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- PDB-4hcb: The metal-free form of crystal structure of E.coli ExoI-ssDNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hcb
タイトルThe metal-free form of crystal structure of E.coli ExoI-ssDNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • Exodeoxyribonuclease IエキソデオキシリボヌクレアーゼI
キーワードHYDROLASE/DNA / DnaQ family / Exonuclease C-terminal family / 3'-5' exonuclease / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


エキソデオキシリボヌクレアーゼI / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA catabolic process / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / single-stranded DNA binding / 3'-5'-RNA exonuclease activity / DNA修復 / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1240 / Exonuclease ExoI, domain 3 / Exonuclease ExoI, domain 2 / Exodeoxyribonuclease I, C-terminal / エキソデオキシリボヌクレアーゼI / Exonuclease I, SH3-like domain / Exonuclease I, C-terminal alpha-helical domain / Exonuclease I, SH3-like domain superfamily / Exonuclease C-terminal / Exonuclease I (ExoI) SH3-like domain profile. ...Helix Hairpins - #1240 / Exonuclease ExoI, domain 3 / Exonuclease ExoI, domain 2 / Exodeoxyribonuclease I, C-terminal / エキソデオキシリボヌクレアーゼI / Exonuclease I, SH3-like domain / Exonuclease I, C-terminal alpha-helical domain / Exonuclease I, SH3-like domain superfamily / Exonuclease C-terminal / Exonuclease I (ExoI) SH3-like domain profile. / Exonuclease I (ExoI) C-terminal domain profile. / Oligoribonuclease / PX Domain / エキソヌクレアーゼ / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Monooxygenase / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / エキソデオキシリボヌクレアーゼI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Qiu, R. / Wei, J. / Lou, T. / Liu, M. / Ji, C. / Gong, W.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: The structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with the single strand DNA
著者: Qiu, R. / Lou, T. / Wei, J. / Liu, M. / Gu, S. / Tang, R. / Ji, C. / Gong, W.
履歴
登録2012年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exodeoxyribonuclease I
B: Exodeoxyribonuclease I
C: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,23515
ポリマ－118,1904
非ポリマー1,04511
水8,935496
1
A: Exodeoxyribonuclease I
C: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5717
ポリマ－59,0952
非ポリマー4765
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area23160 Å2
手法PISA
2
B: Exodeoxyribonuclease I
D: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6638
ポリマ－59,0952
非ポリマー5686
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area23030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.544, 107.289, 157.574
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Exodeoxyribonuclease I / エキソデオキシリボヌクレアーゼI / Exonuclease I / DNA deoxyribophosphodiesterase / dRPase


分子量: 55381.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: DH5alpha / 遺伝子: b2011, cpeA, JW1993, sbcB, xonA / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P04995, エキソデオキシリボヌクレアーゼI
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 3713.524 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The ssDNA samples were synthesized with 3'-phosphoryl modification (PAGE purified)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS RESIDUE IS ASP FOR E.COLI STRAIN DH5ALPHA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.65-1.68 M ammonium sulfate, 6.5-6.8% v/v 2-propanol, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 6.0 and 5 mM phenol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月22日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 72101 / Num. obs: 71457 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 1.312 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.078.30.29770941.008199.7
2.07-2.158.30.23370931.134199.8
2.15-2.258.40.18871021.298199.9
2.25-2.378.30.15571121.406199.9
2.37-2.528.40.13171311.474199.7
2.52-2.718.40.11271611.396199.6
2.71-2.998.40.09371531.382199.5
2.99-3.428.30.08271861.15199.4
3.42-4.318.20.07671511.51198.1
4.31-507.80.05272741.361195.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3C95

3c95


解像度: 2→37.663 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8556 / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2244 3605 5.05 %RANDOM
Rwork0.1828 ---
obs0.1849 71392 98.59 %-
all-72101 --
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.013 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 100.59 Å2 / Biso mean: 32.88 Å2 / Biso min: 13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1914 Å20 Å2-0 Å2
2--2.3433 Å2-0 Å2
3----4.5347 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37.663 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7495 481 58 496 8530
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088320
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00211421
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071226
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041411
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7213083
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.02660.28231270.19762213234085
2.0266-2.05440.24541240.199826072731100
2.0544-2.08370.26121310.194126122743100
2.0837-2.11480.28311470.188226062753100
2.1148-2.14790.23831400.193126012741100
2.1479-2.18310.26421370.185325932730100
2.1831-2.22070.24891460.190926152761100
2.2207-2.26110.23111550.183226112766100
2.2611-2.30460.24021500.181825872737100
2.3046-2.35160.24491510.186826162767100
2.3516-2.40270.23521340.185926342768100
2.4027-2.45860.26911380.191125882726100
2.4586-2.52010.25551400.194726182758100
2.5201-2.58820.29631310.206426282759100
2.5882-2.66440.25151430.195826162759100
2.6644-2.75030.23531350.198526522787100
2.7503-2.84860.23921340.20592624275899
2.8486-2.96260.26091570.19726212778100
2.9626-3.09740.22381280.20162633276199
3.0974-3.26060.21541240.1912650277499
3.2606-3.46480.2181380.17852641277999
3.4648-3.7320.21251420.17082616275899
3.732-4.10720.18381410.15872629277098
4.1072-4.70060.21290.15522634276397
4.7006-5.91850.19841340.1772635276996
5.9185-37.6630.19081490.18642707285695

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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