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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4i9s | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the R111K:R132L:Y134F:T54V:R59W Mutant of the Cellular Retinoic Acid Binding Protein Type II in Complex with All-Trans Retinal at 2.58 Angstrom Resolution | ||||||
要素 | Cellular retinoic acid-binding protein 2 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / protein engineering (タンパク質工学) / wavelength regulation / pH sensing / pKa / retinylidene PSB / iminium (イミニウム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport ...positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport / cyclin binding / fatty acid binding / regulation of DNA-templated transcription / 小胞体 / シグナル伝達 / extracellular exosome / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å | ||||||
データ登録者 | Nosrati, M. / Geiger, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013 タイトル: Rational Design of a Colorimetric pH Sensor from a Soluble Retinoic Acid Chaperone. 著者: Berbasova, T. / Nosrati, M. / Vasileiou, C. / Wang, W. / Lee, K.S. / Yapici, I. / Geiger, J.H. / Borhan, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4i9s.cif.gz | 41.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4i9s.ent.gz | 28.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4i9s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/4i9s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/4i9s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15520.796 Da / 分子数: 1 / 変異: R111K:R132L:Y134F:T54V:R59W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRABP2 / プラスミド: Pet17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29373 |
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#2: 化合物 | ChemComp-RET / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.64 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 16% w/v PEG8000, 0.04 M potassium phosphate monobasic, 20% v/v glycerol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.58→29.023 Å / Num. obs: 6565 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2G7B 解像度: 2.58→29.023 Å / SU ML: 0.92 / σ(F): 1.09 / 位相誤差: 33.65 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.208 Å2 / ksol: 0.314 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.58→29.023 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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