
40.3284-0.282-0.22490.9165-0.49170.91970.0302-0.08860.00470.1057-0.0832-0.1171-0.15750.16410.0530.1187-0.0711-0.04460.14510.01890.157123.05629.9481.329
518.854717.7592-2.101716.7368-1.97850.2348-0.24420.35810.1215-0.18310.27030.10940.0356-0.0419-0.02620.2358-0.1701-0.05640.41370.00360.030618.05637.8135.99
66.82514.1523-0.12176.1867-0.74050.13030.3514-0.1497-0.3949-0.3867-0.2940.36160.05250.0648-0.05740.4314-0.0606-0.12430.18520.03240.148522.49741.501-15.361
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A261 - 498
2X-RAY DIFFRACTION2A600
3X-RAY DIFFRACTION3I5 - 16
4X-RAY DIFFRACTION4B261 - 498
5X-RAY DIFFRACTION5B600
6X-RAY DIFFRACTION6J5 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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