PDB-4hqk: Crystal structure of Plasmodium falciparum TRAP, P4212 form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hqk

タイトル

Crystal structure of Plasmodium falciparum TRAP, P4212 form

要素

Thrombospondin-related anonymous protein, TRAP

キーワード

CELL ADHESION (細胞接着) /

malaria (マラリア) / parasite motility / VWA domain / receptor on sporozoite / vaccine target / sporozoite surface

機能・相同性

機能・相同性情報

microneme / symbiont entry into host / host cell surface receptor binding /

生体膜 /

細胞膜 /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.249 Å

データ登録者

Song, G. / Koksal, A.C. / Lu, C. / Springer, T.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Shape change in the receptor for gliding motility in Plasmodium sporozoites.
著者: Song, G. / Koksal, A.C. / Lu, C. / Springer, T.A.

履歴

登録	2012年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月9日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hqk.cif.gz	174.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hqk.ent.gz	140 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hqk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/4hqk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/4hqk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hqfC 4hqlC 4hqnC 4hqoC 1shuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ywj-d 3np1-2 4f1k-1 3bo7-2 1pee-d 2mzu-d 2asn-d 4os0-2 1u18-1 6ype-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (5) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Thrombospondin-related anonymous protein, TRAP

B: Thrombospondin-related anonymous protein, TRAP

ヘテロ分子

46.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thrombospondin-related anonymous protein, TRAP

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thrombospondin-related anonymous protein, TRAP

登録者が定義した集合体
23.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.707, 117.707, 65.491
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-401- HOH
2	1	A-404- HOH
3	1	B-303- HOH
4	1	B-312- HOH
5	1	B-322- HOH
6	1	B-365- HOH

#1: タンパク質	Thrombospondin-related anonymous protein, TRAP 分子量: 23206.557 Da / 分子数: 2 / 断片: closed VWA domain (UNP residues 41-240) / 変異: C55G, N132S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 遺伝子: TRAP, PF13_0201 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q76NM2
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.67 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 2% PEG400, 2 M ammonium sulfate, EVAPORATION, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月18日
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.249→41.03 Å / Num. all: 22426 / Num. obs: 22401 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.8 % / R_sym value: 0.157 / Net I/σ(I): 10.22
反射シェル	解像度: 2.249→2.29 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / R_sym value: 1 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SHU

1shu

解像度: 2.249→41.029 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2399	2240	10 %
R_work	0.1869	-	-
obs	0.1922	22394	99.76 %
all	-	22426	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.249→41.029 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3119	0	5	163	3287

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3173
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.696	4285
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.918	1183
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	497
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	555

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.249-2.2976	0.3594	134	0.3064	1201	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2976-2.351	0.3496	127	0.2703	1257	X-RAY DIFFRACTION	100
2.351-2.4098	0.3142	144	0.254	1226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4098-2.4749	0.3168	151	0.2574	1202	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4749-2.5478	0.3407	126	0.2434	1261	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5478-2.63	0.307	140	0.2233	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.724	0.3021	136	0.2236	1229	X-RAY DIFFRACTION	100
2.724-2.833	0.26	140	0.1931	1254	X-RAY DIFFRACTION	100
2.833-2.9619	0.2439	138	0.2021	1241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9619-3.118	0.2488	141	0.1972	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
3.118-3.3133	0.283	138	0.187	1255	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3133-3.569	0.2307	142	0.1692	1266	X-RAY DIFFRACTION	100
3.569-3.9279	0.2071	142	0.1483	1272	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9279-4.4956	0.174	141	0.1335	1284	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4956-5.6617	0.1997	146	0.1506	1297	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6617-41.0362	0.22	154	0.2075	1394	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8117	0.7734	-3.6337	5.556	-4.893	9.1941	0.1563	1.039	0.3172	-1.6133	0.2516	-0.1991	-0.1062	-1.7464	-0.6032	0.7707	0.0662	0.0627	0.4221	0.0364	0.3061	87.6213	47.5565	8.7886
2	2.643	0.0577	0.1183	4.5725	-0.525	4.2383	0.2194	0.1875	-0.1201	-0.4407	-0.0493	0.0187	0.2164	-0.168	-0.1699	0.2873	0.0512	-0.0009	0.2679	-0.0036	0.3136	84.2939	39.2528	16.1719
3	7.2951	-1.4726	1.5991	5.5717	0.2947	9.4196	0.223	0.308	0.0746	-0.5974	-0.0159	-0.7614	-0.0891	2.035	-0.3149	0.4781	-0.0312	0.1522	0.4345	-0.0116	0.5493	100.1769	47.1981	14.968
4	4.4336	-1.9376	-0.6035	1.6921	1.3708	8.2099	0.1957	-0.299	0.7785	0.1225	-0.1073	-0.4481	-0.8473	0.6019	-0.154	0.5989	-0.0484	0.1012	0.2363	-0.0438	0.5439	91.5597	53.9361	20.9958
5	6.7425	3.7486	0.2248	5.017	1.2406	4.6296	0.3519	-0.088	0.5644	-0.417	-0.2448	0.1532	-1.3006	-0.3814	-0.0904	0.7601	0.1052	0.0847	0.3149	0.0148	0.4467	81.786	60.5455	21.8584
6	9.7948	3.9443	-2.1963	2.5835	-2.0349	7.3816	0.4402	1.2747	0.7701	-0.78	0.2638	0.1699	-0.6381	-0.8784	-0.4795	0.7302	0.2554	0.0978	0.5243	0.0849	0.4999	78.1755	53.2661	11.1219
7	8.3472	-2.378	1.318	8.1956	3.814	6.9597	0.1386	1.2669	-0.827	-1.0658	-0.0684	0.2599	-0.0153	0.4415	0.0434	0.5199	-0.096	-0.0194	0.337	-0.0523	0.4463	83.4988	11.414	11.1081
8	4.5992	3.7721	-6.8647	3.0558	-5.5938	2.0395	0.4983	-0.6578	0.3124	0.5471	-0.5919	-0.2037	-0.2038	0.5546	0.153	0.3516	-0.0572	0.003	0.492	-0.0408	0.3856	97.5867	21.082	26.0795
9	8.4467	0.5978	0.3925	7.3147	4.1745	8.184	0.0424	0.9009	-0.1318	-0.8774	-0.0409	0.0037	-0.0617	-0.0244	0.096	0.3677	0.0183	0.0013	0.1713	0.0533	0.2826	86.2348	16.4659	10.9561
10	4.3961	0.6121	2.3737	2.9067	0.344	8.6031	-0.1529	-0.0434	0.362	-0.3266	0.0669	-0.0355	-0.3112	-0.317	0.0879	0.3084	0.0719	0.048	0.238	0.0027	0.336	84.4395	23.4156	18.0464
11	7.6918	-3.024	0.3871	7.4933	-2.2482	7.154	-0.1073	-0.0134	-0.2041	0.0199	0.0815	0.6144	0.1575	-0.7169	-0.0098	0.3331	-0.0472	0.0576	0.1883	0.0123	0.3489	77.0496	11.074	20.8048
12	7.5861	3.5726	-0.7722	5.9079	0.1891	7.6242	-0.3549	-0.5065	-0.9737	0.3627	0.0274	0.3357	0.9123	-0.4247	0.288	0.4912	0.0862	0.0525	0.2258	0.0558	0.4345	80.0961	4.3966	25.1539
13	5.3973	-2.142	0.9282	9.2723	3.2753	5.2459	-0.429	-0.3074	-0.1407	0.1673	0.4408	0.3921	-0.563	0.5065	-0.0023	0.6236	-0.0408	0.0911	0.4306	0.0041	0.2977	91.6067	2.7929	27.6257
14	8.2894	4.3827	-2.8219	3.9993	-4.8101	7.5274	-0.8996	-0.2537	-0.7895	-0.501	-0.026	-0.418	1.4587	0.5622	0.7388	0.6885	0.1356	0.1252	0.3801	0.016	0.5806	92.4731	-1.9718	21.6191
15	8.9136	-0.5227	2.0066	6.0238	1.2634	8.4655	0.6867	0.1451	-0.8248	-0.5472	-0.6512	-0.4677	0.5225	0.4485	0.0875	0.5125	0.0482	0.1	0.3286	-0.007	0.4523	93.9961	7.1098	12.7364

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 41 through 54 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 55 through 132 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 133 through 153 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 154 through 190 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 191 through 219 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 220 through 240 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 41 through 54 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 55 through 67 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 68 through 93 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 94 through 132 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 133 through 167 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 168 through 190 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 191 through 203 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 204 through 219 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 220 through 239 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)