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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hkc | ||||||
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タイトル | 14-3-3-zeta in complex with S1011 phosphorylated integrin alpha-4 peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN/PEPTIDE / 14-3-3 (14-3-3タンパク質) / all-helical protein / regulatory / alpha-4 integrin tail / phosphorylation (リン酸化) / SIGNAL TRANSDUCTION (シグナル伝達) / SIGNALING PROTEIN-PEPTIDE complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 clathrin-dependent extracellular exosome endocytosis / immune response in gut-associated lymphoid tissue / cell-matrix adhesion involved in ameboidal cell migration / integrin alpha4-beta7 complex / negative regulation of protein homodimerization activity / cell-cell adhesion in response to extracellular stimulus / diapedesis / cell-cell adhesion mediated by integrin / integrin alpha4-beta1 complex / Golgi reassembly ...clathrin-dependent extracellular exosome endocytosis / immune response in gut-associated lymphoid tissue / cell-matrix adhesion involved in ameboidal cell migration / integrin alpha4-beta7 complex / negative regulation of protein homodimerization activity / cell-cell adhesion in response to extracellular stimulus / diapedesis / cell-cell adhesion mediated by integrin / integrin alpha4-beta1 complex / Golgi reassembly / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / axonogenesis involved in innervation / regulation of synapse maturation / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / protein antigen binding / establishment of Golgi localization / leukocyte tethering or rolling / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / Rap1 signalling / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / negative regulation of protein localization to nucleus / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / cell adhesion mediated by integrin / neuron projection extension / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / negative regulation of vasoconstriction / leukocyte cell-cell adhesion / GP1b-IX-V activation signalling / receptor clustering / endodermal cell differentiation / cellular response to cytokine stimulus / fibronectin binding / Regulation of localization of FOXO transcription factors / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / positive regulation of T cell migration / cellular response to glucose starvation / Integrin cell surface interactions / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / coreceptor activity / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / negative regulation of TORC1 signaling / negative regulation of innate immune response / cell adhesion molecule binding / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / B cell differentiation / protein sequestering activity / integrin-mediated signaling pathway / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Cell surface interactions at the vascular wall / TP53 Regulates Metabolic Genes / Negative regulation of NOTCH4 signaling / 細胞接着 / cellular response to amyloid-beta / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / メラノソーム / integrin binding / 成長円錐 / blood microparticle / DNA-binding transcription factor binding / vesicle / Potential therapeutics for SARS / transmembrane transporter binding / cadherin binding / external side of plasma membrane / protein phosphorylation / focal adhesion / neuronal cell body / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞膜 / シグナル伝達 / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Bonet, R. / Campbell, I.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013 タイトル: Characterization of 14-3-3-zeta Interactions with integrin tails 著者: Bonet, R. / Vakonakis, I. / Campbell, I.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hkc.cif.gz | 111.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hkc.ent.gz | 85.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hkc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/4hkc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/4hkc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2o02S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28188.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: N-terminal His-tag followed by a 3C protease cleavage site 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAZ / プラスミド: pET16-b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P63104 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3797.991 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1003-1032 / 由来タイプ: 合成 詳細: Chemically synthesized peptide corresponding to alpha-4 integrin tail 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13612 |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Na HEPES (pH 7.5), 25% PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9163 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9163 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→44.5 Å / Num. all: 18798 / Num. obs: 18798 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 49.47 Å2 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.394 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2725 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2O02 解像度: 2.2→34.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9507 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9375 / SU R Cruickshank DPI: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 60.17 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.357 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.33 Å / Total num. of bins used: 9
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 22.1337 Å / Origin y: 7.89 Å / Origin z: 17.4031 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|2 - A|230 } |