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- PDB-4gur: Crystal structure of LSD2-NPAC with H3 in space group P21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gur
タイトルCrystal structure of LSD2-NPAC with H3 in space group P21
要素
  • Histone H3.3
  • Lysine-specific histone demethylase 1B
  • Putative oxidoreductase GLYR1
キーワードOXIDOREDUCTASE / histone demethylase
機能・相同性
機能・相同性情報


epigenetic programing of female pronucleus / negative regulation of chromosome condensation / genomic imprinting / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / Barr body / regulation of centromere complex assembly / chromatin-protein adaptor activity / muscle cell differentiation / pericentric heterochromatin formation ...epigenetic programing of female pronucleus / negative regulation of chromosome condensation / genomic imprinting / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / Barr body / regulation of centromere complex assembly / chromatin-protein adaptor activity / muscle cell differentiation / pericentric heterochromatin formation / inner kinetochore / oocyte maturation / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / nucleus organization / spermatid development / histone demethylase activity / subtelomeric heterochromatin formation / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / single fertilization / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / nucleosome binding / telomere organization / Inhibition of DNA recombination at telomere / nucleosomal DNA binding / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / methylated histone binding / embryo implantation / FAD binding / DNA methylation / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / Meiotic recombination / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HDMs demethylate histones / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / multicellular organism growth / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / osteoblast differentiation / structural constituent of chromatin / male gonad development / NAD binding / UCH proteinases / nucleosome / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / nucleosome assembly / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / NADP binding / positive regulation of cell growth / flavin adenine dinucleotide binding / histone binding / chromosome, telomeric region / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / cell population proliferation / oxidoreductase activity / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / chromatin binding / chromatin / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
NP60, PWWP domain / : / Zinc finger, CW-type / CW-type Zinc Finger / Zinc finger CW-type profile. / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like, NAD-binding domain / NAD-binding of NADP-dependent 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / SWIRM domain ...NP60, PWWP domain / : / Zinc finger, CW-type / CW-type Zinc Finger / Zinc finger CW-type profile. / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like, NAD-binding domain / NAD-binding of NADP-dependent 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / : / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Homeobox-like domain superfamily / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Histone-fold / NAD(P)-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Histone H3.3 / Cytokine-like nuclear factor N-PAC / Lysine-specific histone demethylase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.506 Å
データ登録者Chen, F. / Dong, Z. / Fang, J. / Yang, Y. / Li, Z. / Xu, Y. / Yang, H. / Wang, P. / Fang, R. / Shi, Y. / Xu, Y.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2013
タイトル: LSD2/KDM1B and its cofactor NPAC/GLYR1 endow a structural and molecular model for regulation of H3K4 demethylation
著者: Fang, R. / Chen, F. / Dong, Z. / Hu, D. / Barbera, A.J. / Clark, E.A. / Fang, J. / Yang, Y. / Mei, P. / Rutenberg, M. / Li, Z. / Zhang, Y. / Xu, Y. / Yang, H. / Wang, P. / Simon, M.D. / Zhou, ...著者: Fang, R. / Chen, F. / Dong, Z. / Hu, D. / Barbera, A.J. / Clark, E.A. / Fang, J. / Yang, Y. / Mei, P. / Rutenberg, M. / Li, Z. / Zhang, Y. / Xu, Y. / Yang, H. / Wang, P. / Simon, M.D. / Zhou, Q. / Li, J. / Marynick, M.P. / Li, X. / Lu, H. / Kaiser, U.B. / Kingston, R.E. / Xu, Y. / Shi, Y.G.
履歴
登録2012年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific histone demethylase 1B
B: Putative oxidoreductase GLYR1
C: Histone H3.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,9178
ポリマ－102,8433
非ポリマー1,0745
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6250 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area31520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.243, 89.033, 88.783
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lysine-specific histone demethylase 1B / LSD2 / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 1 / Lysine-specific histone demethylase 2


分子量: 87051.547 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 51-822 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LSD2 / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8NB78, 酸化還元酵素
#2: タンパク質 Putative oxidoreductase GLYR1 / NPAC / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like protein / Cytokine-like nuclear factor N-PAC / ...NPAC / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like protein / Cytokine-like nuclear factor N-PAC / Glyoxylate reductase 1 homolog / Nuclear protein NP60 / Nuclear protein of 60 kDa


分子量: 13528.271 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 152-268 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLYR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q49A26, 酸化還元酵素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Histone H3.3 / H3


分子量: 2263.666 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-22 / Mutation: K4M / 由来タイプ: 合成 / 詳細: H3K4 is mutated to Met / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P84243

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非ポリマー , 4種, 103分子

#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.02M Citric acid, 0.03M Bis_tris propane, 10% PEG3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97908 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月23日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 28816 / % possible obs: 88.57 % / Biso Wilson estimate: 39.29 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GU1

4gu1


解像度: 2.506→38.867 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8426 / SU ML: 0.3 / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 22.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2045 1471 5.1 %
Rwork0.1879 --
obs0.1888 28815 88.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.285 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 119.21 Å2 / Biso mean: 51.6845 Å2 / Biso min: 19.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.1132 Å2-0 Å217.7246 Å2
2---14.6968 Å2-0 Å2
3---9.5836 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.506→38.867 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6074 0 62 98 6234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126286
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3728517
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095916
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111085
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7612346
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5061-2.58690.33031190.27472245236480
2.5869-2.67940.2751220.26562362248485
2.6794-2.78660.2891580.2422384254287
2.7866-2.91340.25251270.22532440256788
2.9134-3.0670.25721470.21872499264689
3.067-3.2590.23581190.20712546266591
3.259-3.51050.2141320.1882569270192
3.5105-3.86350.17371360.16882627276393
3.8635-4.42190.1641170.14862603272092
4.4219-5.56850.15751600.15422540270091
5.5685-38.87180.16471340.16882529266388

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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