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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hmg | |||||||||
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タイトル | REFINEMENT OF THE INFLUENZA VIRUS HEMAGGLUTININ BY SIMULATED ANNEALING | |||||||||
要素 | (HEMAGGLUTININ, CHAIN ...ヘマグルチニン) x 2 | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / INFLUENZA VIRUS HEMAGGLUTININ | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Weis, W.I. / Bruenger, A.T. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990 タイトル: Refinement of the influenza virus hemagglutinin by simulated annealing. 著者: Weis, W.I. / Brunger, A.T. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1988 タイトル: Structure of the Influenza Virus Haemagglutinin Complexes with its Receptor, Sialic Acid 著者: Weis, W. / Brown, J.H. / Cusack, S. / Paulson, J.C. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1984 タイトル: Three-Dimensional Structure of an Antigenic Mutant of the Influenza Virus Haemagglutinin 著者: Knossow, M. / Daniels, R.S. / Douglas, A.R. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C. #3: ジャーナル: Nature / 年: 1981 タイトル: Structure of the Haemagglutinin Membrane Glycoprotein of Influenza Virus at 3 Angstroms Resolution 著者: Wilson, I.A. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C. #4: ジャーナル: Nature / 年: 1981 タイトル: Structural Identification of the Antibody-Binding Sites of Hong Kong Influenza Haemagglutinin and Their Involvement in Antigenic Variation 著者: Wiley, D.C. / Wilson, I.A. / Skehel, J.J. #5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1977 タイトル: Crystallization and X-Ray Diffraction Studies on the Haemagglutinin Glycoprotein from the Membrane of Influenza Virus 著者: Wiley, D.C. / Skehel, J.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hmg.cif.gz | 299.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hmg.ent.gz | 250.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hmg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/4hmg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/4hmg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES PRO A 55, PRO C 55, PRO E 55 ARE CIS PROLINES. 2: A TEMPERATURE FACTOR OF 65.0 OR LARGER SIGNIFIES AN ATOM WHOSE COORDINATES WERE GENERATED USING STEREOCHEMICAL CRITERIA. | ||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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詳細 |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|
-要素
-HEMAGGLUTININ, CHAIN ... , 2種, 6分子 ACEBDF
#1: タンパク質 | 分子量: 36080.430 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus A / 株: (A/Aichi/2/1968(H3N2)) / 参照: UniProt: P03437 #2: タンパク質 | 分子量: 20212.350 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus A / 株: (A/Aichi/2/1968(H3N2)) / 参照: UniProt: P03437 |
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-糖 , 3種, 18分子
#3: 多糖 | #4: 糖 | #5: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 1種, 33分子
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: microdialysis / 詳細: referred to 'Weis, W.', (1988) Nature, 333, 426-431 | ||||||||||||||||||||||||
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溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 7 Å / Num. obs: 64062 / % possible obs: 70.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.125 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.231 / 最高解像度: 3 Å 詳細: A TEMPERATURE FACTOR OF 65.0 OR LARGER SIGNIFIES AN ATOM WHOSE COORDINATES WERE GENERATED USING STEREOCHEMICAL CRITERIA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 3 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: XPLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.231 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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