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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4i1t | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the cap-snatching endonuclease from Pichinde virus | ||||||
要素 | RNA-directed RNA polymerase L | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Arenavirus (アレナウイルス科) / Pichinde virus / viral transcription / cap-snatching / endonuclease (エンドヌクレアーゼ) / L protein / RNA-dependent RNA polymerase (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / PD-(D/E)XK nuclease fold / cap-snatching RNA endonuclease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 virion component => GO:0044423 / キャップスナッチング / host cell cytoplasm / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pichinde virus (ピチンデウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Bussetta, C. / Choi, K.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of the cap-snatching endonuclease from Pichinde virus, a new world arenavirus 著者: Bussetta, C. / Ye, M. / Shrestha, L. / Bujalowski, P.J. / White, M.A. / Choi, K.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4i1t.cif.gz | 86 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4i1t.ent.gz | 64.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4i1t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/4i1t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/4i1t | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3jsbS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25140.799 Da / 分子数: 1 / 断片: cap-snatching endonuclease domain (residues 1-194) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pichinde virus (ピチンデウイルス) 株: AN3739 / 遺伝子: L / プラスミド: pJexpress411 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q915A5, RNA依存性RNAポリメラーゼ |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.24 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 6M ammonium nitrate, 0.1M Tris, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月9日 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 7360 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.1 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.896 / Net I/σ(I): 29.87 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3JSB 解像度: 2.8→46.795 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.76 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 77.042 Å2 / ksol: 0.408 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 185.25 Å2 / Biso mean: 78.3406 Å2 / Biso min: 24.96 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.795 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2 / % reflection obs: 99 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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