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- PDB-4h5f: Crystal structure of an amino acid ABC transporter substrate-bind... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h5f
タイトルCrystal structure of an amino acid ABC transporter substrate-binding protein from Streptococcus pneumoniae Canada MDR_19A bound to L-arginine, form 1
要素Amino acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES (CSGID) / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / ALPHA AND BETA PROTEIN / PERIPLASMIC BINDING PROTEIN TYPE II FOLD / putative amino acid ABC transporter system substrate binding protein / amino acids (アミノ酸) / L-arginine (アルギニン) / putative membrane-anchored lipoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


ligand-gated monoatomic ion channel activity / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / アルギニン / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / ABC transporter, substrate-binding protein, family 3
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Minasov, G. / Yim, V. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of an amino acid ABC transporter substrate-binding protein from Streptococcus pneumoniae Canada MDR_19A bound to L-arginine, form 1
著者: Stogios, P.J. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Minasov, G. / Yim, V. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2012年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amino acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein
B: Amino acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein
C: Amino acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein
D: Amino acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,56451
ポリマ－104,7024
非ポリマー4,86247
水8,971498
1
A: Amino acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,95018
ポリマ－26,1761
非ポリマー1,77417
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Amino acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,47014
ポリマ－26,1761
非ポリマー1,29413
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Amino acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,43013
ポリマ－26,1761
非ポリマー1,25412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Amino acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7146
ポリマ－26,1761
非ポリマー5395
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.373, 61.705, 103.626
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Amino acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein


分子量: 26175.562 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: Canada MDR_19A / 遺伝子: HMPREF0837_11153, SpneCM_010100001092 / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D6ZRZ2

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非ポリマー , 9種, 545分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物
ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン / アルギニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#8: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE ELECTRON DENSITY CLEARLY SUPPORTS HISTIDINE AT POSITION 136 RATHER THAN ARGININE. HOWEVER, NO ...THE ELECTRON DENSITY CLEARLY SUPPORTS HISTIDINE AT POSITION 136 RATHER THAN ARGININE. HOWEVER, NO SUITABLE SEQUENCE IN THE GENOME DATABASES WAS FOUND. HIS 136 IS ASSUMED TO BE A SEQUENCE MUTATION IN THE GENE WE WORKED WITH, RELATIVE TO THE DATABASE SEQUENCE D6ZRZ2.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, PEG 2K MME 30% (w/v), 2% PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年6月30日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→91.461 Å / Num. all: 254378 / Num. obs: 85607 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 36813 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
BALBES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WDN

1wdn


解像度: 1.9→91.461 Å / 交差検証法: random / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.91 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1996 4300 5.3 %throughout
Rwork0.1644 ---
obs0.1658 85590 94.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→91.461 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7239 0 315 498 8052
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087652
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18510252
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4582904
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071198
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051347
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.93310.28522140.26467881X-RAY DIFFRACTION92
1.9331-1.96820.28352080.25127844X-RAY DIFFRACTION92
1.9682-2.00610.25742020.23877868X-RAY DIFFRACTION92
2.0061-2.0470.26152160.23137804X-RAY DIFFRACTION91
2.047-2.09150.24382200.22887739X-RAY DIFFRACTION91
2.0915-2.14010.26571960.21367799X-RAY DIFFRACTION91
2.1401-2.19360.22862070.21297781X-RAY DIFFRACTION91
2.1936-2.25290.22712180.20077762X-RAY DIFFRACTION90
2.2529-2.31910.23681680.20497789X-RAY DIFFRACTION91
2.3191-2.39390.22621940.19577752X-RAY DIFFRACTION91
2.3939-2.47940.21952210.18297745X-RAY DIFFRACTION90
2.4794-2.57850.23491710.18437694X-RAY DIFFRACTION91
2.5785-2.69570.21712080.17997674X-RAY DIFFRACTION90
2.6957-2.83770.20122060.16637636X-RAY DIFFRACTION89
2.8377-3.01520.18512100.15547603X-RAY DIFFRACTION89
3.0152-3.24750.1851930.14657644X-RAY DIFFRACTION89
3.2475-3.57340.16411960.13297562X-RAY DIFFRACTION89
3.5734-4.08840.15741840.12037565X-RAY DIFFRACTION89
4.0884-5.1430.15062250.10527484X-RAY DIFFRACTION87
5.143-24.42750.20112010.15257463X-RAY DIFFRACTION87
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 49.9538 Å / Origin y: 43.102 Å / Origin z: 61.8556 Å
111213212223313233
T0.1599 Å2-0.0151 Å2-0.0139 Å2-0.2215 Å20.0033 Å2--0.1848 Å2
L0.2418 °2-0.1626 °2-0.0155 °2-0.3577 °20.0091 °2--0.2956 °2
S0.0085 Å °-0.0811 Å °-0.0021 Å °0.0457 Å °0.004 Å °-0.0228 Å °-0.0057 Å °-0.0071 Å °-0.007 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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