[日本語] English
万見
- PDB-4il3: Crystal Structure of S. mikatae Ste24p -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4il3
タイトルCrystal Structure of S. mikatae Ste24p
要素Ste24p
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / membrane protein (膜タンパク質) / alpha helical (Αヘリックス) / CaaX Protease / a-factor / structural genomics (構造ゲノミクス) / MPSBC / PSI-Biology / Membrane Protein Structural Biology Consortium (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


Ste24 endopeptidase / CAAX-box protein processing / metalloendopeptidase activity / membrane => GO:0016020 / endoplasmic reticulum membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CAAX prenyl protease 1 / CAAX prenyl protease 1, N-terminal / CAAX prenyl protease N-terminal, five membrane helices / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain / Peptidase M48 / Peptidase family M48 / Zincin-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CAAX prenyl protease
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces mikatae (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散, 分子置換 / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 3.102 Å
データ登録者Pryor Jr., E.E. / Horanyi, P.S. / Clark, K. / Fedoriw, N. / Connelly, S.M. / Koszelak-Rosenblum, M. / Zhu, G. / Malkowski, M.G. / Dumont, M.E. / Wiener, M.C. / Membrane Protein Structural Biology Consortium (MPSBC)
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Structure of the integral membrane protein CAAX protease Ste24p.
著者: Pryor, E.E. / Horanyi, P.S. / Clark, K.M. / Fedoriw, N. / Connelly, S.M. / Koszelak-Rosenblum, M. / Zhu, G. / Malkowski, M.G. / Wiener, M.C. / Dumont, M.E.
履歴
登録2012年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月3日Group: Database references
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ste24p
B: Ste24p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,8114
ポリマ－106,6802
非ポリマー1312
水0
1
A: Ste24p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4052
ポリマ－53,3401
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ste24p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4052
ポリマ－53,3401
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.530, 143.530, 197.024
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
詳細The biological unit is a monomer. There are two biological units in the asymmetric unit.

-
要素

#1: タンパク質 Ste24p


分子量: 53339.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Saccharomyces mikatae (酵母) / 株: IFO 1815T / プラスミド: pSGP46 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ5460 / 参照: UniProt: M4GGS2*PLUS, Ste24 endopeptidase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.6 % / 解説: MR/SAD using Zn anomalous signal and 4AW6 structure
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG 20,000, 20% PEG 550MME, 5 mM 1,6-hexanediol, 5 mM 1-butanol, 5 mM (RS)-1,2-propanediol, 5 mM 2-propanol, 5 mM 1,4-butanediol, 5 mM 1,3-propanediol, 100 mM MOPS / Na-HEPES pH 7.5, ...詳細: 10% PEG 20,000, 20% PEG 550MME, 5 mM 1,6-hexanediol, 5 mM 1-butanol, 5 mM (RS)-1,2-propanediol, 5 mM 2-propanol, 5 mM 1,4-butanediol, 5 mM 1,3-propanediol, 100 mM MOPS / Na-HEPES pH 7.5, vapor diffusion, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.27 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月19日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.27 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.5 % / Av σ(I) over netI: 12.33 / 数: 148213 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Χ2: 1.08 / D res high: 3.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 26962 / % possible obs: 64.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
8.45099.910.0521.4416.2
6.678.410010.0941.0876.4
5.836.6710010.1750.9436.5
5.35.8310010.20.9266.4
4.925.310010.1721.0376.2
4.634.9210010.1681.1366.1
4.44.6399.810.1991.1665.8
4.214.498.710.2311.1625.4
4.044.2189.810.2351.1024.8
3.914.0471.610.2361.1164.7
3.783.9156.710.2521.0454.9
3.683.7848.210.2950.9534.7
3.583.6842.410.270.9734.6
3.493.5837.110.3050.9534.6
3.413.4933.110.2880.9324.4
3.343.4128.310.3340.8194.2
3.273.342610.3490.8293.9
3.213.2723.810.340.8663.5
3.153.2120.710.3920.8443.2
3.13.1517.510.4350.922.9
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 26962 / Num. obs: 26917 / % possible obs: 64.8 % / Observed criterion σ(F): 65.5 / Observed criterion σ(I): -4.1 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 42.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Χ2: 1.078 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.1-3.152.90.4352.293620.9217.5
3.15-3.213.20.3921.864300.84420.7
3.21-3.273.50.342.144980.86623.8
3.27-3.343.90.3492.835380.82926
3.34-3.414.20.33435890.81928.3
3.41-3.494.40.2883.576840.93233.1
3.49-3.584.60.3053.577660.95337.1
3.58-3.684.60.273.888830.97342.4
3.68-3.784.70.29549970.95348.2
3.78-3.914.90.2525.1411721.04556.7
3.91-4.044.70.2365.1414761.11671.6
4.04-4.214.80.2355.2918891.10289.8
4.21-4.45.40.2317.3320231.16298.7
4.4-4.635.80.1999.1720851.16699.8
4.63-4.926.10.16811.1720871.136100
4.92-5.36.20.17211.820861.037100
5.3-5.836.40.28.620740.926100
5.83-6.676.50.17511.2520890.943100
6.67-8.46.40.09419.821081.087100
8.4-506.20.05243.321261.44199.9

-
位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation11.23 Å48.45 Å
Translation11.23 Å48.45 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
RESOLVE位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345データ収集
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換
開始モデル: PDB entry 4AW6

4aw6


解像度: 3.102→48.449 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.41 / σ(F): 0 / 位相誤差: 37.22 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2926 1241 4.98 %Random in CCP4
Rwork0.2695 ---
obs0.2706 24941 59.95 %-
all-26182 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 242.38 Å2 / Biso mean: 90.23 Å2 / Biso min: 46.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.102→48.449 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6973 0 2 0 6975
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047176
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7789731
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411106
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051189
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1042568
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
3.1015-3.22570.2493280.36826720.6470067215
3.2257-3.37250.4151520.33769440.6499694422
3.3725-3.55020.3359580.312612410.681299124128
3.5502-3.77260.4114890.302917040.71793170439
3.7726-4.06370.30831240.282124800.712604248057
4.0637-4.47240.29211890.279338650.74054386588
4.4724-5.1190.26962010.251442120.724413421295
5.119-6.44690.31872450.295842010.594446420196
6.4469-48.45520.25872550.240443810.734636438199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3681-0.2405-0.03871.83330.31272.9893-0.0874-0.09460.06550.24170.18160.2095-0.7489-0.3573-0.03021.08980.04540.04530.85520.02610.378659.9165-25.292433.5634
24.16080.8899-4.71932.84931.10337.53490.11620.6697-0.1736-0.88990.06310.13740.5721-0.0279-0.12121.134-0.0015-0.11950.8797-0.0130.290665.915-31.22616.4596
30.74560.0764-0.07250.57560.11961.7082-0.047-0.08470.30680.315-0.16720.0995-0.3259-0.15730.17941.43260.0313-0.07640.5866-0.03780.309971.2589-21.218328.8759
43.0651-0.87870.1272.3932-0.04250.56890.0944-0.0225-0.1951-0.1750.0279-0.06470.20980.7461-0.11750.79260.11590.08021.0212-0.06390.3712102.5415-60.714522.1585
56.3019-4.581-3.94968.95572.42672.66190.52470.3551-0.9709-0.1493-0.81350.8039-0.32350.40240.17841.07960.04320.00631.3835-0.08360.513693.2318-63.993249.4872
62.6536-0.7958-1.14581.61930.11920.5846-0.05930.5781-0.07180.0445-0.04620.06050.07130.77380.08450.77470.02510.06050.76820.00120.38598.833-49.877127.2347
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 10:221)A10 - 221
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 222:304)A222 - 304
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 306:445)A306 - 445
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 13:221)B13 - 221
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 222:304)B222 - 304
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 306:445)B306 - 445

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る