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- PDB-4h3t: Crystal structure of CRISPR-associated protein Cse1 from Acidimic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h3t
タイトルCrystal structure of CRISPR-associated protein Cse1 from Acidimicrobium ferrooxidans
要素CRISPR-associated protein, Cse1 family
キーワードCELL INVASION / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / CASCADE
機能・相同性Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #100 / CRISPR-associated protein Cse1 / CRISPR-associated protein Cse1 (CRISPR_cse1) / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / CRISPR-associated protein, Cse1 family
機能・相同性情報
生物種Acidimicrobium ferrooxidans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Michalska, K. / Stols, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of CRISPR-associated protein Cse1 from Acidimicrobium ferrooxidans
著者: Michalska, K. / Stols, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2012年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated protein, Cse1 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5943
ポリマ－60,4101
非ポリマー1842
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.017, 137.017, 203.537
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-701-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated protein, Cse1 family


分子量: 60410.285 Da / 分子数: 1 / 変異: L456I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidimicrobium ferrooxidans (バクテリア)
株: DSM 10331 / 遺伝子: Afer_0988 / プラスミド: pMCSG48 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Magic / 参照: UniProt: C7LYW9
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.89 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M proline, 0.1 M HEPES/NaOH, 10% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→50 Å / Num. all: 62743 / Num. obs: 62132 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 41.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 25.3
反射 シェル解像度: 2.03→2.07 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3130 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
BUSTER2.10.0精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.03→29.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9532 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9502 / SU R Cruickshank DPI: 0.147 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED AT RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1991 1260 2.04 %RANDOM
Rwork0.1816 ---
all0.182 61879 --
obs0.182 61879 99.04 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.0899 Å20 Å20 Å2
2---3.0899 Å20 Å2
3---6.1798 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.262 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→29.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4060 0 12 269 4341
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0148342HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1115053HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2299SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes94HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1247HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8342HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.46
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.9
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion518SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8889SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.08 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2047 90 1.98 %
Rwork0.1858 4458 -
all0.1861 4548 -
obs--99.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.293-0.1265-0.45331.2466-0.12821.9303-0.1145-0.49250.03590.05930.1318-0.1820.03660.2362-0.0173-0.14580.0231-0.0140.04820.0242-0.1266-2.899647.1136-3.9257
22.0253-0.356-0.33010.8176-0.07151.3915-0.135-0.1662-0.2221-0.05220.1264-0.02070.25830.00630.0086-0.0712-0.02030.0268-0.01860.0523-0.0833-9.311740.9766-11.7942
30.9634-0.3254-0.5491.9808-0.37190.9584-0.0969-0.3196-0.1392-0.09920.09090.32550.1341-0.11370.0061-0.1157-0.01520.02220.0820.0751-0.0441-29.897847.7952-4.8788
42.9209-0.14660.260700.92362.2640.05210.3775-0.0781-0.21750.0450.1622-0.1945-0.1552-0.0970.05110.0620.00470.0280.0713-0.1324-20.42452.0796-20.0792
51.5906-0.72291.00730.7419-0.77191.6771-0.1439-0.31860.01480.09130.07330.1252-0.0792-0.21890.0706-0.12370.03110.00590.0574-0.0293-0.0186-40.551266.7405-11.0553
62.4309-1.29611.72911.5616-1.85113.3927-0.3383-0.45250.19150.2640.20590.1465-0.4638-0.54420.1324-0.09530.1072-0.02870.0465-0.0802-0.0254-46.618475.7916-14.056
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|2 - 150}A2 - 150
2X-RAY DIFFRACTION2{A|151 - 294}A151 - 294
3X-RAY DIFFRACTION3{A|295 - 360}A295 - 360
4X-RAY DIFFRACTION4{A|361 - 379}A361 - 379
5X-RAY DIFFRACTION5{A|380 - 486}A380 - 486
6X-RAY DIFFRACTION6{A|487 - 531}A487 - 531

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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