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万見
- PDB-4hx9: Designed Phosphodeoxyribosyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hx9
タイトルDesigned Phosphodeoxyribosyltransferase
要素Nucleoside deoxyribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Non natural and design enzyme / Rossmann Fold (ロスマンフォールド) / Phosphodeoxyribosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside deoxyribosyltransferase / サルベージ経路 / nucleoside deoxyribosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Rossmann fold - #450 / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoside deoxyribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus leichmannii (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Kaminski, P.A. / Labesse, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Phosphodeoxyribosyltransferases, designed enzymes for deoxyribonucleotides synthesis.
著者: Kaminski, P.A. / Labesse, G.
履歴
登録2012年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月13日Group: Database references
改定 1.22013年3月20日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside deoxyribosyltransferase
B: Nucleoside deoxyribosyltransferase
E: Nucleoside deoxyribosyltransferase
F: Nucleoside deoxyribosyltransferase
C: Nucleoside deoxyribosyltransferase
D: Nucleoside deoxyribosyltransferase
G: Nucleoside deoxyribosyltransferase
H: Nucleoside deoxyribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,70528
ポリマ－144,1948
非ポリマー2,51020
水3,765209
1
A: Nucleoside deoxyribosyltransferase
B: Nucleoside deoxyribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Nucleoside deoxyribosyltransferase
B: Nucleoside deoxyribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Nucleoside deoxyribosyltransferase
B: Nucleoside deoxyribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,17621
ポリマ－108,1466
非ポリマー2,03015
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area15950 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area35620 Å2
手法PISA
2
E: Nucleoside deoxyribosyltransferase
F: Nucleoside deoxyribosyltransferase
C: Nucleoside deoxyribosyltransferase
D: Nucleoside deoxyribosyltransferase
G: Nucleoside deoxyribosyltransferase
H: Nucleoside deoxyribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,97921
ポリマ－108,1466
非ポリマー1,83415
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17050 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area34920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)218.454, 218.454, 218.454
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質
Nucleoside deoxyribosyltransferase / / N-deoxyribosyltransferase


分子量: 18024.301 Da / 分子数: 8 / 変異: F13R,E91Q,D92G,V93T,N123S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus leichmannii (乳酸菌)
遺伝子: ntd / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bli5 / 参照: UniProt: Q9R5V5, nucleoside deoxyribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: NH4SO4 1.2 M, 0.1 M HEPES at pH 7.7, PEG400 2%, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月9日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→39.9 Å / Num. all: 48494 / Num. obs: 47987 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.68→2.82 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F8Y

1f8y


解像度: 2.68→38.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 27.626 / SU ML: 0.259 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.839 / ESU R Free: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24953 2436 5 %RANDOM
Rwork0.19523 ---
obs0.19801 46023 99.81 %-
all-48576 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.587 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→38.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10060 0 148 209 10417
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02210473
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027106
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.171.96914160
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83317358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.74951235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.55925.449523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.302151773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6131531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21453
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02111504
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022039
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3681.56183
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.061.52545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.69329961
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.04734290
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6724.54199
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.68→2.75 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 188 -
Rwork0.308 3351 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6566-0.14990.46172.0658-1.14843.2936-0.05620.0277-0.11910.040.22540.5502-0.105-0.7953-0.16920.0941-0.0113-0.03330.2955-0.00360.23314.387938.071336.1612
20.5243-0.1818-0.6681.5577-0.96323.65820.0489-0.05780.0860.150.1820.0971-0.4404-0.494-0.23080.11250.06370.00350.1325-0.00110.072128.553252.360149.8205
33.66210.518-1.70271.929-1.61842.3307-0.15240.1732-0.05120.08980.21550.61170.0883-0.6103-0.06320.3614-0.02610.05290.4659-0.11540.56785.057729.801190.1392
41.594-0.0638-0.25952.3198-0.74153.06390.07940.0955-0.27850.03290.09530.30310.6454-0.4545-0.17470.2755-0.0671-0.08510.20470.04540.183320.428814.20680.3456
51.46120.08282.02142.89541.06444.1752-0.3173-0.01970.64320.41330.0727-0.2487-0.64220.35810.24460.6977-0.0343-0.15520.2887-0.11580.719729.2649.44998.2735
62.8436-1.35191.95472.0099-0.74333.4609-0.36670.36240.72640.3827-0.1478-0.9715-0.37330.56910.51450.2371-0.0835-0.22570.23980.15450.524844.596834.336886.8711
73.86980.442-0.29032.460.09872.0593-0.0674-1.00080.15760.92130.03050.0792-0.1148-0.23270.03690.91170.14120.02070.55070.00070.264820.401725.8432118.3363
82.7531-0.58980.48193.0633-1.41242.4534-0.1243-0.5313-0.09040.59030.1562-0.1412-0.0033-0.167-0.03180.43520.044-0.11910.23610.05960.170236.421711.4623107.8023
90.08710.0388-0.2520.4042-0.29080.8516-0.00930.0107-0.00550.15260.0138-0.064-0.0124-0.1383-0.00450.2783-0.0077-0.06360.30460.07150.308127.953833.921875.7145
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 201
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 201
3X-RAY DIFFRACTION3E2 - 202
4X-RAY DIFFRACTION4F2 - 202
5X-RAY DIFFRACTION5C2 - 201
6X-RAY DIFFRACTION6D2 - 202
7X-RAY DIFFRACTION7G2 - 202
8X-RAY DIFFRACTION8H2 - 202
9X-RAY DIFFRACTION9A203 - 336
10X-RAY DIFFRACTION9B202 - 345
11X-RAY DIFFRACTION9F203 - 330
12X-RAY DIFFRACTION9D203 - 330
13X-RAY DIFFRACTION9E301 - 323
14X-RAY DIFFRACTION9C301 - 308
15X-RAY DIFFRACTION9G301 - 313
16X-RAY DIFFRACTION9H301 - 324

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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